د DNA/RNA ترتیب کول - PacBio Sequencer
برخی
په PacBio سیکوینسر کې د ترتیب کولو دوه طریقې: دوامداره اوږد لوستل (CLR) او د سرکلر توافق لوستل (CCS)
| د ترتیب کولو حالت | د کتابتون اندازه | نظري معلوماتحاصل (فی حجره) | واحد بنسټدقت | غوښتنلیکونه |
| CLR | 20Kb، 30Kb، او داسې نور. | له 80 جي بي څخه تر 130 جي بي پورې | نږدې۸۵٪ | د نوو، SV زنګ وهل، او داسې نور. |
| CCS | 15-20 Kb | له 14 څخه تر 40 جی بی / سیل (سیکویل II) له 70 څخه تر 110 جی بی / سیل (ریویو) په نمونو پورې اړه لري | نږدې۹۹٪ | د نوو, SNP/Indel/SV زنګ وهل، Iso-Seq، |
د Revio او Sequel II د فعالیت او ځانګړتیاو پرتله کول
| شرایط | د سیکویل II سیسټم | د بیاکتنې سیسټم | ډیروالی |
| لوړ کثافت | 8 میلیونه ZMWs | 25 میلیونه ZMWs | 3x |
| خپلواک پړاوونه | 1 | 4 | 4x |
| د چلولو لنډ وخت | 30 ساعته | 24 ساعته | 1.25x |
| 30X HiFi انساني جینومونه / کال | 88 | 1,300 | 1په ټولیز ډول 5x |
د خدماتو ګټې
● د PacBio د ترتیب کولو پلیټ فارم کې د 8 کلونو څخه ډیر تجربه د مختلف ډولونو سره د زرګونو تړلو پروژو سره.
● په بشپړ ډول د وروستي PacBio تسلسل پلیټ فارمونو سره مجهز شوی، Revio د کافي ترتیب کولو د لارې تضمین کولو لپاره.
● د ګړندي تګ راتګ وخت، د ډیټا لوړ حاصل او ډیر دقیق معلومات.
● د PacBio پر بنسټ په سلګونو لوړ اغیزو خپرونو کې مرسته کړې.
د نمونې اړتیاوې
| د نمونې ډول | مقدار | غلظت (Qubit®) | حجم | پاکوالی | نور |
| جینومیک DNA | د معلوماتو اړتیا پورې اړه لري | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5 په 260 nm کې پاکه چوکۍ،هیڅ ککړتیا نشته | غلظت باید د Qubit او Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 لخوا اندازه شي |
| ټول RNA | ≥1.2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5هیڅ ککړتیا نشته | د RIN ارزښت ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
د خدمت کاري جریان
د نمونې چمتو کول
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پروژې سپارل
1. په کور کې د معلوماتو حاصلات
معلومات د 63 CCS حجرو څخه تولید شوي (د 26 ډولونو څخه)
| ډاټا-PacBio-CCS-15 Kb | اوسط | Max | من | منځنی |
| حاصل - فرعي برخې (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Yiled - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| پولیمیریز N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| فرعي برډونه N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| اوسط اوږدوالی - پولیمریز | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| اوسط اوږدوالی - فرعي ټوټې | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| اوسط اوږدوالی - CCS | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
معلومات د 16 CLR حجرو څخه تولید شوي (د 76 ډولونو څخه)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | اوسط | Max | من | منځنی |
| حاصل - فرعي برخې (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| پولیمیریز N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| فرعي برډونه N50 | ۲۸۴۹۰ | 41,012 | 14,430 | ۲۹،۰۶۳ |
| اوسط اوږدوالی - پولیمریز | 22,063 | 48,886 | ۸۷۴۷ | 21,555 |
| اوسط اوږدوالی - فرعي ټوټې | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2. ډیټا QC – ډیمود معلوماتو د حاصلاتو احصایې
| نمونه | ccs د لوستلو شمیره | ټول ccs اډې (bp) | ccs لوستل N50 (bp) | ccs منځنۍ اوږدوالی (bp) | ccs تر ټولو اوږد لوستل (bp) | د فرعي لوست اساسات (bp) | د سي سي ایس نرخ (٪) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
