Mapa de calor
A ferramenta Mapa de calor acepta un ficheiro de datos matricial como entrada e permite aos usuarios filtrar, normalizar e agrupar datos. O principal caso de uso dos mapas de calor é a análise de clústeres do nivel de expresión xénica entre diferentes mostras.
Anotación xenética
A ferramenta de anotación de xenes realiza a anotación de xenes baseándose no aliñamento de secuencias dos ficheiros FASTA de entrada con varias bases de datos.
Ferramenta básica de busca de aliñamento local (BLAST)
A ferramenta BLAST é unha versión integrada en BMKCloud de NCBI BLAST e pódese usar para realizar as mesmas funcións usando datos cargados na conta de BMKCloud.
Predición de CDS_UTR
A ferramenta de predición CDS_UTR está deseñada para predicir rexións codificantes (CDS) e rexións non codificantes (UTR) en secuencias de transcritos dadas baseándose nos resultados de BLAST contra bases de datos de proteínas coñecidas e resultados de predición de ORF.
Trama de Manhattan
A ferramenta Manhattan Plot permite a visualización de experimentos con moitas mostras e úsase habitualmente en estudos de asociación de xenoma completo (GWAS).
Diagrama de Circos
A ferramenta de diagramas de CIRCOS proporciona unha visualización eficiente de como se distribúen as características xenómicas por todo o xenoma. As características comúns inclúen loci cuantitativos, SNPs, InDels, variantes estruturais e de número de copias.
Enriquecemento de ontoloxía xénica (GO)
A ferramenta de enriquecemento de GO proporciona análise de enriquecemento funcional. O software principal desta ferramenta é o paquete TopGO-Bioconductor, que inclúe análise de expresión diferencial, análise de enriquecemento de GO e visualización dos resultados.
Análise de rede de coexpresión xénica ponderada (WGCNA)
O WGCNA é un método de minería de datos amplamente utilizado para descubrir módulos de coexpresión xénica. É aplicable a varios conxuntos de datos de expresión, incluídos datos de expresión xénica de microarrays e NGS.
InterProScan
A ferramenta InterProScan proporciona análise e clasificación de secuencias de proteínas InterPro.
Enriquecemento GO KEGG
A ferramenta de enriquecemento GO KEGG está deseñada para xerar un histograma de enriquecemento GO, un histograma de enriquecemento KEGG e unha vía de enriquecemento KEGG baseándose nun conxunto de xenes proporcionado e na anotación correspondente.