Metagenomic Sequencing-Nanopore
Ưu điểm dịch vụ
ØLắp ráp chất lượng cao-Tăng cường độ chính xác của việc xác định loài và dự đoán gen vui
ØPhân lập bộ gen vi khuẩn kín
ØỨng dụng mạnh mẽ và đáng tin cậy hơn trong các lĩnh vực đa dạng, ví dụ như phát hiện vi sinh vật gây bệnh hoặc các gen liên quan đến kháng kháng sinh
ØPhân tích đo lường so sánh
Thông số dịch vụ
| Giải trình tựNền tảng | Thư viện | Năng suất dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng ước tính |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Thẻ 50K / 100K / 300K | 30 ngày |
Phân tích tin sinh học
üKiểm soát chất lượng dữ liệu thô
üLắp ráp đồng hồ đo
üTập hợp gen không dư thừa và chú thích
üPhân tích đa dạng loài
üPhân tích đa dạng chức năng di truyền
üPhân tích giữa các nhóm
üPhân tích liên kết với các yếu tố thực nghiệm
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
VìChiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | Sự tinh khiết |
| Chiết xuất DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Đối với các mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu khuyến nghị |
| Đất | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Chất khô héo còn lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Xay các miếng lớn và đi qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP vô trùng hoặc cyrotube để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Thu thập và lấy mẫu trong ống EP vô trùng hoặc ống đông lạnh để đặt trước. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa sạch mô đã thu thập bằng PBS;Ly tâm PBS và thu lấy phần kết tủa trong các ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Thu thập và trích xuất mẫu bùn trong ống EP vô trùng hoặc ống đông lạnh để đặt trước |
| Người dưới nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và đi qua màng lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Làn da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi phẫu thuật và cho vào ống vô trùng. |
Giao hàng mẫu được đề xuất
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Vận chuyển mẫu với đá khô là bắt buộc.
Luồng công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Giải trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1.Heatmap: Phân nhóm độ phong phú của loài
2. Các gen chức năng được chú thích cho các con đường trao đổi chất KEGG
3. mạng tương quan loài
4.Circos gen kháng kháng sinh CARD
Vỏ BMK
Hệ thống đo lường nanopore cho phép chẩn đoán lâm sàng nhanh chóng bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới do vi khuẩn
Được phát hành:Công nghệ sinh học tự nhiên, 2019
Điểm nổi bật về kỹ thuật
Trình tự: Nanopore MinION
Tin sinh học metagenomics lâm sàng: Sự suy giảm DNA của vật chủ, phân tích WIMP và ARMA
Phát hiện nhanh chóng: 6 giờ
Độ nhạy cao: 96,6%
Kết quả chính
Năm 2006, bệnh nhiễm trùng đường hô hấp dưới (LR) đã gây ra cái chết cho 3 triệu người trên toàn cầu.Phương pháp điển hình để phát hiện mầm bệnh LR1 là nuôi cấy, phương pháp này có độ nhạy kém, thời gian quay vòng lâu và thiếu hướng dẫn trong điều trị kháng sinh sớm.Chẩn đoán vi sinh vật nhanh chóng và chính xác từ lâu đã trở thành một nhu cầu cấp thiết.Tiến sĩ Justin từ Đại học East Anglia và các cộng sự của ông đã phát triển thành công một phương pháp siêu phân tử dựa trên Nanopore để phát hiện mầm bệnh.Theo quy trình làm việc của họ, 99,99% DNA vật chủ có thể bị cạn kiệt.Việc phát hiện mầm bệnh và gen kháng thuốc kháng sinh có thể hoàn tất sau 6 giờ.
Thẩm quyền giải quyết
Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J..(2019).Phương pháp đo phân tử nano cho phép chẩn đoán lâm sàng nhanh chóng nhiễm trùng đường hô hấp dưới do vi khuẩn.Công nghệ sinh học tự nhiên, 37 (7), 1.
