-
Pagsasama-sama ng Genome ng T2T | Ultra Long Sequencing
Ang T2T (Telomere-to-Telomere) na genome ang pamantayang ginto para sa mataas na kalidad na genome assembly, na tumutukoy sa gap-free o gapless, chromosome-scale genome reconstruction na sumasaklaw mula sa isang telomere patungo sa isa pa, at paglabag sa mga limitasyon ng fragmentation ng conventional genome assembly.
Pinapagana ng core ONT ultra-long read sequencing at isinama sa multi-platform deep sequencing at na-optimize na bioinformatics pipelines, ang BMKGENE T2T Genome solution ay nagta-target sa pinakamahirap na genomic na "dark regions" — mga telomere (mga espesyalisadong nucleoprotein complexes sa mga dulo ng eukaryotic chromosome), mga centromere ng mas mataas na organismo (mga napakalaking tandem repeat array), at iba pang kumplikadong repeat at heterozygous haplotype regions, na matagal nang hindi nareresolba para sa karaniwang long-read sequencing. Hindi tulad ng mga conventional long reads na hindi tumatawid sa mga rehiyong ito at nagdudulot ng sequence collapse o chimeric contigs, ang ONT ultra-long reads ay maaaring sumaklaw sa mga hindi mabubuong puwang at mga kumplikadong rehiyon. Ang BMKGene ay nakatuon sa paghahatid ng mga gap-free o gap-less, mataas na kalidad na T2T genomes para sa magkakaibang species.
Ang pagbuo ng isang T2T genome ay nagbubukas ng mga kumplikadong rehiyon ng genomic na dati'y hindi maaabot, pinupunan ang mga kritikal na kakulangan sa pananaliksik, at nagbibigay ng matibay at mataas na katumpakan na pundasyonal na datos para sa malalalim na pag-aaral kabilang ang ebolusyon ng mga species, functional gene mining, molecular breeding, precision medicine at iba pang makabagong siyentipikong pananaliksik.
-
Proteomics
Ang Proteomics ay nakatuon sa mga protina—ang mga tagapagpatupad ng mga aktibidad sa buhay na gumaganap ng mahalagang papel sa regulasyon ng transkripsyon ng organismo. Sinusuri nito ang komposisyon, mga antas ng ekspresyon, at mga estado ng pagbabago ng lahat ng pabago-bagong nagbabagong protina sa mga tisyu o selula, na tinutugunan ang makabuluhang epekto ng dinamika ng kasaganaan ng proteome sa iba't ibang proseso ng buhay. Malawakang ginagamit sa medisina, agrikultura, at pag-aalaga ng hayop. Ginagamit ng Qualitative Proteomics ang teknolohiya ng pagkakakilanlan ng protina ng HPLC-MS/MS upang matukoy ang mga sample kabilang ang mga gel strip, IP, at mga sample ng CO-IP/Pull down. Nakakamit ng Quantitative Proteomics ang tumpak na pagkuwantipika at pagkakakilanlan ng lahat ng protina na ipinapahayag ng isang genome o sa isang kumplikadong halo-halong sistema. Ang kasalukuyang mga teknolohiya ng quantitative proteomics ay pangunahing ikinategorya sa mga pamamaraang may label (TMT) at walang label (Label Free, DIA, PRM). Nagbibigay ang BMKGENE ng mga solusyon sa proteomics na may maraming platform at maraming teknolohiya.
-
Metabolomika
Ang metabolomics, isang disiplina ng genomics, ay pangunahing tumatarget sa mga substance na may maliliit na molekula na may bigat na molekular na mas mababa sa 1500 Da. Nagbibigay-daan ito sa mga metabolite na mas sensitibong maipakita ang mga tugon ng mga organismo sa mga panlabas na stimuli at mga pagbabagong pisyolohikal/patolohikal. Ang mga pagbabago sa antas ng metabolite na dulot ng mga pagkakaiba-iba ng henetiko ay nasa loob din ng saklaw ng pananaliksik nito, na nagbibigay ng isang nobelang pananaw sa pananaliksik.
