Секвенцирање ДНК/РНА -ПацБио Секуенцер
Карактеристике
Два режима секвенцирања на ПацБио секвенцеру: континуирано дуго читање (ЦЛР) и кружно консензус читање (ЦЦС)
| Секуенцинг Моде | Величина библиотеке | Теоријски подациПринос (по ћелији) | Сингле-басеПрецизност | Апликације |
| ЦЛР | 20Кб, 30Кб итд. | 80 Гб до 130 Гб | Прибл.85% | Де ново, СВ позивање итд. |
| ЦЦС | 15-20 Кб | 14 до 40 Гб/ћелију (наставак ИИ) 70 до 110 Гб/ћелија (Ревио) Зависи од узорака | Прибл.99% | Де ново, СНП/Индел/СВ позивање, Исо-Сек, |
Поређење перформанси и карактеристика Ревио и Секуел ИИ
| Услови | Систем Секуел ИИ | Ревио систем | Повећати |
| Већа густина | 8 милиона ЗМВ | 25 милиона ЗМВ | 3x |
| Независне фазе | 1 | 4 | 4x |
| Краће време рада | 30 сати | 24 сати | 1,25к |
| 30Кс ХиФи људски геноми / год | 88 | 1,300 | 15к укупно |
Предности услуге
● Преко 8 година искуства на ПацБио платформи за секвенцирање са хиљадама затворених пројеката са различитим врстама.
● Потпуно опремљен са најновијим ПацБио Секуенцинг платформама, Ревио да гарантује довољан проток секвенцирања.
● Брже време обраде, већи принос података и тачнији подаци.
● Допринео стотинама публикација заснованих на ПацБио великог утицаја.
Захтеви за узорке
| Тип узорка | Износ | Концентрација （Кубит®） | Волуме | Чистоћа | Други |
| Геномска ДНК | Зависи од захтева за подацима | ≥50 нг/μл | ≥15μл | ОД260/280=1,7-2,2; ОД260/230=1,8-2,5; Јасан врх на 260 нм,нема контаминација | Концентрацију треба мерити помоћу Кубит-а и Кубит/Нанопоре = 0,8-2,5 |
| Укупна РНК | ≥1.2μг | ≥120 нг/μл | ≥15μл | ОД260/280=1,7-2,5; ОД260/230=0,5-2,5;нема контаминација | РИН вредност ≥7,5 5≥28С/18С≥1 |
Ток рада услуге
Припрема узорка
Изградња библиотеке
Секуенцинг
Анализа података
Испорука пројекта
1. Ин-хоусе Дата Ииелд
Подаци генерисани из 63 ЦЦС ћелије (од 26 врста)
| ДАТА-ПацБио-ЦЦС-15 Кб | Просек | Макс | Мин | медијана |
| Принос - подчитани (Гб) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| Иилед - ЦЦС(Гб) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| Полимераза Н50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| Субреадс Н50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| ЦЦС Н50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| Просечна дужина-полимераза | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| Просечна дужина-Подхлебови | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| Просечна дужина-ЦЦС | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
Подаци генерисани из 16 ЦЛР ћелија (од 76 врста)
| ДАТА-ПацБио-ЦЛР-30Кб | Просек | Макс | Мин | медијана |
| Принос - подчитани (Гб) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| Полимераза Н50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| Субреадс Н50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| Просечна дужина-полимераза | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| Просечна дужина-Подхлебови | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Дата КЦ – ДемоСтатистика о приносу података
| Узорак | ццс Чита бр | Укупне ццс базе (бп) | ццс чита Н50 (бп) | ццс Средња дужина (бп) | цц Најдуже читање (бп) | субреадс базе (бп) | ццс стопа (%) |
| ПБ_БМКккк | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
