Pagsunod-sunod ng Buong Transcriptome – Illumina
Mga Tampok
● Pagbuo ng dalawahang library upang masunod ang pagkakasunod-sunod ng kumpletong transcriptome: rRNA depletion library at paghahanda ng maliit na RNA library.
● Kumpletong bioinformatic analysis ng mRNA, lncRNA, circRNA at miRNA sa magkakahiwalay na bioinformatic reports, kasama ang isang magkasanib na pagsusuri kasama ang lahat ng RNA expression, kabilang ang pagsusuri ng mga ceRNA network.
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na KadalubhasaanMahigit 2100 na buong proyekto ng transcriptome ang aming naproseso, na sumasaklaw sa iba't ibang uri ng sample. Dala namin ang kayamanan ng kadalubhasaan sa bawat proyekto.
●Mahigpit na Kontrol sa KalidadNagpapatupad kami ng mga pangunahing control point sa lahat ng yugto, mula sa paghahanda ng sample hanggang sa paghahanda ng library, sequencing, at bioinformatics. Tinitiyak ng aming masusing pagsubaybay ang paghahatid ng pare-parehong mataas na kalidad na mga resulta.
●Komprehensibong AnotasyonGumagamit kami ng maraming database upang ma-annotate nang maayos ang mga Differentially Expressed Genes (DEG) at magsagawa ng kaukulang mga pagsusuri sa pagpapayaman. Ang komprehensibong pamamaraang ito ay nagbibigay ng mga pananaw sa mga prosesong cellular at molekular na pinagbabatayan ng tugon ng transcriptome, na tinitiyak na makukuha mo ang lahat ng posibleng impormasyon tungkol sa datos ng iyong eksperimento.
●Malalim na Pagsusuri ng mga Network ng RegulasyonAng pagsusuri ng network ng ceRNA ay pinapagana ng magkasanib na sequencing ng mRNA, lncRNA, circRNA, at miRNA at ng isang masusing daloy ng trabaho sa bioinformatic.
●Suporta Pagkatapos ng PagbebentaNauunawaan namin kung gaano kahalaga ang pagiging presente, kaya naman ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga Kinakailangan sa Halimbawa at Paghahatid
| Aklatan | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Inirerekomendang datos | Kontrol ng Kalidad |
| Naubos na ang rRNA | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Napiling laki | Illumina SE50 | 10-20M na pagbasa |
Mga Kinakailangan sa Halimbawa:
Mga Nukleotida:
| Konklusyon (ng/μl) | Dami (μg) | Kadalisayan | Integridad |
| ≥ 80 | ≥ 1.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Limitado o walang kontaminasyon ng protina o DNA na ipinapakita sa gel. | RIN≥6.0 5.0≥28S/18S≥1.0; limitado o walang baseline elevation |
Inirerekomendang Paghahatid ng Sample
Lalagyan: 2 ml na tubo ng centrifuge (Hindi inirerekomenda ang tin foil)
Halimbawang paglalagay ng label: Grupo+ulitin hal. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Padala:
1. Dry-ice: Ang mga sample ay kailangang ilagay sa mga supot at ibaon sa dry-ice.
2. Mga tubo na RNAstable: Ang mga sample ng RNA ay maaaring patuyuin sa tubo na pang-stabilize ng RNA (hal. RNAstable®) at ipadala sa temperatura ng silid.
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Bioinformatika
Bukod sa lahat ng pagsusuri sa bawat isa, ang 4 na uri ng RNA ay pinagsama sa aming pinagsamang pagsusuri:
- Pagsusuri ng ko-ekspresyon sa pagitan ng lahat ng iba't ibang uri ng datos ng RNA
- Pangkalahatang-ideya ng ekspresyon ng RNA
- Pangkalahatang-ideya ng ekspresyong diferensyal
- CeRNA Network
- Mga pangunahing gene na isinama sa landas
- Pagsusuri sa konserbasyon
- Mga relasyon sa pag-target
Pangkalahatang-ideya ng ekspresyon ng RNA
Mga gene na may magkakaibang pagpapahayag
pagsusuri ng ceRNA
Mga miRNA na may magkakaibang pagpapahayag at mga kaugnay na RNA
Galugarin ang mga pagsulong sa pananaliksik na pinadali ng mga serbisyo ng whole transcriptome sequencing ng BMKGene sa pamamagitan ng isang napiling koleksyon ng mga publikasyon.
Dai, Y. et al. (2022) 'Mga komprehensibong profile ng ekspresyon ng mga mRNA, lncRNA at miRNA sa sakit na Kashin-Beck na natukoy sa pamamagitan ng RNA-sequencing',Molekular na Omics, 18(2), pp. 154–166. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Buong haba na pagsusuri ng mga transcriptome ng resistensya sa lamig ng Apis cerana sa Bundok Changbai habang panahon ng taglamig.',Gene, 830, pp. 146503–146503. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Pagbibigay-priyoridad Batay sa Multi-Omics Integration ng Naglalaban-labang Endogenous RNA Regulation Networks sa Small Cell Lung Cancer: Mga Katangian ng Molekular at mga Kandidato sa Gamot',Mga Hangganan sa Oncology, 12, p. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'Ang pinagsamang pagsusuri ng mga profile ng ekspresyon ng lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ay nagpapakita ng mga bagong pananaw sa mga potensyal na mekanismo bilang tugon sa mga nematode ng root-knot sa mani',BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/MGA FIGURES/7.
Yan, Z. et al. (2022) 'Itinatampok ng whole-transcriptome RNA sequencing ang mga mekanismong molekular na nauugnay sa pagpapanatili ng kalidad pagkatapos ng ani sa broccoli sa pamamagitan ng red LED irradiation',Biyolohiya at Teknolohiya Pagkatapos ng Pag-aani, 188, p. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