Nag-aalok ang BMKGENE ng kumpletong hanay ng mga serbisyo sa metabolomika, kabilang ang mga hindi naka-target na metabolomika, malawakang naka-target na metabolomika, at naka-target na metabolomika. Gamit ang liquid chromatography-mass spectrometry (LC-MS) o gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS), matutukoy ang mga dinamikong pagbabago sa karamihan ng mga small-molecule metabolite sa mga organismo bago at pagkatapos ng panlabas na stimulation. Ang sentro ng mga serbisyong ito ay nakasalalay sa pagtukoy ng mga metabolite na may makabuluhang pagkakaiba sa pagitan ng mga experimental at control group at higit pang paggalugad ng kanilang ugnayan sa mga pisyolohikal/patolohikal na pagbabago at ang mga pinagbabatayang mekanismo.
-
Pagsunod-sunod ng Exosomal mRNA/LncRNA/CircRNA-Illumina
Ang mga exosome ay maliliit na vesicle na inilalabas ng mga selula, na karaniwang may diyametro mula 30 hanggang 100 nanometer. Ang mga vesicle na ito ay naglalaman ng iba't ibang RNA. Pinaniniwalaang ang mga exosome ay gumaganap ng mahahalagang papel sa komunikasyon sa pagitan ng mga selula, mga tugon ng immune system, at pag-unlad ng sakit, at maaaring ikalat sa iba pang bahagi ng katawan sa pamamagitan ng mga likido sa katawan tulad ng plasma, laway, at ihi. Nagdadala ang mga ito ng mga partikular na biomolecule upang pangasiwaan ang mga tungkulin ng mga selulang tatanggap, na nakakaimpluwensya sa mga estado ng pisyolohikal ng selula. Ang mga exosome ay itinuturing ding gumaganap ng mahahalagang papel sa pag-unlad ng sakit, kabilang ang mga kanser, mga sakit na neurodegenerative, at mga kondisyon ng pamamaga. Ang pananaliksik sa mga exosome ay nag-aalok ng mga bagong pananaw at pamamaraan para sa pagsusuri, paggamot, at pag-iwas sa mga sakit.
-
Pagsunod-sunod ng Maliit na RNA ng Eksosomal-Illumina
Ang mga exosome ay maliliit na vesicle na inilalabas ng mga selula, na karaniwang may diyametro mula 30 hanggang 100 nanometer. Ang mga vesicle na ito ay naglalaman ng iba't ibang RNA. Sa mga uri ng RNA sa mga exosome, ang pinakakaraniwan at malawakang pinag-aaralan ay ang microRNA (miRNA). Ang miRNA ay isang klase ng maliliit na RNA na hindi nagko-code na may humigit-kumulang 18-25 nucleotide ang haba. Namamagitan sila sa post-transcriptional gene silencing sa pamamagitan ng pagbigkis sa 3′ untranslated region (3′ UTR) ng mga target na mRNA, sa gayon ay kinokontrol ang ekspresyon ng gene. Halimbawa, ang mga exosome na inilalabas ng ilang mga selula ng tumor ay naglalaman ng mga partikular na miRNA, tulad ng miR-126 at miR-92a. Ang mga miRNA na ito ay maaaring makaimpluwensya sa ekspresyon ng gene sa mga selula ng tatanggap at magsulong ng tumor angiogenesis (Tomohiro Umezu, et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Ang spatial transcriptomics ay isang pamamaraan na nagbibigay-daan sa atin na makuha at mailarawan ang ekspresyon ng gene sa loob ng mga tisyu. Ito ay maaaring maging mahalaga upang maunawaan kung paano nakikipag-ugnayan ang mga selula.
