-
Växt/djur De novo genomsekvensering
De novosekvensering avser konstruktion av en arts hela genom med hjälp av sekvenseringsteknologier, t.ex. PacBio, Nanopore, NGS, etc., i frånvaro av ett referensgenom.Den anmärkningsvärda förbättringen av läslängden för tredje generationens sekvenseringsteknologier har medfört nya möjligheter när det gäller att sammanställa komplexa genom, såsom de med hög heterozygositet, hög andel repetitiva regioner, polyploider, etc. Med läslängd på tiotals kilobaser möjliggör dessa sekvensläsningar upplösning av repetitiva element, regioner med onormalt GC-innehåll och andra mycket komplexa regioner.
Plattform: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C baserad Genome Assembly
Hi-C är en metod utformad för att fånga kromosomkonfigurationer genom att kombinera sonderande närhetsbaserade interaktioner och sekvensering med hög genomströmning.Intensiteten av dessa interaktioner tros vara negativt korrelerade med fysiskt avstånd på kromosomerna.Därför kan Hi-C-data vägleda klustringen, ordningen och orienteringen av sammansatta sekvenser i ett utkast till genom och förankra dem på ett visst antal kromosomer.Denna teknologi möjliggör en genomsamling på kromosomnivå i frånvaro av populationsbaserad genetisk karta.Varje enskilt genom behöver ett Hi-C.
Plattform: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolutionär genetik
Evolutionär genetik är en packad sekvenseringstjänst designad för att tillhandahålla en heltäckande tolkning av evolutionär information för givet material baserat på genetiska variationer, inklusive SNP, InDels, SVs och CNVs.Den tillhandahåller all grundläggande analys som krävs för att beskriva evolutionära förändringar och genetiska egenskaper hos populationer, såsom populationsstruktur, genetisk mångfald, fylogeniförhållanden, etc. Den innehåller också studier om genflöde, vilket möjliggör uppskattning av effektiv populationsstorlek, divergenstid.
-
Jämförande genomik
Jämförande genomik betyder bokstavligen att jämföra de fullständiga genomsekvenserna och strukturerna för olika arter.Denna disciplin syftar till att avslöja artutveckling, genfunktion, genreglerande mekanism på genomnivå genom att identifiera sekvensstrukturer och element som konserverat eller differentierat mellan olika arter.Typisk jämförande genomikstudie inkluderar analyser i genfamilj, evolutionär utveckling, helgenomduplicering, selektivt tryck, etc.
-
Bulk Segregant analys
Bulk segregantanalys (BSA) är en teknik som används för att snabbt identifiera fenotypassocierade genetiska markörer.Huvudarbetsflödet för BSA innehåller att välja ut två grupper av individer med extremt motsatta fenotyper, slå samman DNA från alla individer för att bilda två delar av DNA, identifiera differentiella sekvenser mellan två pooler.Denna teknik har använts i stor utsträckning för att identifiera genetiska markörer som är starkt associerade med riktade gener i växt-/djurgenom.
