Secuenciación de circRNA-Illumina
características
● Esgotamento do ARNr seguido da preparación da biblioteca direccional, o que permite a secuenciación de datos específicos da cadea.
● O fluxo de traballo bioinformático permite a predición de circRNA e a cuantificación da expresión
Vantaxes do servizo
●Bibliotecas de ARN máis completas:usamos o esgotamento do ARNr en lugar do esgotamento do ARN lineal na nosa preparación previa á biblioteca, garantindo que os datos de secuenciación inclúan non só ARNr, senón tamén ARNm e ARNlc, o que permite a análise conxunta destes conxuntos de datos.
●Análise opcional de redes competitivas de ARN endóxeno (ceRNA).: proporciona información máis profunda sobre os mecanismos de regulación celular
●Amplia experiencia: cun historial de procesamento de máis de 20.000 mostras en BMK, que abarca diversos tipos de mostras e proxectos de lncRNA, o noso equipo achega unha gran experiencia a cada proxecto.
●Control de Calidade Riguroso: implementamos puntos de control básicos en todas as etapas, desde a preparación de mostras e bibliotecas ata a secuenciación e a bioinformática.Este seguimento minucioso garante a entrega de resultados de alta calidade constantemente.
● Soporte posvenda: O noso compromiso vai máis aló da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses.Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para resolver calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos de mostra e entrega
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | QC de datos |
| Poli A enriquecido | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Requisitos de mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN no xel. | Para plantas: RIN≥6,5; Para animais: RIN≥7,0; 5,0≥28S/18S≥1,0; elevación de referencia limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animal:
Corazón ou Intestino: 450 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9 g
Crustáceos: 450 mg
● Sangue enteiro:2 tubos
● Células: 106 células
● Soro e Plasma: 6 ml
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3....
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
2. Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
Deseño de experimentos
Entrega da mostra
extracción de ARN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
Bioinformática
predición do circRNA: distribución cromosómica
CirRNAs expresados de forma diferenciada: gráfico do volcán
CirRNAs expresados de forma diferencial: agrupación xerárquica
Enriquecemento funcional dos xenes hóspede do circRNA
Explore os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de circRNA de BMKGene a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Wang, X. et al.(2021) "CPSF4 regula a formación de circRNA e o silenciamento xenético mediado por microARN no carcinoma hepatocelular", Oncogene 2021 40:25, 40(25), pp. 4338-4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) "X oo-responsive transcriptome revela o papel do RNA133 circular na resistencia ás enfermidades regulando a expresión de OsARAB no arroz", Phytopathology Research, 5(1), pp. 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURAS/6.
Y, H. et al.(2023) "CPSF3 modula o equilibrio das transcricións circulares e lineais no carcinoma hepatocelular".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al.(2023) "Avaliación completa dos circRNAs na miocardiopatía cirrótica antes e despois do transplante de fígado", International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
