-
Өсімдік/жануарлар геномының реттілігі
De novoсеквенирлеу референттік геном болмаған кезде секвенирлеу технологияларын, мысалы, PacBio, Nanopore, NGS және т.б. пайдалана отырып, түрдің бүкіл геномын құруды білдіреді.Үшінші буынды секвенирлеу технологияларының оқу ұзақтығын керемет жақсарту күрделі геномдарды құрастыруда жаңа мүмкіндіктер әкелді, мысалы, жоғары гетерозиготалы, қайталанатын аймақтардың жоғары қатынасы, полиплоидтар және т.б. Оқу ұзақтығы ондаған килобазалар деңгейінде, бұл реттілік оқулары мүмкіндік береді қайталанатын элементтерді, аномальды ГК мазмұны бар аймақтарды және басқа да күрделі аймақтарды шешу.
Платформа: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C негізіндегі геномдық ассамблея
Hi-C - жақындыққа негізделген өзара әрекеттесулерді және жоғары өткізу қабілеттілігін секвенирлеуді біріктіру арқылы хромосома конфигурациясын түсіруге арналған әдіс.Бұл өзара әрекеттесулердің қарқындылығы хромосомалардағы физикалық қашықтыққа теріс байланысты деп саналады.Сондықтан, Hi-C деректері геном жобасында жинақталған тізбектерді кластерлеуге, ретке келтіруге және бағдарлауға және оларды хромосомалардың белгілі бір санына бекітуге бағыт бере алады.Бұл технология популяцияға негізделген генетикалық карта болмаған кезде хромосома деңгейіндегі геномды жинақтау мүмкіндігін береді.Әрбір геномға Hi-C қажет.
Платформа: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Эволюциялық генетика
Эволюциялық генетика – SNPs, InDels, SVs және CNVs қоса алғанда, генетикалық вариацияларға негізделген берілген материалдардың эволюциялық ақпараты туралы жан-жақты интерпретацияны қамтамасыз етуге арналған жиынтық секвенирлеу қызметі.Ол эволюциялық өзгерістерді және популяциялардың генетикалық ерекшеліктерін сипаттау үшін қажетті барлық іргелі талдауды қамтамасыз етеді, мысалы, популяция құрылымы, генетикалық әртүрлілік, филогениялық қатынастар және т.б. Ол сонымен қатар популяцияның тиімді мөлшерін, дивергенция уақытын бағалауға мүмкіндік беретін гендер ағыны бойынша зерттеулерді қамтиды.
-
Салыстырмалы геномика
Салыстырмалы геномика тура мағынасында әртүрлі түрлердің толық геномдық тізбектері мен құрылымдарын салыстыруды білдіреді.Бұл пән әртүрлі түрлерде сақталған немесе сараланған тізбек құрылымдары мен элементтерін анықтау арқылы түрлердің эволюциясын, ген функциясын, гендік реттеу механизмін геном деңгейінде ашуға бағытталған.Типтік салыстырмалы геномиканы зерттеуге гендік отбасындағы талдаулар, эволюциялық даму, геномның толық қайталануы, селективті қысым және т.б.
-
Көлемді сегрегант талдауы
Көлемді сегреганттық талдау (BSA) - фенотиппен байланысты генетикалық маркерлерді жылдам анықтау үшін қолданылатын әдіс.BSA-ның негізгі жұмыс процесі өте қарама-қарсы фенотиптері бар жеке тұлғалардың екі тобын таңдауды, ДНҚ-ның екі негізгі бөлігін құру үшін барлық жеке тұлғалардың ДНҚ-сын біріктіруді, екі пул арасындағы дифференциалдық тізбектерді анықтауды қамтиды.Бұл әдіс өсімдік/жануар геномдарындағы мақсатты гендермен тығыз байланысты генетикалық маркерлерді анықтауда кеңінен қолданылды.
