Buong transcriptome sequencing - Illumina
Mga tampok
● Dual library para i-sequence ang kumpletong transcriptome: rRNA depletion na sinusundan ng PE150 library preparation at size selection na sinusundan ng SE50 library preparation
● Kumpletuhin ang pagsusuri ng bioinformatics ng mRNA, lncRNA, circRNA at miRNA sa magkakahiwalay na ulat ng bioinformatics
● Pinagsamang pagsusuri ng lahat ng expression ng RNA sa pinagsamang ulat, kabilang ang pagsusuri ng mga ceRNA network.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malalim na pagsusuri ng mga regulatory network: Ang pagsusuri sa network ng ceRNA ay pinagana ng pinagsamang pagkakasunud-sunod ng mRNA, lncRNA, circRNA at miRNA at sa pamamagitan ng isang kumpletong bioinformatic na daloy ng trabaho.
●Komprehensibong Anotasyon: gumagamit kami ng maramihang mga database upang ma-annotate ang mga Differentially Expressed Genes (DEGs) at magsagawa ng kaukulang pagsusuri sa pagpapayaman, na nagbibigay ng mga insight sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng transcriptome na tugon.
●Malawak na Dalubhasa: na may track record ng matagumpay na pagsasara ng higit sa 2000 buong transcriptome na mga proyekto sa iba't ibang domain ng pananaliksik, ang aming koponan ay nagdadala ng maraming karanasan sa bawat proyekto.
●Mahigpit na Kontrol sa Kalidad: nagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample at library hanggang sa sequencing at bioinformatics.Tinitiyak ng maselang pagsubaybay na ito ang paghahatid ng patuloy na mataas na kalidad na mga resulta.
● Comprehensive Anotasyon: gumagamit kami ng maramihang mga database upang ma-annotate ang mga Differentially Expressed Genes (DEGs) at magsagawa ng kaukulang pagsusuri sa pagpapayaman, na nagbibigay ng mga insight sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng transcriptome na tugon.
●Suporta sa Post-Sales: Ang aming pangako ay umaabot nang lampas sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwan na panahon ng serbisyo pagkatapos ng pagbebenta.Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga query na nauugnay sa mga resulta.
Mga Sample na Kinakailangan at Paghahatid
| Aklatan | Diskarte sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomenda ang data | Kontrol sa Kalidad |
| naubos ang rRNA | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Napili ang laki | Illumina SE50 | 10-20M reads |
Mga Sample na Kinakailangan:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Halaga (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang protina o kontaminasyon ng DNA na ipinapakita sa gel. | Mga halaman: RIN≥6.5 Hayop: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan:
2 ml centrifuge tube (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Sample na pag-label: Pangkat+kopya hal. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Pagpapadala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga bag at ibaon sa dry-ice.
2.RNAstable tubes: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa RNA stabilization tube(eg RNAstable®) at ipadala sa room temperature.
Daloy ng Trabaho ng Serbisyo
Eksperimento na disenyo
Paghahatid ng sample
Pagkuha ng RNA
Paggawa ng aklatan
Pagsusunod-sunod
Pagsusuri sa datos
Mga serbisyo pagkatapos ng pagbebenta
Bioinformatics
Pangkalahatang-ideya ng expression ng RNA
Differentially Expressed genes
pagsusuri ng ceRNA
Mga naiibang ipinahayag na miRNA at mga nauugnay na RNA
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng buong transcriptome sequencing na serbisyo ng BMKGene sa pamamagitan ng isang na-curate na koleksyon ng mga publikasyon.
Dai, Y. et al.(2022) 'Mga komprehensibong profile ng expression ng mRNA, lncRNA at miRNA sa sakit na Kashin-Beck na kinilala sa pamamagitan ng RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), pp. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Full length transcriptomes analysis of cold-resistance of Apis cerana in Changbai Mountain during overwintering period.', Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Ang pinagsamang pagsusuri ng mga profile ng expression ng lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ay nagpapakita ng mga nobelang insight sa mga potensyal na mekanismo bilang tugon sa root-knot nematodes sa peanut', BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/FIGURES/7.
Yan, Z. et al.(2022) Ang 'Whole-transcriptome RNA sequencing ay nagha-highlight sa mga mekanismo ng molekular na nauugnay sa pagpapanatili ng kalidad ng postharvest sa broccoli sa pamamagitan ng red LED irradiation', Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
