Inicio de sesión en BMKCloud
1

secuenciación de ARNm (NGS) con xenoma de referencia

百迈客云网站-11

secuenciación de ARNm (NGS) con xenoma de referencia

RNA-seq é unha ferramenta estándar nas ciencias da vida e dos cultivos, que reduce a brecha entre os xenomas e os proteomas. A súa forza reside en descubrir novos transcritos e cuantificar a súa expresión nun só ensaio. Úsase amplamente para estudos transcriptómicos comparativos, arroxando luz sobre xenes relacionados con varios trazos ou fenotipos, como comparar mutantes con tipos salvaxes ou revelar a expresión xénica en condicións específicas. A aplicación BMKCloud mRNA (Reference) integra a cuantificación da expresión, a análise da expresión diferencial (DEG) e as análises da estrutura da secuencia na canle bioinformática de mRNA-seq (NGS) e combina os puntos fortes de software similar, garantindo a comodidade e a facilidade de uso. Os usuarios poden cargar os seus datos de RNA-seq á nube, onde a aplicación ofrece unha solución integral de análise bioinformática. Ademais, prioriza a experiencia do cliente, ofrecendo operacións personalizadas adaptadas ás necesidades específicas dos usuarios. Os usuarios poden establecer parámetros e enviar a misión da canle por si mesmos, consultar o informe interactivo, ver datos/diagramas e completar a minería de datos, como: selección de xenes diana, agrupamento funcional, diagramación, etc.

Resultados da demostración
Minería de datos
Requisito de importación
Análise principal
Referencia
Resultados da demostración

Minería de datos

Requisito de importación

Plataforma:Illumina, MGI
Estratexia:ARN-Seq
Maquetación: Comparado, datos limpos.
Tipo de biblioteca:fr-sen cadea, fr-primeira cadea ou fr-segunda cadea
Lonxitude de lectura:150 pb
Tipo de ficheiro:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz ou *.fq.gz. O sistemaemparella automaticamente os ficheiros .fastq segundo os seus nomes de ficheiro,por exemplo, *_1.fastq emparellado con *._2.fastq.
Número de mostras:Non hai restricións no númerode mostras, pero o tempo de análise aumentará a medida que aumente o número deas mostras medran.
Cantidade de datos recomendada:6G por mostra

Análise principal
As principais ferramentas de análise e bioinformática da secuenciación de ARNm (referencia)a canalización é a seguinte:
1. Control de calidade dos datos brutos:
• Eliminación de secuencias de baixa calidade, secuencias adaptadoras,etc.;
• Ferramentas: canle de desenvolvemento interno;
2. Aliñamento de datos cun xenoma de referencia:
• Aliñar lecturas cun algoritmo sensible ao empalme contra oxenoma de referencia.
• Ferramentas:HISAT2, ferramentas sam
3. Análise da calidade da biblioteca:
• Análise da lonxitude da inserción, análise da saturación da secuencia, etc.;
• Ferramentas:ferramentas sam;
4. Análise da estrutura da secuencia:
• Análise de empalme alternativo, optimización da estrutura xénica,predición de novos xenes, etc.
• Ferramentas:CordaAtadura, gffcompare, GATK,DIAMANTE, InterProScan, eHMMER.
5. Análise de expresión diferencial:
•Cribado DEG, análise de correlacións, funcionalenriquecemento;
Varios resultados de visualización;
RconSecuencia SEG, DESeq2, ggplot2, DEXSeq
Referencia
1. Kim, Daehwan et al. “Alineamento do xenoma baseado en grafos exenotipificación con HISAT2 e xenotipo HISAT.”NaturezaBiotecnoloxía37 (2019): 907-915.
2. McKenna, Aaron et al. “O conxunto de ferramentas de análise xenómica: unMarco MapReduce para a análise de ADN de nova xeraciónsecuenciación de datos".Investigación xenómica209 (2010): 1297-303.
3. Li, Heng et al. «O formato de aliñamento/mapa de secuencias eFerramentas SAM.Bioinformática25 (2009): 2078-2079.
4. Perțea, Mihaela et al. "StringTie permite mellorarreconstrución dun transcriptoma a partir de lecturas de RNA-seq.NaturezaBiotecnoloxía33 (2015): 290-295.
5. Love, Michael I. et al. «Estimación moderada do cambio de pregamento edispersión para datos de secuenciación de ARN con DESeq2.”XenomaBioloxía15 (2014): n.º páx.
6. Eddy, Sean R. «Buscas aceleradas de perfís en HMM».PLoS Bioloxía Computacional7 (2011): n. páx.

obter un orzamento

Escribe aquí a túa mensaxe e envíanosla

Envíanos a túa mensaxe: