Secvențierea ADN/ARN -PacBio Sequencer
Caracteristici
Două moduri de secvențiere pe secvențatorul PacBio: Citire lungă continuă (CLR) și Citire circulară consensuală (CCS)
| Modul de secvențiere | Dimensiunea bibliotecii | Date teoreticeRandament (per celulă) | Cu o singură bazăPrecizie | Aplicații |
| CLR | 20Kb, 30Kb etc. | 80 Gb până la 130 Gb | Aproximativ.85% | De novo, apelare SV etc. |
| CCS | 15-20 Kb | 14 până la 40 Gb/celulă (Sequel II) 70 până la 110 Gb/celulă (Revio) Depinde de mostre | Aproximativ.99% | De novo, Apel SNP/Indel/SV, Iso-Seq, |
Comparație între performanța și caracteristicile Revio și Sequel II
| Termeni | Sistemul Sequel II | Sistemul Revio | Crește |
| Densitate mai mare | 8 milioane ZMW | 25 de milioane de ZMW | 3x |
| Etape independente | 1 | 4 | 4x |
| Timp de rulare mai scurt | 30 de ore | 24 de ore | 1,25x |
| 30X HiFi genomi umani/an | 88 | 1.300 | 15x în total |
Avantajele serviciului
● Peste 8 ani de experiență pe platforma de secvențiere PacBio cu mii de proiecte închise cu diverse specii.
● Complet echipat cu cele mai recente platforme PacBio Sequencing, Revio pentru a garanta un proces de secvențiere suficient.
● Timp de procesare mai rapid, randament mai mare de date și date mai precise.
● A contribuit la sute de publicații de mare impact bazate pe PacBio.
Cerințe pentru mostre
| Tip eșantion | Cantitate | Concentrație （Qubit®） | Volum | Puritate | Alții |
| ADN genomic | Depinde de cerințele de date | ≥50 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,2; OD260/230=1,8-2,5; Vârf clar la 260 nm,fara contaminari | Concentrația trebuie măsurată cu Qubit și Qubit/Nanopore = 0,8-2,5 |
| ARN total | ≥1,2μg | ≥120 ng/μl | ≥15μl | OD260/280=1,7-2,5; OD260/230=0,5-2,5;fara contaminari | Valoarea RIN ≥7,5 5≥28S/18S≥1 |
Fluxul de lucru al serviciului
pregătirea unei mostre
Construcția bibliotecii
Secvențierea
Analiza datelor
Livrare de proiect
1. Randamentul de date intern
Date generate din 63 de celule CCS (de la 26 de specii)
| DATE-PacBio-CCS-15 Kb | In medie | Max | Min | Median |
| Randament - subcitiri (Gb) | 421,12 | 544,27 | 221,38 | 426,58 |
| Produs - CCS(Gb) | 25.93 | 38,59 | 10.86 | 25.43 |
| Polimeraza N50 | 145.651 | 175.430 | 118.118 | 144.689 |
| Subcitește N50 | 17.509 | 23.924 | 12.485 | 17.584 |
| CCS N50 | 14.490 | 19.034 | 9.876 | 14.747 |
| Lungime medie-polimeraza | 67.995 | 89.379 | 49.664 | 66.433 |
| Lungime medie-Subpâine | 15.866 | 21.036 | 11.657 | 16.012 |
| Lungime medie-CCS | 14.489 | 19.074 | 8.575 | 14.655 |
Date generate din 16 celule CLR (de la 76 de specii)
| DATE-PacBio-CLR-30Kb | In medie | Max | Min | Median |
| Randament - subcitiri (Gb) | 142,20 | 291,40 | 50,55 | 142,49 |
| Polimeraza N50 | 39.456 | 121.191 | 15.389 | 35.231 |
| Subcitește N50 | 28.490 | 41.012 | 14.430 | 29.063 |
| Lungime medie-polimeraza | 22.063 | 48.886 | 8.747 | 21.555 |
| Lungime medie-Subpâine | 17.720 | 27.225 | 8.293 | 17.779 |
2.Data QC – DemoStatistici privind randamentul datelor
| Probă | ccs Citeste Num | Total ccs baze (bp) | ccs citește N50 (bp) | ccs lungime medie (bp) | ccs cea mai lungă citire (bp) | subcitește baze (bp) | rata ccs (%) |
| PB_BMKxxx | 3.444.159 | 54.164.122.586 | 15.728 | 15.726 | 36.110 | 863.326.330.465 | 6.27 |
