BMKCloud Log in
条形 Banner-០៣

ផលិតផល

លំដាប់ DNA/RNA - PacBio Sequencer

PacBio sequencing platform គឺជាវេទិកាលំដាប់លំដោយដែលបានអានជាយូរមកហើយ ដែលត្រូវបានគេស្គាល់ថាជាបច្ចេកវិទ្យាមួយក្នុងចំណោមបច្ចេកវិទ្យា Third-Generation Sequencing (TGS)។បច្ចេកវិទ្យាស្នូល ម៉ូលេគុលតែមួយពេលជាក់ស្តែង (SMRT) ផ្តល់អំណាចដល់ការបង្កើតការអានដែលមានប្រវែងរាប់សិបគីឡូ។នៅលើមូលដ្ឋាននៃ "Sequencing-by-Synthesis" ដំណោះស្រាយនុយក្លេអូទីតតែមួយត្រូវបានសម្រេចដោយ Zero-mode waveguide (ZMW) ដែលមានតែកម្រិតសំឡេងនៅខាងក្រោម (កន្លែងនៃការសំយោគម៉ូលេគុល) ត្រូវបានបំភ្លឺ។លើសពីនេះ ការដាក់តាមលំដាប់លំដោយ SMRT ភាគច្រើនជៀសវាងការលំអៀងជាក់លាក់តាមលំដាប់នៅក្នុងប្រព័ន្ធ NGS ដែលក្នុងនោះភាគច្រើននៃជំហានពង្រីក PCR មិនត្រូវបានទាមទារនៅក្នុងដំណើរការសាងសង់បណ្ណាល័យទេ។

 

វេទិកា៖ វគ្គទី II, Revio


ព័ត៌មានលម្អិតអំពីសេវាកម្ម

លទ្ធផលសាកល្បង

លក្ខណៈពិសេស

របៀបលំដាប់ពីរនៅលើលំដាប់ PacBio៖ អានបន្តវែង (CLR) និងអានការយល់ស្របជារង្វង់ (CCS)

របៀបតម្រៀប ទំហំបណ្ណាល័យ ទិន្នន័យទ្រឹស្តីទិន្នផល (ក្នុងមួយកោសិកា) មូលដ្ឋានតែមួយភាព​ត្រឹមត្រូវ កម្មវិធី
CLR 20Kb, 30Kb, ល។ 80 Gb ទៅ 130 Gb ប្រហែល85% ដឺណូវ៉ូ, SV calling ជាដើម។
ស៊ី.ស៊ី.អេស 15-20 Kb

14 ទៅ 40 Gb/Cell (Sequel II)

70 ទៅ 110 Gb/Cell (Revio)

អាស្រ័យលើគំរូ

ប្រហែល99% ដឺណូវ៉ូការហៅទូរសព្ទ SNP/Indel/SV, Iso-Seq,

ការប្រៀបធៀបការសម្តែង និងលក្ខណៈពិសេសរបស់ Revio និង Sequel II

លក្ខខណ្ឌ

ប្រព័ន្ធ Sequel II

ប្រព័ន្ធ Revio

កើនឡើង

ដង់ស៊ីតេខ្ពស់ជាង

8 លាន ZMWs

25 លាន ZMWs

3x

ដំណាក់កាលឯករាជ្យ

1

4

4x

រយៈពេលរត់ខ្លីជាង

30 ម៉ោង។

24 ម៉ោង

1.25x

ហ្សែនមនុស្ស 30X HiFi / ឆ្នាំ។

88

១.៣០០

15x សរុប

អត្ថប្រយោជន៍សេវាកម្ម

● បទពិសោធន៍ជាង 8 ឆ្នាំនៅលើវេទិកាលំដាប់ PacBio ជាមួយនឹងគម្រោងបិទជិតរាប់ពាន់ជាមួយប្រភេទផ្សេងៗ។

● បំពាក់យ៉ាងពេញលេញជាមួយនឹងវេទិកា PacBio Sequencing ចុងក្រោយបង្អស់ Revio ដើម្បីធានានូវដំណើរការលំដាប់លំដោយគ្រប់គ្រាន់។

● ពេលវេលាបង្វិលលឿនជាងមុន ទិន្នផលទិន្នន័យកាន់តែខ្ពស់ និងទិន្នន័យត្រឹមត្រូវជាងមុន។

● បានរួមចំណែកនៅក្នុងការបោះពុម្ពផ្សាយដែលមានមូលដ្ឋានលើ PacBio ដែលមានឥទ្ធិពលខ្ពស់រាប់រយ។

