Mapa ng init
Tumatanggap ang Heatmap tool ng matrix data file bilang input at nagbibigay-daan sa mga user na i-filter, i-normalize, at i-cluster ang data. Ang pangunahing gamit ng mga heatmap ay ang cluster analysis ng antas ng gene expression sa pagitan ng iba't ibang sample.
Anotasyon ng Gene
Ang Gene Annotation tool ay nagsasagawa ng gene annotation batay sa sequence alignment ng mga input na FASTA file laban sa iba't ibang database.
Pangunahing Kasangkapan sa Paghahanap ng Lokal na Pagkakahanay (BLAST)
Ang BLAST tool ay isang pinagsamang bersyon ng NCBI BLAST na isinama sa BMKCloud at maaaring gamitin upang maisagawa ang parehong mga tungkulin gamit ang datos na na-upload sa BMKCloud account.
Hula ng CDS_UTR
Ang CDS_UTR Prediction tool ay dinisenyo upang hulaan ang mga coding region (CDS) at mga non-coding region (UTR) sa mga ibinigay na transcript sequence batay sa mga resulta ng BLAST laban sa mga kilalang protein database at mga resulta ng prediksyon ng ORF.
Plano ng Manhattan
Ang Manhattan Plot tool ay nagbibigay-daan sa pagpapakita ng mga eksperimentong may mataas na sample at karaniwang ginagamit sa mga genome-wide association studies (GWAS).
Dayagram ng Sirko
Ang CIRCOS Diagram tool ay nagbibigay ng mahusay na visualization kung paano ipinamamahagi ang genomic feature sa buong genome. Kabilang sa mga karaniwang katangian ang quantitative loci, SNPs, InDels, structural at copy number variants.
Pagpapayaman ng Gene Ontology (GO)
Ang GO Enrichment tool ay nagbibigay ng functional enrichment analysis. Ang pangunahing software sa tool na ito ay ang TopGO-Bioconductor package, na kinabibilangan ng differential expression analysis, GO enrichment analysis at visualization ng mga resulta.
Pagsusuri ng Network ng Co-expression na may Timbang na Gene (WGCNA)
Ang WGCNA ay isang malawakang ginagamit na paraan ng data mining para sa pagtuklas ng mga gene co-expression module. Ito ay naaangkop sa iba't ibang expression dataset kabilang ang microarray at NGS gene expression data.
InterProScan
Ang tool na InterProScan ay nagbibigay ng pagsusuri at klasipikasyon ng pagkakasunud-sunod ng protina ng InterPro.
Pagpapayaman ng GO KEGG
Ang GO KEGG Enrichment tool ay dinisenyo upang bumuo ng GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram, at KEGG enrichment pathway batay sa ibinigay na gene set at kaukulang anotasyon.
