-
Növény/állat de novo genom szekvenálás
De novoA szekvenálás egy faj teljes genomjának felépítését jelenti szekvenálási technológiák (pl. PacBio, Nanopore, NGS stb.) segítségével, referenciagenom hiányában.A harmadik generációs szekvenálási technológiák olvasási hosszának jelentős javulása új lehetőségeket hozott az összetett genomok összeállításában, mint például a nagy heterozigótasággal, az ismétlődő régiók nagy arányával, poliploidokkal stb. ismétlődő elemek, abnormális GC-tartalmú régiók és más rendkívül összetett régiók feloldása.
Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48 / Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C alapú Genome Assembly
A Hi-C egy olyan módszer, amelyet a kromoszómakonfiguráció rögzítésére terveztek a közelségen alapuló kölcsönhatások és a nagy áteresztőképességű szekvenálás kombinálásával.Úgy gondolják, hogy ezen kölcsönhatások intenzitása negatívan korrelál a kromoszómák fizikai távolságával.Ezért a Hi-C adatok irányíthatják az összeállított szekvenciák csoportosítását, rendezését és orientációját a genomvázlatban, és rögzíthetik azokat bizonyos számú kromoszómához.Ez a technológia lehetővé teszi a kromoszóma szintű genom összeállítást populáció alapú genetikai térkép hiányában.Minden egyes genomnak szüksége van egy Hi-C-re.
Platform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolúciós genetika
Az evolúciós genetika egy csomagolt szekvenálási szolgáltatás, amelyet arra terveztek, hogy átfogó értelmezést biztosítson adott anyagok evolúciós információiról genetikai variációk alapján, beleértve az SNP-ket, az InDeleket, az SV-ket és a CNV-ket.Minden alapvető elemzést megad, amely a populációk evolúciós változásainak és genetikai jellemzőinek leírásához szükséges, mint a populáció szerkezete, genetikai diverzitása, filogenetikai viszonyok, stb. Tartalmaz továbbá génáramlási vizsgálatokat, amelyek lehetővé teszik a populáció effektív méretének, a divergencia idejének becslését.
-
Összehasonlító genomika
Az összehasonlító genomika szó szerint a különböző fajok teljes genomszekvenciájának és szerkezetének összehasonlítását jelenti.Ennek a tudományágnak a célja a fajok evolúciójának, génfunkcióinak, génszabályozó mechanizmusainak genomszintű feltárása azáltal, hogy azonosítja azokat a szekvenciastruktúrákat és elemeket, amelyek konzerváltak vagy differenciálódtak a különböző fajok között.A tipikus összehasonlító genomikai vizsgálat magában foglalja a géncsalád elemzését, az evolúciós fejlődést, a teljes genom duplikációját, a szelektív nyomást stb.
-
Tömeges szegregáns elemzés
A tömeges szegregáns analízis (BSA) a fenotípushoz kapcsolódó genetikai markerek gyors azonosítására szolgáló technika.A BSA fő munkafolyamata magában foglalja a rendkívül ellentétes fenotípusú egyedek két csoportjának kiválasztását, az összes egyed DNS-ének összevonását a DNS két tömbjének kialakításához, valamint a két csoport közötti különbségek azonosítását.Ezt a technikát széles körben alkalmazzák a növényi/állati genomban a célzott génekkel erősen összefüggő genetikai markerek azonosítására.
