-
Plöntu/dýr De novo erfðamengi röðun
NýjastaMeð raðgreiningu er átt við byggingu alls erfðamengis tegundar með því að nota raðgreiningartækni, td PacBio, Nanopore, NGS, o.s.frv., þar sem viðmiðunarerfðamengi er ekki til.Hin ótrúlega framför í lestrarlengd þriðju kynslóðar raðgreiningartækni hefur fært ný tækifæri við að setja saman flókin erfðamengi, eins og þau sem eru með mikla arfblendni, hátt hlutfall endurtekinna svæða, fjöllitna o.s.frv. úrlausn endurtekinna þátta, svæði með óeðlilegt GC innihald og önnur mjög flókin svæði.
Pall: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C byggt erfðamengi samkoma
Hi-C er aðferð sem er hönnuð til að fanga uppsetningu litninga með því að sameina rannsakandi nálægðarsamskipti og raðgreiningu með mikilli afköstum.Talið er að styrkleiki þessara víxlverkana sé í neikvæðri fylgni við líkamlega fjarlægð á litningum.Þess vegna gætu Hi-C gögn leiðbeint þyrping, röðun og stefnumótun samsettra raða í drögum erfðamengis og festingu þeirra á ákveðinn fjölda litninga.Þessi tækni styrkir erfðamengissamsetningu á litningastigi þar sem ekki er til staðar erfðakort sem byggir á þýði.Hvert einasta erfðamengi þarf Hi-C.
Pall: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Þróunarerfðafræði
Þróunarerfðafræði er pakkað raðgreiningarþjónusta sem er hönnuð til að veita alhliða túlkun á þróunarupplýsingum tiltekinna efna sem byggjast á erfðabreytileika, þar á meðal SNP, InDels, SVs og CNVs.Það veitir alla grundvallargreiningu sem þarf til að lýsa þróunarbreytingum og erfðafræðilegum eiginleikum stofna, svo sem stofngerð, erfðafræðilegum fjölbreytileika, tengslamyndun o.s.frv. Það inniheldur einnig rannsóknir á genaflæði, sem gerir kleift að meta árangursríka stofnstærð, frávikstíma.
-
Samanburður erfðafræði
Samanburður erfðafræði þýðir bókstaflega að bera saman heildar erfðamengisraðir og uppbyggingu mismunandi tegunda.Þessi fræðigrein miðar að því að sýna fram á tegundaþróun, genavirkni, genastjórnunarkerfi á erfðamengistigi með því að bera kennsl á raðbyggingar og þætti sem varðveittu eða aðgreindu milli mismunandi tegunda.Dæmigerð samanburðarrannsókn á erfðafræði felur í sér greiningar í genafjölskyldu, þróunarþróun, fjölföldun í heilu erfðamengi, sértækur þrýstingur osfrv.
-
Bulked Segregant greining
Bulked segregant analysis (BSA) er tækni sem notuð er til að bera kennsl á svipgerðartengd erfðamerki fljótt.Aðalverkflæði BSA felur í sér að velja tvo hópa einstaklinga með afar andstæðar svipgerðir, sameina DNA allra einstaklinga til að mynda tvö magn af DNA, auðkenna mismunaraðir á milli tveggja hópa.Þessi tækni hefur verið mikið notuð til að bera kennsl á erfðamerki sem eru sterk tengd markgenum í erfðamengi plantna/dýra.
