Эволюцион генетика
Хезмәтнең өстенлекләре
Такаги һ.б.,Завод журналы, 2013
ØНуклеотид һәм аминокислоталар дәрәҗәсендәге үзгәрешләргә нигезләнеп төрләрнең аерылу вакытын һәм тизлеген бәяләү
ØКонвергент эволюциянең һәм параллель эволюциянең минималь тәэсире булган төрләр арасында ышанычлырак филогенетик бәйләнешне ачу
ØСыйфат белән бәйле геннарны ачу өчен генетик үзгәрешләр һәм фенотиплар арасында бәйләнешләр төзү
ØТөрләрнең эволюцион потенциалын чагылдырган генетик төрлелекне бәяләү
ØТизрәк әйләнү вакыты
ØЗур тәҗрибә: БМК 12 елдан артык халыкта һәм эволюцион проектларда зур тәҗрибә туплады, йөзләгән төрне үз эченә алды һәм табигать элемтәләре, молекуляр үсемлекләр, үсемлек биотехнологияләр журналында һ.б. басылган 80 дән артык югары дәрәҗәдәге проектларда үз өлешен кертте.
Хезмәт күрсәтү үзенчәлекләре
Материаллар:
Гадәттә, ким дигәндә өч суб-популяция (мәсәлән, төркемчәләр яки штаммнар) тәкъдим ителә.Eachәрбер суб-халыкта ким дигәндә 10 кеше булырга тиеш (үсемлекләр ＞ 15, сирәк төрләр өчен киметелергә мөмкин).
Эзләү стратегиясе:
* WGS югары сыйфатлы белешмә геномы булган төрләр өчен кулланылырга мөмкин, ә SLAF-Seq справка геномы булмаган яисә начар сыйфатлы справка геномы булган төрләргә кагыла.
| Геном зурлыгына кагыла | WGS | SLAF-Тэглар (×10,000) |
| ≤ 500 Мб | ≥ 5 × / индивидуаль | 10 |
| 500 Мб - 1,5 Гб | 20 - 30 | |
| 1,5 Гб - 3 Гб | 30 - 40 | |
| Гигант яки катлаулы геномнар | 40 яки күбрәк |
Биоинформатика анализы
üЭволюцион анализ
üСайлап алу
üГен агымы
üДемографик тарих
üАерылу вакыты
Requрнәк таләпләр һәм тапшыру
Requirрнәк таләпләр:
| gDNA үрнәге | Кисем үрнәге |
| Концентрация: ng30 ng / μl | Tsсемлекләр: 1-2 г. |
| Күләм: ≥2 μг (Том ≥15 μл) | Хайваннар: 0,5-1 г. |
| Чисталык: OD260 / 280 = 1,6-2.5 | Бөтен кан: 1,5 мл |
Хезмәт эше
Эксперимент дизайны
Ampleрнәк китерү
Китапханә төзелеше
Эзләү
Мәгълүмат анализы
Сатудан соң хезмәтләр
*Монда күрсәтелгән демо нәтиҗәләре барысы да Biomarker Technologies белән бастырылган геномнардан
1. Эволюция анализында филогенетик агач төзелеше, генетик вариацияләр нигезендә халык структурасы һәм PCA бар.
Филогенетик агач уртак бабалар белән төрләр арасында таксономик һәм эволюцион бәйләнешне күрсәтә.
PCA суб-популяцияләр арасындагы якынлыкны күз алдына китерүне максат итеп куя.
Халык структурасы аллеле ешлыклары ягыннан генетик яктан аерылып торган суб-халыкның булуын күрсәтә.
Чен, һ.б.ал.,PNAS, 2020
2.Сайлап сөртү
Сайлап алу, уңайлы сайт сайланган һәм бәйләнгән нейтраль сайтларның ешлыклары арту һәм бәйләнмәгән сайтларның кимүе, региональ кимү процессына карый.
Сайлап алу өлкәләрендә геном киңлеген ачыклау халыкның генетик индексын by π st Fst, Tajima's D) билгеле бер адымда (10 Кб) сикерү тәрәзәсендә (100 Кб) исәпләү белән эшкәртелә.
Нуклеотид төрлелеге (π）
Таҗиманың Д.
Фиксация индексы (Fst)
Ву, һ.б.ал.,Молекуляр үсемлек, 2018
3.Ген агымы
Ву, һ.б.ал.,Молекуляр үсемлек, 2018
4.Демографик тарих
Чжан, һ.б.ал.,Табигать экологиясе һәм эволюция, 2021
5.Дивергенция вакыты
Чжан, һ.б.ал.,Табигать экологиясе һәм эволюция, 2021
BMK Case
Геномик вариация картасы язгы Кытай кәбестәсе (Brassica rapa ssp. Pekinensis) сайлау генетик нигезе турында мәгълүмат бирә.
Басылган: Молекуляр үсемлек, 2018
Эзләү стратегиясе:
Резеквенция: эзлеклелек тирәнлеге: 10 ×
Төп нәтиҗәләр
Бу тикшеренүдә, уртача тирәнлеге 10 × булган кабат эзләү өчен 194 Кытай кәбестәсе эшкәртелде, бу 1,208,499 SNP һәм 416,070 InDels китерде.Бу 194 юлдагы филогенетик анализ күрсәткәнчә, бу юлларны өч экотипка, яз, җәй һәм көзгә бүлеп була.Моннан тыш, халык структурасы һәм PCA анализы язгы Кытай кәбестәсенең Кытайның Шаньдундагы көзге кәбестәдән барлыкка килгәнен күрсәтте.Соңрак алар Корея һәм Япония белән таныштырылды, җирле линияләр белән кисештеләр һәм аларның кайбер сортлары Кытайга кире кайтарылды һәм ниһаять, Кытай Кәбестәсе булды.
Язгы Кытай кәбестәләрен һәм көзге кәбестәләрне геном киң сканерлау 23 геномик локияне ачыклады, алар көчле сайлау аша үтте, аларның икесе QTL-картография нигезендә контроль өлкәсе белән капланган.Бу ике төбәктә чәчәк ата торган төп геннар бар, BrVIN3.1 һәм BrFLC1.Бу ике ген транскриптом өйрәнү һәм трансгеник экспериментлар ярдәмендә вакытны ныгытуда катнашулары расланды.
 Кытай кәбестәләрендә халык структурасы анализы |  Кытай кәбестәсен сайлау турында генетик мәгълүмат |
Тонгбинг һ.б."Геномик үзгәрү картасы язгы Кытай кәбестәсенең генетик нигезләре турында мәгълүмат бирә (Brassica rapa ssp.pekinensis)."Молекуляр үсемлекләр,11 (2018): 1360-1376.
