Secuenciación de fragmentos amplificados por locus específico (SLAF-Seq)
Fluxo de traballo
O servizo ten certo predeseño in silico para garantir a selección óptima de encimas na preparación da biblioteca.
Esquema técnico
Características do servizo
● Secuenciación en NovaSeq con PE150.
● Preparación da biblioteca con dobre código de barras, que permite agrupar máis de 1000 mostras.
● Independente do xenoma de referencia:
Con xenoma de referencia: descubrimento de SNP e InDel
Sen xenoma de referencia: agrupamento de mostras e descubrimento de SNP
● Noin silicoCribíranse varias combinacións de encimas de restrición na fase de deseño previa para atopar aquelas que xeran unha distribución uniforme de etiquetas SLAF ao longo do xenoma.
● Durante o preexperimento, próbanse tres combinacións de encimas en 3 mostras para xerar 9 bibliotecas SLAF, e esta información utilízase para elixir a combinación de encimas de restrición óptima para o proxecto.
Vantaxes do servizo
●Descubrimento de marcadores xenéticos altosIntegramos un sistema de dobre código de barras de alto rendemento que permite a secuenciación simultánea de grandes poboacións e a amplificación específica de locus que mellora a eficiencia, garantindo que os números de etiquetas cumpran cos diversos requisitos das diversas preguntas de investigación.
● Baixa dependencia do xenomaPódese aplicar a especies con ou sen xenoma de referencia.
●Deseño de esquema flexiblePódense seleccionar dixestión monoenzimática, dual, multienzimática e varios tipos de encimas para atender diferentes obxectivos de investigación ou especies.
● Alta eficiencia na dixestión encimática: A condución dunin silicoO deseño previo e un experimento previo garanten un deseño óptimo cunha distribución uniforme das etiquetas SLAF no cromosoma (1 etiqueta SLAF/4 Kb) e unha secuencia repetitiva reducida (<5 %).
●Ampla experienciaAportamos unha ampla experiencia a cada proxecto, cun historial de peche de máis de 5000 proxectos SLAF-Seq en centos de especies, incluíndo plantas, mamíferos, aves, insectos e organismos acuáticos.
● Fluxo de traballo bioinformático desenvolvido por min mesmoDesenvolvemos un fluxo de traballo bioinformático integrado para SLAF-Seq para garantir a fiabilidade e a precisión do resultado final.
Especificacións do servizo
| Tipo de análise | Escala de poboación recomendada | Estratexia de secuenciación | |
| Profundidade da secuenciación de etiquetas | Número de etiqueta | ||
| Mapas xenéticos | 2 pais e >150 descendentes | Pais: 20x WGS Descendencia: 10x | Tamaño do xenoma: <400 Mb: recoméndase WGS <1 Gb: 100 000 etiquetas 1-2 Gb:: 200 000 etiquetas >2 Gb: 300.000 etiquetas Máximo 500.000 etiquetas |
| Estudos de asociación de todo o xenoma (GWAS) | ≥200 mostras | 10x | |
| Evolución xenética | ≥30 mostras, con >10 mostras de cada subgrupo | 10x | |
Requisitos do servizo
Concentración ≥ 5 ng/µL
Cantidade total ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Xel de agarosa: sen ou limitada degradación ou contaminación
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml
(Para a maioría das mostras, recomendamos non conservalas en etanol)
Etiquetado das mostras: as mostras deben estar claramente etiquetadas e ser idénticas ao formulario de información da mostra enviado.
Envío: Xeo seco: As mostras deben embalarse primeiro en bolsas e soterrarse en xeo seco.
Fluxo de traballo do servizo
Control de calidade da mostra
Experimento piloto
Experimento SLAF
Preparación da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
A nosa análise bioinformática comprende:
Control de calidade de datos e recorte de datos para eliminar lecturas ricas en N, lecturas de adaptadores ou lecturas de baixa calidade.
Un segundo control de calidade das lecturas limpas para comprobar a distribución de bases, a calidade da secuencia e unha avaliación dos datos, pero tamén para comprobar a eficiencia da dixestión e os insertos obtidos.
Unha vez comprobadas as lecturas, hai dúas opcións:
- Mapeo ao xenoma de referencia
- Sen un xenoma de referencia: agrupamento
Despois diso, a análise das etiquetas SLAF úsase para facer algunhas chamadas de variantes para axudar co descubrimento de marcadores: chamadas e anotacións de SNP, InDel, SNV e CV.
Distribución das etiquetas SLAF nos cromosomas:
Distribución dos SNP nos cromosomas:
Anotación de SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X e Shi C (2023) Mapeo QTL e análise do transcriptoma do contido de azucre durante a maduración do froito dePiro pirifolia.Fronte. Ciencias vexetais.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C. e Sun, L. (2022). A identificación de st1 revela unha selección que implica cambios na morfoloxía das sementes e no contido de aceite durante a domesticación da soia.Revista de Biotecnoloxía Vexetal, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.e outros.Secuencia xenómica e diversidade xenética da carpa comúnCyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.e outros.O xenoma do cacahuete cultivado proporciona información sobre os cariotipos das leguminosas, a evolución dos poliploides e a domesticación de cultivos.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Ano | Diario | IF | Título | Aplicacións |
| 2022 | Comunicacións coa natureza | 17.694 | Base xenómica dos gigacromosomas e do gigaxenoma da peonía arbórea Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Novo fitólogo | 7.433 | As pegadas de domesticación ancoran as rexións xenómicas de importancia agronómica en soia | SLAF-GWAS |
| 2022 | Revista de Investigación Avanzada | 12.822 | Introgresións artificiais a nivel xenómico de Gossypium barbadense en G. hirsutum revelan loci superiores para a mellora simultánea da calidade e o rendemento da fibra de algodón trazos | SLAF-Xenética evolutiva |
| 2019 | Planta molecular | 10,81 | A análise xenómica de poboacións e a ensamblaxe de novo revelan a orixe de Weedy O arroz como un xogo evolutivo | SLAF-Xenética evolutiva |
| 2019 | Xenética da natureza | 31.616 | Secuencia xenómica e diversidade xenética da carpa común, Cyprinus carpio | Mapa de enlace SLAF |
| 2014 | Xenética da natureza | 25.455 | O xenoma do cacahuete cultivado proporciona información sobre cariotipos de leguminosas, poliploides evolución e domesticación de cultivos. | Mapa de enlace SLAF |
| 2022 | Revista de Biotecnoloxía Vexetal | 9.803 | A identificación de ST1 revela unha selección que implica autostop da morfoloxía das sementes. e contido de aceite durante a domesticación da soia | Desenvolvemento de marcadores SLAF |
| 2022 | Revista Internacional de Ciencias Moleculares | 6.208 | Identificación e desenvolvemento de marcadores de ADN para un trigo-Leymus mollis 2Ns (2D) Substitución cromosómica disómica | Desenvolvemento de marcadores SLAF |
| Ano | Diario | IF | Título | Aplicacións |
| 2023 | Fronteiras na ciencia vexetal | 6.735 | Mapeo de QTL e análise do transcritoma do contido de azucre durante a maduración do froito de Pyrus pyrifolia | Mapa xenético |
| 2022 | Revista de Biotecnoloxía Vexetal | 8.154 | A identificación de ST1 revela unha selección que implica autostop na morfoloxía das sementes e no contido de aceite durante a domesticación da soia.
| Chamada SNP |
| 2022 | Fronteiras na ciencia vexetal | 6.623 | Mapeo de asociación a nivel xenómico de fenotipos Hulless Barely en ambientes de seca.
| GWAS |
