დნმ/რნმ თანმიმდევრობა -PacBio Sequencer
მახასიათებლები
PacBio sequencer-ზე თანმიმდევრობის ორი რეჟიმი: უწყვეტი ხანგრძლივი წაკითხვა (CLR) და წრიული კონსენსუსის წაკითხვა (CCS)
| თანმიმდევრობის რეჟიმი | ბიბლიოთეკის ზომა | თეორიული მონაცემებიმოსავლიანობა (უჯრედზე) | ერთბაზიანისიზუსტე | აპლიკაციები |
| CLR | 20 კბ, 30 კბ და ა.შ. | 80 გბ-დან 130 გბ-მდე | დაახლ.85% | ახალი, SV დარეკვა და ა.შ. |
| CCS | 15-20 კბ | 14-დან 40 გბ/უჯრედამდე (მეორე გაგრძელება) 70-დან 110 გბ/უჯრედში (Revio) ნიმუშებზეა დამოკიდებული | დაახლ.99% | ახალი, SNP/Indel/SV დარეკვა, Iso-Seq, |
Revio-სა და Sequel II-ის შესრულებისა და მახასიათებლების შედარება
| Ვადები | გაგრძელება II სისტემა | Revio სისტემა | Მომატება |
| უფრო მაღალი სიმკვრივე | 8 მილიონი ZMW | 25 მილიონი ZMW | 3x |
| დამოუკიდებელი ეტაპები | 1 | 4 | 4x |
| მოკლე გაშვების დრო | 30 საათი | 24 საათი | 1.25x |
| 30X HiFi ადამიანის გენომი / წელიწადში | 88 | 1300 | 15x საერთო |
სერვისის უპირატესობები
● PacBio თანმიმდევრობის პლატფორმაზე 8 წელზე მეტი გამოცდილება სხვადასხვა სახეობის ათასობით დახურულ პროექტში.
● სრულად აღჭურვილი PacBio Sequencing-ის უახლესი პლატფორმებით, Revio, რათა უზრუნველყოფილი იყოს საკმარისი თანმიმდევრობის გამტარუნარიანობა.
● შემობრუნების უფრო სწრაფი დრო, უფრო მაღალი მონაცემების გამომუშავება და უფრო ზუსტი მონაცემები.
● წვლილი შეიტანა PacBio-ზე დაფუძნებულ ასობით მაღალი ზემოქმედების პუბლიკაციაში.
ნიმუშის მოთხოვნები
| ნიმუშის ტიპი | თანხა | კონცენტრაცია (Qubit®) | მოცულობა | სიწმინდე | სხვები |
| გენომის დნმ | დამოკიდებულია მონაცემთა მოთხოვნაზე | ≥50 ნგ/მკლ | ≥15მკლ | OD260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; სუფთა პიკი 260 ნმ.არანაირი დაბინძურება | კონცენტრაცია უნდა გაიზომოს Qubit და Qubit/Nanopore = 0.8-2.5 |
| სულ რნმ | ≥1.2მკგ | ≥120 ნგ/მკლ | ≥15მკლ | OD260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;არანაირი დაბინძურება | RIN მნიშვნელობა ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
სერვისის სამუშაო პროცესი
ნიმუშის მომზადება
ბიბლიოთეკის მშენებლობა
თანმიმდევრობა
Მონაცემთა ანალიზი
პროექტის მიწოდება
1. შიდა მონაცემების სარგებელი
მონაცემები გენერირებული 63 CCS უჯრედიდან (26 სახეობიდან)
| DATA-PacBio-CCS-15 კბ | საშუალო | მაქს | მინ | მედიანური |
| სარგებელი - ქვეწაკითხვები (გბ) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| გამოტანილი - CCS (გბ) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| პოლიმერაზა N50 | 145 651 | 175 430 | 118118 | 144 689 |
| ქვესაკითხავი N50 | 17509 | 23 924 | 12485 | 17584 |
| CCS N50 | 14490 | 19034 | 9876 | 14747 |
| საშუალო სიგრძე-პოლიმერაზა | 67 995 | 89 379 | 49664 | 66433 |
| საშუალო სიგრძე - ქვებრედები | 15866 | 21036 | 11657 | 16012 |
| საშუალო სიგრძე-CCS | 14489 | 19074 | 8575 | 14655 |
მონაცემები გენერირებული 16 CLR უჯრედიდან (76 სახეობიდან)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | საშუალო | მაქს | მინ | მედიანური |
| სარგებელი - ქვეწაკითხვები (გბ) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| პოლიმერაზა N50 | 39456 | 121191 | 15 389 | 35 231 |
| ქვესაკითხავი N50 | 28490 | 41 012 | 14430 | 29063 |
| საშუალო სიგრძე-პოლიმერაზა | 22063 | 48886 | 8747 | 21555 |
| საშუალო სიგრძე - ქვებრედები | 17720 | 27225 | 8293 | 17779 |
2.Data QC – დემოსტატისტიკა მონაცემთა მოსავლიანობის შესახებ
| ნიმუში | ccs კითხულობს რაოდენობა | ჯამური ccs ბაზები (bp) | ccs კითხულობს N50 (bp) | ccs საშუალო სიგრძე (bp) | ccs ყველაზე გრძელი წაკითხული (bp) | ქვეწაკითხვები Bases (bp) | ccs განაკვეთი (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15728 | 15726 | 36110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