Mayroong iba't ibang plataporma para sa pamamaraang ito. Kaugnay nito, bumuo ang BMKGene ng BMKManu 3000 Spatial transcriptome Chip, isang plataporma na nagpapalakas sa pagganap ng pamamaraan, na umaabot sa subcellular resolution at nagbibigay-daan sa isang multi-level na setting ng resolution.
Ang chip na ito ay naglalaman ng 4.2 milyong spots gamit ang isang patented na teknolohiya ng mga microwell na may patong-patong na beads na puno ng mga spatially barcoded probes. Gamit ang pamamaraang ito, pagkatapos ng pagkuha at amplification, makakakuha tayo ng cDNA library na mayaman sa mga barcoded samples na compatible sa Illumina.
Sa datos, tinitiyak ng kombinasyon ng spatial barcode at mga UMI ang katumpakan at pagiging tiyak ng datos na nabuo. Sa pagsasama-sama ng lahat ng nabanggit, ang BMKManu ay nagbibigay ng isang lubhang maraming nalalaman na setting ng datos.
-
Mga paunang-gawa na aklatan ng DNBSEQ
Ang DNBSEQ, na binuo ng MGI, ay isang makabagong teknolohiya ng NGS na nakapagpababa pa ng mga gastos sa sequencing at nakapagpataas ng throughput. Ang paghahanda ng mga DNBSEQ libraries ay kinabibilangan ng DNA fragmentation, paghahanda ng ssDNA, at rolling circle amplification upang makuha ang mga DNA nanoball (DNB). Ang mga ito ay ikinakarga sa isang solidong ibabaw at kasunod na ini-sequence sa pamamagitan ng combinatorial Probe-Anchor Synthesis (cPAS). Pinagsasama ng teknolohiya ng DNBSEQ ang mga bentahe ng pagkakaroon ng mababang amplification error rate sa paggamit ng mga high density error pattern sa mga nanoball, na nagreresulta sa sequencing na may mas mataas na throughput at katumpakan.
Ang aming paunang-gawa na serbisyo sa pag-sequence ng library ay nagbibigay-daan sa mga customer na maghanda ng mga Illumina sequencing library mula sa iba't ibang pinagmulan (mRNA, whole genome, amplicon, 10x libraries, bukod sa iba pa), na kino-convert sa mga MGI libraries sa aming mga laboratoryo upang ma-sequence sa DNBSEQ-T7, na nagbibigay-daan sa mataas na dami ng datos sa mas mababang gastos.
-
Interaksyon ng Chromatin na nakabatay sa Hi-C
Ang Hi-C ay isang pamamaraan na idinisenyo upang makuha ang genomic configuration sa pamamagitan ng pagsasama-sama ng probing proximity-based interactions at high-throughput sequencing. Ang pamamaraan ay batay sa chromatin crosslinking na may formaldehyde, na sinusundan ng digestion at re-ligation sa paraang tanging ang mga fragment na covalently linked lamang ang bubuo ng mga produkto ng ligation. Sa pamamagitan ng sequencing ng mga produktong ito ng ligation, posibleng pag-aralan ang 3D organization ng genome. Ang Hi-C ay nagbibigay-daan sa pag-aaral ng distribusyon ng mga bahagi ng genome na bahagyang naka-pack (A compartments, euchromatin) at mas malamang na maging transcriptionally active, at ang mga rehiyon na mas mahigpit na naka-pack (B compartments, Heterochromatin). Maaari ring gamitin ang Hi-C upang matukoy ang Topologically Associated Domains (TADs), mga rehiyon ng genome na may nakatiklop na mga istruktura at malamang na may katulad na mga pattern ng expression, at upang matukoy ang mga chromatin loop, mga rehiyon ng DNA na magkakasamang nakaangkla ng mga protina at kadalasang mayaman sa mga regulatory element. Ang serbisyo ng Hi-C sequencing ng BMKGene ay nagbibigay-daan sa mga mananaliksik na tuklasin ang mga spatial dimensions ng genomics, na nagbubukas ng mga bagong paraan para sa pag-unawa sa regulasyon ng genome at mga implikasyon nito sa kalusugan at sakit.
