条形banner-03

Mga produkto

Full-Length mRNA Sequencing-Nanopore

Habang ang pagkakasunud-sunod ng mRNA na nakabatay sa NGS ay isang maraming nalalaman na tool para sa pagbibilang ng expression ng gene, ang pag-uumasa nito sa mga maikling pagbabasa ay naghihigpit sa pagiging epektibo nito sa mga kumplikadong transcriptomic na pagsusuri. Sa kabilang banda, ang pagkakasunud-sunod ng nanopore ay gumagamit ng teknolohiyang matagal nang nabasa, na nagpapagana sa pagkakasunud-sunod ng mga full-length na mRNA transcript. Pinapadali ng diskarteng ito ang isang komprehensibong pag-explore ng alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, at ang quantification ng mRNA isoforms.

Nanopore sequencing, isang paraan na umaasa sa nanopore single-molecule real-time electrical signal, ay nagbibigay ng mga resulta sa real-time. Ginagabayan ng mga protina ng motor, ang double-stranded na DNA ay nagbubuklod sa mga nanopore na protina na naka-embed sa isang biofilm, na nakakapagpapahinga habang dumadaan ito sa nanopore channel sa ilalim ng pagkakaiba ng boltahe. Ang mga natatanging electrical signal na nabuo ng iba't ibang base sa DNA strand ay nakita at inuri sa real-time, na nagpapadali sa tumpak at tuluy-tuloy na nucleotide sequencing. Ang makabagong diskarte na ito ay nagtagumpay sa mga limitasyon sa maikling pagbasa at nagbibigay ng isang dynamic na platform para sa masalimuot na pagsusuri ng genomic, kabilang ang mga kumplikadong transcriptomic na pag-aaral, na may mga agarang resulta.

Platform: Nanopore PromethION 48


Mga Detalye ng Serbisyo

Bioinformatics

Mga Resulta ng Demo

Mga Tampok na Lathalain

Mga tampok

● Pagkuha ng poly-A mRNA na sinusundan ng cDNA synthesis at paghahanda ng library

● Pagsusunod-sunod ng mga full-length na transcript

● Bioinformatic analysis batay sa pagkakahanay sa isang reference genome

● Kasama sa pagsusuri ng bioinformatic hindi lamang ang expression sa antas ng gene at isoform kundi pati na rin ang pagsusuri ng lncRNA, mga pagsasanib ng gene, poly-adenylation at istruktura ng gene

Mga Kalamangan sa Serbisyo

Quantification ng expression sa antas ng isoform: pagpapagana ng detalyado at tumpak na pagsusuri ng expression, paglalahad ng pagbabago na maaaring itago kapag sinusuri ang buong expression ng gene

Pinababang Data Demand:Kung ikukumpara sa Next-Generation Sequencing (NGS), ang Nanopore sequencing ay nagpapakita ng mas mababang mga kinakailangan sa data, na nagbibigay-daan para sa mga katumbas na antas ng gene expression quantification saturation na may mas maliit na data.

Mas mataas na katumpakan ng quantification ng expression: parehong sa antas ng gene at isoform

Pagkilala ng karagdagang transcriptomic na impormasyon: alternatibong polyadenylation, fusion genes at lcnRNA at ang kanilang mga target na gene

Malawak na Dalubhasa: Ang aming koponan ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto, na nakumpleto ang higit sa 850 Nanopore full-length transcriptome na mga proyekto at naproseso ang higit sa 8,000 mga sample.

Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.

Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid

Library

Diskarte sa pagkakasunud-sunod

Inirerekomenda ang data

Kontrol sa Kalidad

Poly A enriched

Illumina PE150

6/12 Gb

Average na marka ng kalidad: Q10

Mga Sample na Kinakailangan:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Halaga (μg)

Kadalisayan

Integridad

≥ 100

≥ 1.0

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel.

Para sa mga halaman: RIN≥7.0;

Para sa mga hayop: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

limitado o walang baseline elevation

● Mga halaman:

Root, Stem o Petal: 450 mg

Dahon o Binhi: 300 mg

Prutas: 1.2 g

● Hayop:

Puso o Bituka: 300 mg

Viscera o Utak: 240 mg

Kalamnan: 450 mg

Buto, Buhok o Balat: 1g

● Mga Arthropod:

Mga Insekto: 6g

Crustacea: 300 mg

● Buong dugo: 1 tubo

● Mga cell: 106 mga selula

Inirerekomendang Paghahatid ng Sample

Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)

Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.

Pagpapadala:

1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.

2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Nucleotides:

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Pagsusuri ng datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Daloy ng Trabaho ng Serbisyo

Tissue:

Sample QC

Eksperimento na disenyo

paghahatid ng sample

Paghahatid ng sample

Eksperimento ng piloto

Pagkuha ng RNA

Paghahanda sa Aklatan

Paggawa ng aklatan

Pagsusunod-sunod

Pagsusunod-sunod

Pagsusuri ng datos

Pagsusuri ng datos

Mga Serbisyo pagkatapos ng pagbebenta

Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta


  • Nakaraan:
  • Susunod:

  • buong haba

    ● Raw data processing

    ● Transcript identification

    ● Alternatibong splicing

    ● Pagbibilang ng ekspresyon sa antas ng gene at antas ng isoform

    ● Pagsusuri ng differential expression

    ● Function annotation at enrichment (DEGs at DETs)

     

    Alternatibong pagsusuri ng splicing图片20 Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)

     

    图片21

     

    hula ng lncRNA

     图片22

     

    Anotasyon ng mga nobelang gene

     图片23

     

     

     Clustering ng DETs

     

     图片24

     

     

    Mga Network ng Protein-Protein sa mga DEG

     

      图片25 

    Galugarin ang mga pagsulong na pinangasiwaan ng Nanopore full-length mRNA sequencing services ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.

     

    Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetic at transcriptional activation ng secretory kinase FAM20C bilang isang oncogene sa glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

    Siya, Z. et al. (2023) Ang 'Full-length transcriptome sequencing of lymphocytes ay tumutugon sa IFN-γ ay nagpapakita ng Th1-skewed immune response sa flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.

    Ma, Y. et al. (2023) 'Comparative analysis ng PacBio at ONT RNA sequencing method para sa Nemopilema Nomurai venom identification', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.

    Yu, D. et al. (2023) Ang 'Nano-seq analysis ay nagpapakita ng iba't ibang functional tendency sa pagitan ng mga exosome at microvesicle na nagmula sa hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.

     

    kumuha ng quote

    Isulat ang iyong mensahe dito at ipadala ito sa amin

    Ipadala ang iyong mensahe sa amin: