-
Giải trình tự bộ gen thực vật / động vật De novo
De novogiải trình tự đề cập đến việc xây dựng toàn bộ bộ gen của một loài bằng cách sử dụng công nghệ giải trình tự, ví dụ như PacBio, Nanopore, NGS, v.v., trong trường hợp không có bộ gen tham chiếu.Sự cải tiến đáng kể về độ dài đọc của các công nghệ giải trình tự thế hệ thứ ba đã mang lại cơ hội mới trong việc lắp ráp các bộ gen phức tạp, chẳng hạn như những gen có tính dị hợp tử cao, tỷ lệ vùng lặp lại cao, đa bội, v.v. Với độ dài đọc ở mức hàng chục kilobase, các phép đọc trình tự này cho phép giải quyết các yếu tố lặp lại, các vùng có hàm lượng GC bất thường và các vùng phức tạp khác.
Nền tảng ： PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Lắp ráp bộ gen dựa trên Hi-C
Hi-C là một phương pháp được thiết kế để nắm bắt cấu hình nhiễm sắc thể bằng cách kết hợp các tương tác dựa trên thăm dò và giải trình tự thông lượng cao.Cường độ của những tương tác này được cho là có tương quan nghịch với khoảng cách vật lý trên nhiễm sắc thể.Do đó, dữ liệu Hi-C có thể hướng dẫn việc phân cụm, sắp xếp và định hướng các trình tự đã lắp ráp trong một bộ gen dự thảo và gắn chúng vào một số nhiễm sắc thể nhất định.Công nghệ này cho phép lắp ráp bộ gen ở cấp độ nhiễm sắc thể khi không có bản đồ di truyền dựa trên quần thể.Mỗi bộ gen đều cần Hi-C.
Nền tảng ： Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Di truyền học tiến hóa
Di truyền học tiến hóa là một dịch vụ giải trình tự đóng gói được thiết kế để cung cấp giải thích toàn diện về thông tin tiến hóa của các vật liệu nhất định dựa trên các biến thể di truyền, bao gồm SNP, InDels, SV và CNV.Nó cung cấp tất cả các phân tích cơ bản cần thiết để mô tả những thay đổi tiến hóa và các đặc điểm di truyền của quần thể, chẳng hạn như cấu trúc quần thể, đa dạng di truyền, mối quan hệ phát sinh loài, v.v. Nó cũng chứa các nghiên cứu về dòng gen, cho phép ước tính kích thước quần thể hiệu quả, thời gian phân kỳ.
-
Genomics so sánh
So sánh gen theo nghĩa đen có nghĩa là so sánh các trình tự và cấu trúc bộ gen hoàn chỉnh của các loài khác nhau.Ngành học này nhằm mục đích tiết lộ sự tiến hóa của loài, chức năng gen, cơ chế điều hòa gen ở cấp độ bộ gen bằng cách xác định cấu trúc trình tự và các yếu tố được bảo tồn hoặc khác biệt giữa các loài khác nhau.Nghiên cứu bộ gen so sánh điển hình bao gồm các phân tích về họ gen, sự phát triển tiến hóa, sự sao chép toàn bộ bộ gen, áp lực chọn lọc, v.v.
-
Phân tích Segregant hàng loạt
Phân tích tách biệt hàng loạt (BSA) là một kỹ thuật được sử dụng để nhanh chóng xác định các dấu hiệu di truyền liên quan đến kiểu hình.Quy trình chính của BSA bao gồm việc lựa chọn hai nhóm cá thể có kiểu hình cực kỳ đối lập, gộp DNA của tất cả các cá thể để tạo thành hai phần lớn DNA, xác định các trình tự khác biệt giữa hai nhóm.Kỹ thuật này đã được sử dụng rộng rãi trong việc xác định các dấu hiệu di truyền liên kết chặt chẽ với các gen mục tiêu trong hệ gen thực vật / động vật.