-
Solusyon ng PacBio 2+3 Buong-Haba na mRNA
Bagama't ang NGS-based mRNA sequencing ay isang maraming gamit na kasangkapan para sa pagbibilang ng gene expression, ang pagdepende nito sa maiikling pagbasa ay naglilimita sa bisa nito sa mga kumplikadong transcriptomic analyses. Sa kabilang banda, ang PacBio sequencing (Iso-Seq) ay gumagamit ng long-read technology, na nagbibigay-daan sa sequencing ng mga full-length mRNA transcript. Pinapadali ng pamamaraang ito ang isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions, at poly-adenylation, bagama't hindi ito ang pangunahing pagpipilian para sa pagbibilang ng gene expression. Ang kombinasyong 2+3 ay nagtutugma sa agwat sa pagitan ng Illumina at PacBio sa pamamagitan ng pag-asa sa PacBio HiFi reads upang matukoy ang kumpletong hanay ng mga transcript isoform at NGS sequencing upang mabilang ang magkaparehong isoform.
Mga Platform: PacBio Revio at Illumina NovaSeq
-
Pagsusuri ng Asosasyon sa Buong Genome
Ang layunin ng Genome-Wide Association Studies (GWAS) ay tukuyin ang mga genetic variant (genotype) na nakaugnay sa mga partikular na katangian (phenotype). Sa pamamagitan ng pagsusuri sa mga genetic marker sa buong genome sa isang malaking bilang ng mga indibidwal, sinusuri ng GWAS ang mga kaugnayan ng genotype-phenotype sa pamamagitan ng mga statistical analyses sa antas ng populasyon. Ang metodolohiyang ito ay malawakang ginagamit sa pagsasaliksik ng mga sakit ng tao at paggalugad ng mga functional gene na may kaugnayan sa mga kumplikadong katangian sa mga hayop o halaman.
Sa BMKGENE, nag-aalok kami ng dalawang paraan para sa pagsasagawa ng GWAS sa malalaking populasyon: ang paggamit ng Whole-Genome Sequencing (WGS) o ang pagpili ng isang reduced representation genome sequencing method, ang in-house-developed Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Bagama't angkop ang WGS sa mas maliliit na genome, ang SLAF ay lumilitaw bilang isang cost-effective na alternatibo para sa pag-aaral ng mas malalaking populasyon na may mas mahahabang genome, na epektibong nagpapaliit sa mga gastos sa sequencing, habang ginagarantiyahan ang mataas na kahusayan sa pagtuklas ng genetic marker.
-
Pagsunod-sunod ng RNA na may Iisang Nuklei
Ang pag-unlad ng mga pamamaraan ng single-cell capture at custom library construction, kasama ang high-throughput sequencing, ay nagpabago sa mga pag-aaral ng gene expression sa antas ng cell. Ang tagumpay na ito ay nagbibigay-daan para sa mas malalim at mas komprehensibong pagsusuri ng mga kumplikadong populasyon ng cell, na nalalampasan ang mga limitasyon na nauugnay sa pag-average ng gene expression sa lahat ng cell at pinapanatili ang tunay na heterogeneity sa loob ng mga populasyon na ito. Bagama't ang single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) ay may hindi maikakailang mga bentahe, nahaharap ito sa mga hamon sa ilang mga tisyu kung saan ang paglikha ng isang single-cell suspension ay napatunayang mahirap at nangangailangan ng mga sariwang sample. Sa BMKGene, tinutugunan namin ang balakid na ito sa pamamagitan ng pag-aalok ng single-nucleus RNA sequencing (snRNA-seq) gamit ang makabagong teknolohiyang 10X Genomics Chromium. Pinalalawak ng pamamaraang ito ang spectrum ng mga sample na maaaring isagawa sa transcriptome analysis sa antas ng single-cell.
