Secuenciación de ARNm de lonxitude completa: nanoporos
Características
● Captura de ARNm de poli-A seguida de síntese de ADNc e preparación da biblioteca
● Secuenciación das transcricións completas
● Análise bioinformática baseada no aliñamento cun xenoma de referencia
● A análise bioinformática inclúe non só a expresión a nivel de xene e isoforma, senón tamén a análise de lncRNA, fusións de xenes, poliadenilación e estrutura xénica.
Vantaxes do servizo
●Cuantificación da expresión a nivel de isoforma: permite unha análise detallada e precisa da expresión, revelando cambios que poden estar enmascarados ao analizar a expresión xénica completa
●Redución das demandas de datos:En comparación coa secuenciación de próxima xeración (NGS), a secuenciación de nanopores presenta uns requisitos de datos menores, o que permite niveis equivalentes de saturación da cuantificación da expresión xénica con datos máis pequenos.
●Maior precisión na cuantificación da expresióntanto a nivel de xene como de isoforma
●Identificación de información transcriptómica adicionalpoliadenilación alternativa, xenes de fusión e ARNlcn e os seus xenes diana
●Ampla experienciaO noso equipo achega unha ampla experiencia a cada proxecto, xa que completou máis de 850 proxectos de transcriptoma completos de Nanopore e procesou máis de 8.000 mostras.
●Soporte posvendaO noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Enriquecido con poli A | Nanopore PromethION 48 | 6/12 Gb | Puntuación de calidade media: Q10 |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥7,0; Para animais: RIN≥7,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 300 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1 g
● Artrópodos:
Insectos: 6 g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue enteiro1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
Nucleótidos:
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Fluxo de traballo do servizo
Tecido:
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
● Procesamento de datos brutos
● Identificación da transcrición
● Empalme alternativo
● Cuantificación da expresión a nivel de xene e a nivel de isoforma
● Análise de expresión diferencial
● Anotación e enriquecemento de funcións (DEG e DET)
Análise de empalme alternativo
Análise de poliadenilación alternativa (APA)
Predición de lncRNA
Anotación de novos xenes
Agrupación de DETs
Redes proteína-proteína en DEGs
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm de lonxitude completa Nanopore de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Gong, B. et al. (2023) «Activación epixenética e transcricional da quinase secretora FAM20C como oncoxene no glioma», Journal of Genetics and Genomics, 50(6), pp. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) «A secuenciación do transcriptoma de lonxitude completa dos linfocitos que responden ao IFN-γ revela unha resposta inmunitaria sesgada cara a Th1 no linguado (Paralichthys olivaceus)», Fish & Shellfish Immunology, 134, páx. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ma, Y. et al. (2023) «Análise comparativa dos métodos de secuenciación de ARN de PacBio e ONT para a identificación do veleno de Nemopilema Nomurai», Genomics, 115(6), páx. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Yu, D. et al. (2023) «A análise Nano-seq revela unha tendencia funcional diferente entre os exosomas e as microvesículas derivadas de hUMSC», Stem Cell Research and Therapy, 14(1), pp. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
