Pagsusuri ng Asosasyon sa Buong Genome
Daloy ng Trabaho
Mga Kalamangan sa Serbisyo
●Malawak na Kadalubhasaan at mga talaan ng publikasyonTaglay ang naipon na karanasan sa GWAS, nakumpleto ng BMKGene ang daan-daang proyekto ng mga uri ng hayop sa pananaliksik sa populasyon ng GWAS, tinulungan ang mga mananaliksik na maglathala ng mahigit 100 artikulo, at ang cumulative impact factor ay umabot sa 500.
● Komprehensibong pagsusuri ng bioinformaticsKasama sa daloy ng trabaho ang pagsusuri ng kaugnayan ng SNP-trait, na naghahatid ng isang hanay ng mga kandidatong gene at ang kanilang kaukulang functional annotation.
●Mataas na kasanayang pangkat ng bioinformatics at maikling siklo ng pagsusuriTaglay ang malawak na karanasan sa advanced genomics analysis, ang pangkat ng BMKGene ay naghahatid ng komprehensibong pagsusuri na may mabilis na turnaround time.
●Suporta Pagkatapos ng Pagbebenta:Ang aming pangako ay higit pa sa pagkumpleto ng proyekto na may 3-buwang panahon ng serbisyo pagkatapos ng benta. Sa panahong ito, nag-aalok kami ng follow-up ng proyekto, tulong sa pag-troubleshoot, at mga sesyon ng Q&A upang matugunan ang anumang mga katanungan na may kaugnayan sa mga resulta.
Mga detalye at kinakailangan sa serbisyo
| Uri ng pagkakasunod-sunod | Inirerekomendang sukat ng populasyon | Istratehiya sa pagkakasunud-sunod | Mga kinakailangan sa nukleotida |
| Pagsunod-sunod ng Buong Genome | 200 na sample | 10x | Konsentrasyon: ≥ 1 ng/ µL Kabuuang dami ≥ 30ng Limitado o walang pagkasira o kontaminasyon |
| Partikular na Pinalawak na Bahagi ng Lokus (SLAF) | Lalim ng tag: 10x Bilang ng mga tag: < 400 Mb: Inirerekomenda ang WGS < 1Gb: 100K na mga tag 1Gb > 2Gb: 300K tag Pinakamataas na 500k na tag | Konsentrasyon ≥ 5 ng/µL Kabuuang dami ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Agarose gel: wala o limitado ang pagkasira o kontaminasyon
|
Pagpili ng Materyal
Iba't ibang barayti, subspecies, landraces/genebanks/halo-halong pamilya/ligaw na yaman
Iba't ibang uri, subspecies, landraces
Pamilyang kapatid sa kalahati/pamilyang kapatid sa buong buhay/mga ligaw na yaman
Daloy ng Trabaho sa Serbisyo
Disenyo ng eksperimento
Paghahatid ng halimbawa
Pagkuha ng RNA
Pagtatayo ng aklatan
Pagsunod-sunod
Pagsusuri ng datos
Mga serbisyo pagkatapos ng benta
Kabilang dito ang sumusunod na pagsusuri:
- Pagsusuri ng asosasyon sa buong genome: modelo ng LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Functional annotation ng mga kandidatong gene
Pagsusuri ng kaugnayan ng SNP-trait – Manhattan plot
Pagsusuri ng kaugnayan ng SNP-trait – QQ plot
Tuklasin ang mga pagsulong na pinadali ng mga serbisyo ng BMKGene sa pamamagitan ng isang koleksyon ng mga publikasyon na pinili:
Lv, L. et al. (2023) 'Pag-unawa sa henetikong batayan ng pagtitiis sa ammonia sa razor clam na Sinonovacula constricta sa pamamagitan ng pag-aaral ng genome-wide association',Aquaculture, 569, p. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) 'Ang mga pagsusuring multi-omics ng 398 na foxtail millet accessions ay nagpapakita ng mga genomic na rehiyon na nauugnay sa domestication, mga katangian ng metabolite, at mga anti-inflammatory effect',Halamang Molekular, 15(8), pp. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) 'Pagmamapa ng Asosasyon sa Buong Genome ng mga Phenotype ng Hulless Barely sa Kapaligiran ng Tagtuyot',Mga Hangganan sa Agham ng Halaman, 13, p. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'Ang GmST1, na nagko-code ng sulfotransferase, ay nagbibigay ng resistensya sa mga strain ng soybean mosaic virus na G2 at G3',Halaman, Selula at Kapaligiran, 44(8), pp. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
