BMKCloud Log in
条形 baner-03

Cynhyrchion

Dilyniant DNA/RNA - Dilyniant PacBio

Mae platfform dilyniannu PacBio yn blatfform dilyniannu darllen hir, a elwir hefyd yn un o dechnolegau Dilyniannu Trydydd Cenhedlaeth (TGS).Mae'r dechnoleg graidd, un-moleciwl amser real (SMRT), yn grymuso cynhyrchu darlleniadau gyda degau o kilo-bas o hyd.Ar sylfaen “Dilyniannu-wrth-Synthesis”, mae cydraniad niwcleotid sengl yn cael ei gyflawni gan donfedd sero-ddelw (ZMW), lle mai dim ond cyfaint cyfyngedig ar y gwaelod (safle synthesis moleciwl) sy'n cael ei oleuo.Yn ogystal, mae dilyniannu SMRT i raddau helaeth yn osgoi rhagfarn dilyniant-benodol yn system NGS, gan nad oes angen y rhan fwyaf o gamau ymhelaethu PCR yn y broses adeiladu llyfrgell.

 

Llwyfan: Sequel II, Revio


Manylion Gwasanaeth

Canlyniadau Demo

Nodweddion

Dau ddull dilyniannu ar ddilyniant PacBio: Darllen Hir Parhaus (CLR) a Darllen Consensws Cylchol (CCS)

Modd Dilyniannu Maint y Llyfrgell Data DamcaniaetholCnwd (Fesul Cell) Sengl-sylfaenCywirdeb Ceisiadau
CLR 20Kb, 30Kb, ac ati. 80 Gb i 130 Gb Tua.85% De novo, SV yn galw, ac ati.
CCS 15-20 Kb

14 i 40 Gb/Cell (Dilyniant II)

70 i 110 Gb/Cell (Revio)

Yn dibynnu ar y samplau

Tua.99% De novo, galwadau SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

Cymhariaeth o berfformiad a nodweddion Refio a Sequel II

Termau

Sequel II system

System Revio

Cynyddu

Dwysedd uwch

8 miliwn ZMWs

25 miliwn o ZMWs

3x

Camau annibynnol

1

4

4x

Amseroedd rhedeg byrrach

30 awr

24 awr

1.25x

Genomau dynol 30X HiFi / blwyddyn

88

1,300

15x yn gyffredinol

Manteision Gwasanaeth

● Dros 8 mlynedd o brofiad ar lwyfan dilyniannu PacBio gyda miloedd o brosiectau caeedig gyda gwahanol rywogaethau.

● Wedi'i gyfarparu'n llawn â'r llwyfannau Dilyniannu PacBio diweddaraf, Refio i warantu digon o drwygyrch dilyniannu.

● Amser gweithredu cyflymach, cynnyrch data uwch a data mwy cywir.

● Wedi cyfrannu at gannoedd o gyhoeddiadau effaith uchel yn seiliedig ar PacBio.

Gofynion Sampl


Math Sampl Swm Crynodiad (Qubit®) Cyfrol Purdeb Eraill
DNA genomig Yn dibynnu ar y Gofyniad Data ≥50 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
Uchafbwynt clir ar 260 nm ,dim halogiadau
Mae angen mesur crynodiad gan Qubit a Qubit/Nanopore = 0.8-2.5
Cyfanswm RNA ≥1.2μg ≥120 ng/μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5;dim halogiadau

Gwerth RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

Llif Gwaith Gwasanaeth

paratoi sampl

Paratoi sampl

Paratoi Llyfrgell

Adeiladu llyfrgell

Dilyniannu

Dilyniannu

Dadansoddi data

Dadansoddi data

Sampl QC

Cyflwyno'r prosiect


  • Pâr o:
  • Nesaf:

  • Cynnyrch Data 1.In-house

    Data a gynhyrchwyd o 63 o gelloedd CCS (o 26 rhywogaeth)

    DATA-PacBio-CCS-15 Kb Cyfartaledd Max Minnau Canolrif
    Cynnyrch - is-ddarllen (Gb) 421.12 544.27 221.38 426.58
    Yiled - CCS(Gb) 25.93 38.59 10.86 25.43
    Polymerase N50 145,651 175,430 118,118 144,689
    Isddarlleniadau N50 17,509 23,924 12,485 17,584
    CCS N50 14,490 19,034 9,876 14,747
    Hyd cyfartalog-Polymerase 67,995 89,379 49,664 66,433
    Hyd cyfartalog-Is-ddarllen 15,866 21,036 11,657 16,012
    Hyd cyfartalog-CCS 14,489 19,074 8,575 14,655

    Data a gynhyrchwyd o 16 cell CLR (o 76 rhywogaeth)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb Cyfartaledd Max Minnau Canolrif
    Cynnyrch - is-ddarllen (Gb) 142.20 291.40 50.55 142.49
    Polymerase N50 39,456 121,191 15,389 35,231
    Isddarlleniadau N50 28,490 41,012 14,430 29,063
    Hyd cyfartalog-Polymerase 22,063 48,886 8,747 21,555
    Hyd cyfartalog-Is-ddarllen 17,720 27,225 8,293 17,779

    2.Data QC – DemoYstadegau ar gynnyrch data

    Sampl

    ccs Darllen Rhif

    Cyfanswm sylfaen ccs (bp)

    ccs yn darllen N50 (bp)

    ccs Hyd Cymedrig (bp)

    ccs Darllen Hiraf (bp)

    isddarllen gwaelodion (bp)

    cyfradd ccs(%)

    PB_BMKxxx

    3,444,159

    54,164,122,586

    15,728

    15,726

    36,110

    863,326,330,465

    6.27

     

    cael dyfynbris

    Ysgrifennwch eich neges yma a'i hanfon atom

    Anfonwch eich neges atom: