page_head_bg

Produtos

Secuenciación de ARNm de lonxitude completa-Nanopore

A secuenciación do ARN foi unha ferramenta inestimable para a análise completa do transcriptoma.Sen dúbida, a secuenciación de lectura curta tradicional logrou un importante desenvolvemento aquí.Non obstante, a miúdo atopa limitacións nas identificacións de isoformas de lonxitude completa, a cuantificación e o sesgo da PCR.

A secuenciación de nanoporos distínguese doutras plataformas de secuenciación, xa que os nucleótidos lense directamente sen a síntese de ADN e xeran lecturas longas a decenas de quilobases.Isto permite a lectura directa cruzando transcricións completas e abordar os retos dos estudos a nivel de isoformas.

Plataforma:Nanopore PromethION

Biblioteca:cDNA-PCR


Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

ØBaixo sesgo de secuencia

ØRevelando moléculas de ADNc de lonxitude total

ØMenos datos necesarios para cubrir o mesmo número de transcricións

ØIdentificación de múltiples isoformas por xene

ØCuantificación de expresións a nivel de isoformas

Especificacións do servizo

Biblioteca

Plataforma

Rendemento de datos recomendado (Gb)

Control de calidade

cDNA-PCR (enriquecido con poli-A)

Nanopore PromethION P48

4 Gb/mostra (dependendo da especie)

Relación de lonxitude total> 70%

Puntuación media de calidade: Q10

 

Análise bioinformática

ü Procesamento de datos brutos

üIdentificación da transcrición

üEmpalme alternativo

üCuantificación da expresión a nivel de xenes e nivel de isoformas

üAnálise da expresión diferencial

üAnotación e enriquecemento de funcións (DEG e DET)

 

2(1)

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

Nucleótidos:  

Pureza Integridade Cantidade
OD260/280≥1,8;OD260/230≥1,0;Pico claro a 260 nm Contaminación limitada ou sen proteína ou ADN mostrada no xel. Para plantas: RIN≥7,5;Para animais: RIN≥8;28S/18S≥1,0;elevación de referencia limitada ou nula Conc.≥40 ng/μl; total ≥1 μg

Tecido: Peso (seco): ≥1 g

*Para tecidos inferiores a 5 mg, recomendamos enviar mostras de tecido conxelada instantáneamente (en nitróxeno líquido).

Suspensión celular: reconto celular = 3×106- 1×107

*Recomendamos enviar lisado celular conxelado.No caso de que esa cela conte menos de 5×105, recoméndase conxelar flash en nitróxeno líquido, o que é preferible para a micro extracción.

Mostras de sangue: Volume ≥1 ml

Entrega de mostra recomendada

Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)

Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Envío: 1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.

  1. Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.

 

Fluxo de traballo do servizo

logo_02

Entrega da mostra

logo_04

Construción da biblioteca

logo_05

Secuenciación

logo_06

Análise de datos

logo_07

Servizos posvenda

Fluxo de traballo do servizo

logo_01

Deseño de experimentos

logo_02

Entrega da mostra

logo_03

extracción de ARN

logo_04

Construción da biblioteca

logo_05

Secuenciación

logo_06

Análise de datos

logo_07

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1.Análise de expresión diferencial -Gráfica do volcán

    A análise da expresión diferencial pódese procesar tanto a nivel de xenes para identificar xenes expresados ​​diferencialmente (DEG) como a nivel de isoformas para identificar de forma diferencial.

     3(1)

    transcricións expresadas (DET) 

    2.Mapa de calor de agrupación xerárquica

    4(1)

    3.Identificación e clasificación de empalmes alternativos

    Astalavista pode prever cinco tipos de eventos de empalme alternativos.

    5(1)

    4.Identificación de eventos de poliadenilación alternativa (APA) e motivo a 50 bp aguas arriba de poli-A

    6(1)

    Caso BMK

    Identificación de empalme alternativo e cuantificación a nivel de isoforma mediante secuenciación de transcriptoma de lonxitude total de nanoporos

    Publicado:Nature Communications, 2020

    Estratexia de secuenciación:

    Agrupación: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutación K700E);3. Células B normais

    Estratexia de secuenciación: secuenciación da biblioteca MinION 2D, secuenciación da biblioteca PromethION 1D;lectura curta de datos das mesmas mostras

    Plataforma de secuenciación: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Resultados clave

    1.Identificación de empalme alternativo a nivel de isoforma

    As secuencias de lectura longa permiten a identificación do mutante SF3B1K700E- sitios de empalme alterados a nivel de isoforma.Atopáronse 35 alternativas 3′SS e 10 alternativas 5′SS empalmadas de forma significativa entre SF3B1K700Ee SF3B1WT.33 das 35 alteracións foron descubertas recentemente por secuencias de lectura longa.

    2.Cuantificación de empalme alternativo a nivel de isoforma

    Expresión das isoformas de retención de intróns (IR) en SF3B1K700Ee SF3B1WTcuantificáronse en base a secuencias de nanoporos, revelando unha regulación global á baixa das isoformas IR en SF3B1K700E.

    Referencia

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.A caracterización da transcrición completa da mutación SF3B1 na leucemia linfocítica crónica revela a regulación negativa dos intróns retidos [J].Comunicacións da natureza.

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: