Giải trình tự hệ thống (NGS)
Ưu điểm dịch vụ
ØPhân lập và không nuôi cấy để lập hồ sơ cộng đồng vi sinh vật
ØĐộ phân giải cao trong việc phát hiện các loài có độ phong phú thấp trong các mẫu môi trường
ØÝ tưởng về “meta-” tích hợp tất cả các đặc điểm sinh học ở cấp độ chức năng, cấp độ loài và cấp độ gen, phản ánh một quan điểm năng động gần với thực tế hơn.
ØBMK tích lũy kinh nghiệm lớn về các loại mẫu đa dạng với hơn 10.000 mẫu được xử lý.
Thông số dịch vụ
| Giải trình tựNền tảng | Thư viện | Năng suất dữ liệu được đề xuất | Thời gian quay vòng ước tính |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE250 | Thẻ 50K / 100K / 300K | 30 ngày |
Phân tích tin sinh học
üKiểm soát chất lượng dữ liệu thô
üLắp ráp đồng hồ đo
üTập hợp gen không dư thừa và chú thích
üPhân tích đa dạng loài
üPhân tích đa dạng chức năng di truyền
üPhân tích giữa các nhóm
üPhân tích liên kết với các yếu tố thực nghiệm
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
VìChiết xuất DNA:
| Loại mẫu | Số lượng | Sự tập trung | Sự tinh khiết |
| Chiết xuất DNA | ＞ 30 ng | ＞ 1 ng / μl | OD260 / 280 = 1,6-2,5 |
Đối với các mẫu môi trường:
| Loại mẫu | Quy trình lấy mẫu khuyến nghị |
| Đất | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Chất khô héo còn lại cần được loại bỏ khỏi bề mặt;Xay các miếng lớn và đi qua bộ lọc 2 mm;Lấy mẫu trong ống EP vô trùng hoặc cyrotube để đặt trước. |
| Phân | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Thu thập và lấy mẫu trong ống EP vô trùng hoặc ống đông lạnh để đặt trước. |
| Nội dung đường ruột | Mẫu cần được xử lý trong điều kiện vô trùng.Rửa sạch mô đã thu thập bằng PBS;Ly tâm PBS và thu lấy phần kết tủa trong các ống EP. |
| Bùn | Lượng lấy mẫu: khoảng.5 g;Thu thập và trích xuất mẫu bùn trong ống EP vô trùng hoặc ống đông lạnh để đặt trước |
| Người dưới nước | Đối với mẫu có lượng vi sinh vật hạn chế, chẳng hạn như nước máy, nước giếng, v.v., Lấy ít nhất 1 L nước và đi qua màng lọc 0,22 μm để làm giàu vi sinh vật trên màng.Bảo quản màng trong ống vô trùng. |
| Làn da | Cẩn thận cạo bề mặt da bằng tăm bông vô trùng hoặc lưỡi phẫu thuật và cho vào ống vô trùng. |
Giao hàng mẫu được đề xuất
Làm đông lạnh mẫu trong nitơ lỏng trong 3-4 giờ và bảo quản trong nitơ lỏng hoặc -80 độ để bảo quản lâu dài.Vận chuyển mẫu với đá khô là bắt buộc.
Luồng công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Giải trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1.Histogram: Sự phân bố các loài
2. Các gen chức năng được chú thích cho các con đường trao đổi chất KEGG
3. Bản đồ nhiệt: Các chức năng khác biệt dựa trên mức độ phong phú của gen tương đối
4.Circos gen kháng kháng sinh CARD
Vỏ BMK
Sự phổ biến của các gen kháng thuốc kháng sinh và vi khuẩn gây bệnh dọc theo hệ thống rễ rừng ngập mặn trên đất
Được phát hành:Tạp chí Vật liệu Nguy hiểm, 2021
Chiến lược trình tự:
Vật liệu: chiết xuất DNA của bốn đoạn mẫu liên quan đến rễ rừng ngập mặn: đất chưa trồng, sinh quyển, tầng sinh quyển và ngăn nội quyển
Nền tảng: Illumina HiSeq 2500
Mục tiêu: Metagenome
Vùng gen 16S rRNA V3-V4
Kết quả chính
Việc xác định trình tự gen và mô tả siêu phân tích trên liên tục rễ đất của cây ngập mặn được xử lý để nghiên cứu sự phổ biến của các gen kháng kháng sinh (ARGs) từ đất vào cây trồng.Dữ liệu di truyền cho thấy 91,4% gen kháng thuốc kháng sinh thường được xác định trong cả bốn ngăn đất nói trên, điều này cho thấy một xu hướng liên tục.Giải trình tự amplicon 16S rRNA tạo ra 29.285 trình tự, đại diện cho 346 loài.Kết hợp với việc định hình loài bằng cách giải trình tự amplicon, sự phổ biến này được phát hiện là không phụ thuộc vào hệ vi sinh vật gắn liền với rễ, tuy nhiên, nó có thể được tạo điều kiện nhờ sự di động của các yếu tố di truyền.Nghiên cứu này đã xác định dòng ARG và mầm bệnh từ đất vào cây thông qua sự liên kết giữa đất và rễ.
Thẩm quyền giải quyết
Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(Năm 2020).Sự phổ biến của các gen kháng thuốc kháng sinh và vi khuẩn gây bệnh dọc theo đất - rễ rừng ngập mặn.Tạp chí Vật liệu Nguy hiểm, 408, 124985.
