Secuenciación de CircRNA-Illumina
Características
● Depleción de ARNr seguida da preparación direccional da biblioteca, o que permite obter datos de secuenciación específicos da cadea.
● O fluxo de traballo bioinformático permite a predición e a cuantificación da expresión de circRNA.
Vantaxes do servizo
●Ampla experienciaProcesamos máis de 20.000 mostras, que abarcan diversos tipos de mostras, e achegamos a nosa ampla experiencia a cada proxecto.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras ata a preparación da biblioteca, a secuenciación e a bioinformática. A nosa monitorización meticulosa garante a entrega de resultados de alta calidade consistente.
●Bibliotecas de ARN máis completas:Na nosa preparación previa á biblioteca empregamos a depleción de ARNr en lugar da depleción de ARN lineal, o que garante que os datos de secuenciación inclúan non só ARN circ, senón tamén ARNm e ARN non lineal, o que permite a análise conxunta destes conxuntos de datos.
●Análise opcional de redes de ARN endóxeno competitivo (ARNce)Proporcionar información máis profunda sobre os mecanismos de regulación celular.
● Soporte posvendaEntendemos o importante que é estar presente, por iso o noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidade de datos |
| Biblioteca direccional con ARNr esgotado | Illumina PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 450 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9 g
Crustáceos: 450 mg
● Sangue enteiro:2 tubos
● Células: 106 células
● Soro e plasma6 ml
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos estables con ARN: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
- Control de calidade de datos
- Aliñamento do xenoma
- Identificación de CircRNA
- Expresión de CircRNA
- Análise de expresión diferencial
Predición de circRNA: distribución cromosómica
CircRNAs expresados diferencialmente: diagrama do volcán
CircRNAs expresados diferencialmente: agrupamento xerárquico
Enriquecemento funcional dos xenes hóspedes do circRNA
Explora os avances na investigación facilitados polos servizos de secuenciación de circRNA de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Wang, X. et al. (2021) «O CPSF4 regula a formación de circRNA e o silenciamento xénico mediado por microRNA no carcinoma hepatocelular».Oncoxene2021 40:25, 40(25), páxs. 4338–4351. doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al. (2023) «O transcriptoma con resposta a X oo revela o papel do ARN133 circular na resistencia ás enfermidades mediante a regulación da expresión de OsARAB no arroz».Investigación en Fitopatoloxía, 5(1), páxs. 1–14. doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/FIGURES/6.
Y, H. et al. (2023) «CPSF3 modula o equilibrio dos transcritos circulares e lineares no carcinoma hepatocelular». doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Zhang, Y. et al. (2023) «Avaliación exhaustiva dos circRNAs na cardiomiopatía cirrótica antes e despois do transplante de fígado»,Inmunofarmacoloxía Internacional, 114, páx. 109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
