Heatmap
Ginagamit ang matrix data file para sa pagguhit ng heat map, na maaaring mag-filter, mag-normalize at cluster matrix data.Ito ay kadalasang ginagamit para sa pagsusuri ng kumpol ng antas ng expression ng gene sa pagitan ng iba't ibang mga sample.
Gene Annotation
Ang anotasyon ng function ng Gene ay ginagawa sa pamamagitan ng pagmamapa ng mga pagkakasunud-sunod sa FASTA file laban sa iba't ibang database.
Gene Annotation
Basic Local Alignment Search Tool
CDS_UTR_Prediction
Idinisenyo ang tool na ito para hulaan ang mga coding region (CDS) at non-coding region (UTR) sa mga ibinigay na transcript sequence batay sa pagsabog laban sa kilalang database ng protina at hula ng ORF.
Plot ng Manhattan
Ang Manhattan plot ay nagbibigay-daan sa pagpapakita ng data na may malaking bilang ng mga punto ng data.Ito ay karaniwang ginagamit sa genome-wide association studies (GWAS).
Circos
Ang diagram ng CIRCOS ay nagbibigay-daan sa direktang pagtatanghal ng mga pamamahagi ng SNP, InDeL, SV, CNV sa genome.
GO_Pagpapayaman
Ang TopGO ay isang tool na idinisenyo para sa functional enrichment.Ang TopGO-Bioconductor package ay binubuo ng differential expression analysis, GO enrichment analysis at visualization ng mga resulta.Ito ay bubuo ng isang folder na may output na pinangalanang "Graph", na naglalaman ng mga resulta para sa topGO_BP, topGO_CC at topGO_MF.
WGCNA
Ang WGCNA ay isang malawakang ginagamit na paraan ng pagmimina ng data para sa pagtuklas ng mga module ng co-expression ng gene.Naaangkop ito sa iba't ibang dataset ng expression kabilang ang data ng microarray at data ng expression ng gene na nagmula sa pagkakasunud-sunod ng susunod na henerasyon.
InterProScan
Pagsusuri at pag-uuri ng pagkakasunud-sunod ng protina ng InterPro
GO_KEGG_Pagpapayaman
Ang tool na ito ay idinisenyo upang bumuo ng GO enrichment histogram, KEGG enrichment histogram at KEGG enrichment pathway batay sa ibinigay na set ng gene at kaukulang anotasyon.