Ang paghihiwalay ng mga nuclei ay naisasagawa sa pamamagitan ng makabagong 10X Genomics Chromium chip, na nagtatampok ng walong-kanal na microfluidics system na may dobleng crossing. Sa loob ng sistemang ito, ang mga gel bead na naglalaman ng mga barcode, primer, enzyme, at isang nucleus ay nakapaloob sa mga patak ng langis na kasinglaki ng nanoliter, na bumubuo ng Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Kasunod ng pagbuo ng GEM, nagaganap ang cell lysis at paglabas ng barcode sa loob ng bawat GEM. Kasunod nito, ang mga molekula ng mRNA ay sumasailalim sa reverse transcription sa mga cDNA, na kinabibilangan ng 10X barcode at Unique Molecular Identifiers (UMI). Ang mga cDNA na ito ay isinasailalim sa karaniwang konstruksyon ng sequencing library, na nagpapadali sa isang matatag at komprehensibong paggalugad ng mga profile ng ekspresyon ng gene sa antas ng single-cell.
Plataporma: 10× Genomics Chromium at Illumina NovaSeq Plataporma
-
Pagsunod-sunod ng Buong Genome ng Halaman/Hayop
Ang Whole Genome Sequencing (WGS) ay isang pamamaraan na ginagamit upang matukoy ang kabuuan ng sequence ng DNA ng genome ng isang organismo sa isang pagkakataon.
Karaniwan, ang serbisyo ay nahahati sa dalawang magkaibang grupo depende sa pagkakaroon ng isang reference genome:
- Bagobuong pagkakasunud-sunod ng genome.Sa sitwasyong ito, ang genome na ise-sequence ay walang magagamit na reference genome, at dahil dito, ang layunin ng sequencing na ito ay upang mabuo ito (o upang mapabuti ang isang umiiral na). Ang pamamaraang ito ay kailangang gumamit ng parehong Illumina data at long-read sequencing upang mapahusay ang genome assembly sa pamamagitan ng paglikha ng overlap sa pagitan ng mga read.
- Muling pagsasaayos.Ito ay tumutukoy sa buong genome sequencing ng iba't ibang indibidwal ng mga species na may kilalang reference genomes. Batay dito, ang mga pagkakaiba sa genome ng mga indibidwal o populasyon ay maaaring higit pang matukoy.
-
Pagsunod-sunod ng Buong-Haba ng mRNA-Nanopore
Bagama't ang NGS-based mRNA sequencing ay isang maraming gamit na kasangkapan para sa pagbibilang ng ekspresyon ng gene, ang pagdepende nito sa maiikling pagbasa ay naglilimita sa bisa nito sa mga kumplikadong transcriptomic analyses. Sa kabilang banda, ang nanopore sequencing ay gumagamit ng long-read technology, na nagbibigay-daan sa sequencing ng mga full-length mRNA transcript. Pinapadali ng pamamaraang ito ang isang komprehensibong paggalugad ng alternatibong splicing, gene fusions, poly-adenylation, at ang pagbibilang ng mga mRNA isoform.
Ang nanopore sequencing, isang pamamaraan na umaasa sa mga nanopore single-molecule real-time electrical signals, ay nagbibigay ng mga resulta sa real-time. Ginagabayan ng mga motor protein, ang double-stranded DNA ay nagbibigkis sa mga nanopore protein na naka-embed sa isang biofilm, at humihiwalay habang dumadaan ito sa nanopore channel sa ilalim ng pagkakaiba ng boltahe. Ang mga natatanging electrical signal na nalilikha ng iba't ibang base sa DNA strand ay nade-detect at inuuri sa real-time, na nagpapadali sa tumpak at tuluy-tuloy na nucleotide sequencing. Ang makabagong pamamaraang ito ay nakakapagtagumpayan sa mga limitasyon sa maikling pagbasa at nagbibigay ng isang dynamic na plataporma para sa masalimuot na genomic analysis, kabilang ang mga kumplikadong transcriptomic studies, na may agarang resulta.
Plataporma: Nanopore PromethION 48