តម្រូវការគំរូ


ប្រភេទគំរូ ចំនួនទឹកប្រាក់ ការប្រមូលផ្តុំ (Qubit®) កម្រិតសំឡេង ភាព​បរិសុទ្ធ ផ្សេងៗ
DNA ហ្សែន អាស្រ័យលើតម្រូវការទិន្នន័យ ≥50 ng / μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.2;
OD260/230=1.8-2.5;
កំពូលច្បាស់នៅ 260 nm,គ្មានការចម្លងរោគ
ការផ្តោតអារម្មណ៍ត្រូវវាស់ដោយ Qubit និង Qubit/Nanopore = 0.8-2.5
RNA សរុប ≥1.2μg ≥120 ng / μl ≥15μl OD260/280=1.7-2.5;
OD260/230=0.5-2.5គ្មានការចម្លងរោគ

តម្លៃ RIN ≥7.5

5≥28S/18S≥1

 

លំហូរការងារសេវាកម្ម

ការរៀបចំគំរូ

ការរៀបចំគំរូ

ការរៀបចំបណ្ណាល័យ

ការសាងសង់បណ្ណាល័យ

លំដាប់

លំដាប់

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

ការវិភាគ​ទិន្នន័យ

គំរូ QC

ការផ្តល់គម្រោង


  • មុន៖
  • បន្ទាប់៖

  • 1. ទិន្នផលទិន្នន័យក្នុងផ្ទះ

    ទិន្នន័យដែលបានបង្កើតពីកោសិកា CCS ចំនួន 63 (ពី 26 ប្រភេទ)

    ទិន្នន័យ- PacBio-CCS-15 Kb មធ្យម អតិបរមា នាទី មធ្យម
    ទិន្នផល - ការអានរង (Gb) ៤២១.១២ 544.27 221.38 ៤២៦.៥៨
    Yiled - CCS(Gb) ២៥.៩៣ ៣៨.៥៩ ១០.៨៦ ២៥.៤៣
    ប៉ូលីមឺរ៉ាស N50 ១៤៥.៦៥១ ១៧៥.៤៣០ ១១៨.១១៨ ១៤៤.៦៨៩
    អត្ថបទរង N50 ១៧.៥០៩ ២៣.៩២៤ ១២.៤៨៥ ១៧.៥៨៤
    CCS N50 ១៤.៤៩០ ១៩.០៣៤ ៩.៨៧៦ ១៤.៧៤៧
    ប្រវែងមធ្យម - Polymerase ៦៧.៩៩៥ ៨៩.៣៧៩ ៤៩.៦៦៤ ៦៦.៤៣៣
    ប្រវែងមធ្យម - អត្ថបទរង ១៥.៨៦៦ ២១.០៣៦ ១១.៦៥៧ ១៦.០១២
    ប្រវែងមធ្យម - CCS ១៤.៤៨៩ ១៩.០៧៤ ៨.៥៧៥ ១៤.៦៥៥

    ទិន្នន័យដែលបានបង្កើតពីកោសិកា CLR ចំនួន 16 (ពី 76 ប្រភេទ)

    DATA-PacBio-CLR-30Kb មធ្យម អតិបរមា នាទី មធ្យម
    ទិន្នផល - ការអានរង (Gb) ១៤២.២០ 291.40 50.55 ១៤២.៤៩
    ប៉ូលីមឺរ៉ាស N50 ៣៩.៤៥៦ ១២១.១៩១ ១៥.៣៨៩ ៣៥.២៣១
    អត្ថបទរង N50 ២៨.៤៩០ ៤១.០១២ ១៤.៤៣០ ២៩.០៦៣
    ប្រវែងមធ្យម - Polymerase ២២.០៦៣ ៤៨.៨៨៦ ៨.៧៤៧ ២១.៥៥៥
    ប្រវែងមធ្យម - អត្ថបទរង ១៧.៧២០ ២៧.២២៥ ៨.២៩៣ ១៧.៧៧៩

    2. ទិន្នន័យ QC - ការបង្ហាញស្ថិតិនៃទិន្នផលទិន្នន័យ

    គំរូ

    ccs អានលេខ

    មូលដ្ឋាន ccs សរុប (bp)

    ccs អាន N50 (bp)

    ccs ប្រវែងមធ្យម (bp)

    ccs អានវែងបំផុត (bp)

    មូលដ្ឋានការអានរង (bp)

    អត្រា ccs (%)

    PB_BMKxxx

    ៣.៤៤៤.១៥៩

    ៥៤.១៦៤.១២២.៥៨៦

    ១៥.៧២៨

    ១៥.៧២៦

    ៣៦.១១០

    ៨៦៣.៣២៦.៣៣០.៤៦៥

    ៦.២៧

     

    ទទួលបានសម្រង់

    សរសេរសាររបស់អ្នកនៅទីនេះ ហើយផ្ញើវាមកយើង

    ផ្ញើសាររបស់អ្នកមកយើង៖