Trình tự DNA/RNA -PacBio Sequencer
Đặc trưng
Hai chế độ giải trình tự trên trình sắp xếp chuỗi PacBio: Đọc dài liên tục (CLR) và Đọc đồng thuận tròn (CCS)
| Chế độ tuần tự | Kích thước thư viện | Dữ liệu lý thuyếtNăng suất (Mỗi ô) | Đế đơnSự chính xác | Các ứng dụng |
| CLR | 20Kb, 30Kb, v.v. | 80 Gb đến 130 Gb | Xấp xỉ.85% | Mới bắt đầu, Gọi SV, v.v. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 đến 40 Gb/Ô (Phần tiếp theo II) 70 đến 110 Gb/Ô (Revio) Phụ thuộc vào các mẫu | Xấp xỉ.99% | Mới bắt đầu, Gọi SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
So sánh hiệu năng và tính năng của Revio và Sequel II
| Điều kiện | Hệ thống phần tiếp theo II | Hệ thống Revio | Tăng |
| Mật độ cao hơn | 8 triệu ZMW | 25 triệu ZMW | 3x |
| Giai đoạn độc lập | 1 | 4 | 4x |
| Thời gian chạy ngắn hơn | 30 giờ | 24 giờ | 1,25 lần |
| Bộ gen người HiFi 30X/năm | 88 | 1.300 | 1tổng thể gấp 5 lần |
Ưu điểm dịch vụ
● Hơn 8 năm kinh nghiệm trên nền tảng giải trình tự PacBio với hàng nghìn dự án khép kín với nhiều loài khác nhau.
● Được trang bị đầy đủ nền tảng Giải trình tự PacBio mới nhất, Revio để đảm bảo đủ thông lượng giải trình tự.
● Thời gian quay vòng nhanh hơn, năng suất dữ liệu cao hơn và dữ liệu chính xác hơn.
● Đã đóng góp trong hàng trăm ấn phẩm dựa trên PacBio có tác động lớn.
Yêu cầu mẫu
| Loại mẫu | Số lượng | Nồng độ （Qubit®） | Âm lượng | độ tinh khiết | Người khác |
| DNA bộ gen | Phụ thuộc vào yêu cầu dữ liệu | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1.8-2.5； Đỉnh rõ ràng ở 260 nm,không có ô nhiễm | Nồng độ cần đo bằng Qubit và Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| Tổng số RNA | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5；không có ô nhiễm | Giá trị RIN ≥7,5 5 ≥28S/18S ≥1 |
Quy trình làm việc của dịch vụ
Chuẩn bị mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Giao dự án
1. Năng suất dữ liệu nội bộ
Dữ liệu được tạo từ 63 ô CCS (từ 26 loài)
| DỮ LIỆU-PacBio-CCS-15 Kb | Trung bình | Tối đa | tối thiểu | Trung bình |
| Năng suất - đọc con (Gb) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25,93 | 38,59 | 10,86 | 25,43 |
| Polymerase N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Đọc phụ N50 | 17,509 | 23.924 | 12,485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9,876 | 14.747 |
| Chiều dài trung bình-Polymerase | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Độ dài trung bình-Bài đọc phụ | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Chiều dài trung bình-CCS | 14.489 | 19.074 | 8,575 | 14.655 |
Dữ liệu được tạo từ 16 ô CLR (từ 76 loài)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | Trung bình | Tối đa | tối thiểu | Trung bình |
| Năng suất - đọc con (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polymerase N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Đọc phụ N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Chiều dài trung bình-Polymerase | 22.063 | 48.886 | 8,747 | 21.555 |
| Độ dài trung bình-Bài đọc phụ | 17.720 | 27.225 | 8,293 | 17.779 |
2.Data QC – DemoThống kê về năng suất dữ liệu
| Vật mẫu | Số lần đọc ccs | Tổng số căn cứ ccs (bp) | ccs Đọc N50 (bp) | ccs Chiều dài trung bình (bp) | ccs Đọc lâu nhất (bp) | đọc con Căn cứ (bp) | tỷ lệ ccs(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6,27 |
