● Pagkuha ng poly-A mRNA na sinusundan ng cDNA synthesis at paghahanda ng library
● Pagsusunod-sunod ng mga full-length na transcript
● Bioinformatic analysis batay sa pagkakahanay sa isang reference genome
● Kasama sa pagsusuri ng bioinformatic hindi lamang ang expression sa antas ng gene at isoform kundi pati na rin ang pagsusuri ng lncRNA, mga pagsasanib ng gene, poly-adenylation at istruktura ng gene
●Quantification ng expression sa antas ng isoform: pagpapagana ng detalyado at tumpak na pagsusuri ng expression, paglalahad ng pagbabago na maaaring itago kapag sinusuri ang buong expression ng gene
●Pinababang Data Demand:Kung ikukumpara sa Next-Generation Sequencing (NGS), ang Nanopore sequencing ay nagpapakita ng mas mababang mga kinakailangan sa data, na nagbibigay-daan para sa mga katumbas na antas ng gene expression quantification saturation na may mas maliit na data.
●Mas mataas na katumpakan ng quantification ng expression: parehong sa antas ng gene at isoform
●Pagkilala ng karagdagang transcriptomic na impormasyon: alternatibong polyadenylation, fusion genes at lcnRNA at ang kanilang mga target na gene
●Malawak na Dalubhasa: Ang aming koponan ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto, na nakumpleto ang higit sa 850 Nanopore full-length transcriptome na mga proyekto at naproseso ang higit sa 8,000 mga sample.
●Suporta sa Post-Sales: ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Library | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
Poly A enriched | Illumina PE150 | 6/12 Gb | Average na marka ng kalidad: Q10 |
Conc.(ng/μl) | Halaga (μg) | Kadalisayan | Integridad |
≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | Para sa mga halaman: RIN≥7.0; Para sa mga hayop: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
● Mga halaman:
Root, Stem o Petal: 450 mg
Dahon o Binhi: 300 mg
Prutas: 1.2 g
● Hayop:
Puso o Bituka: 300 mg
Viscera o Utak: 240 mg
Kalamnan: 450 mg
Buto, Buhok o Balat: 1g
● Mga Arthropod:
Mga Insekto: 6g
Crustacea: 300 mg
● Buong dugo: 1 tubo
● Mga cell: 106 mga selula
Lalagyan: 2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2. RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(hal. RNAstable®) at ipadala sa room temperature.
● Raw data processing
● Transcript identification
● Alternatibong splicing
● Pagbibilang ng ekspresyon sa antas ng gene at antas ng isoform
● Pagsusuri ng differential expression
● Function annotation at enrichment (DEGs at DETs)
Alternatibong pagsusuri ng splicing Alternatibong Pagsusuri ng Polyadenylation (APA)
hula ng lncRNA
Anotasyon ng mga nobelang gene
Clustering ng DETs
Mga Network ng Protein-Protein sa mga DEG
Galugarin ang mga pagsulong na pinangasiwaan ng Nanopore full-length mRNA sequencing services ng BMKGene sa pamamagitan ng na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Gong, B. et al. (2023) 'Epigenetic at transcriptional activation ng secretory kinase FAM20C bilang isang oncogene sa glioma', Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
Siya, Z. et al. (2023) Ang 'Full-length transcriptome sequencing of lymphocytes ay tumutugon sa IFN-γ ay nagpapakita ng Th1-skewed immune response sa flounder (Paralichthys olivaceus)', Fish & Shellfish Immunology, 134, p. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) 'Comparative analysis ng PacBio at ONT RNA sequencing method para sa Nemopilema Nomurai venom identification', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) Ang 'Nano-seq analysis ay nagpapakita ng iba't ibang functional tendency sa pagitan ng mga exosome at microvesicle na nagmula sa hUMSC', Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.