Secuenciación metaxenómica -NGS
Un metaxenoma é unha colección do material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica por inxección de novo en NGS permite o estudo destas intrincadas paisaxes xenómicas integradas en mostras ambientais ao proporcionar máis que perfís taxonómicos, dando tamén información granular sobre a diversidade de especies, a dinámica de abundancia e as complexas estruturas de poboación. Máis alá dos estudos taxonómicos, a metaxenómica por inxección de inxección de inxección tamén ofrece unha perspectiva xenómica funcional, o que permite a exploración de xenes codificados e os seus posibles papeis nos procesos ecolóxicos. Finalmente, o establecemento de redes de correlación entre elementos xenéticos e factores ambientais contribúe a unha comprensión holística da intrincada interacción entre as comunidades microbianas e o seu contexto ecolóxico. En conclusión, a secuenciación metaxenómica eríxese como un instrumento fundamental para desentrañar as complexidades xenómicas de diversas comunidades microbianas, iluminando as multifacéticas relacións entre a xenética e a ecoloxía dentro destes complexos ecosistemas.
Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
Vantaxes do servizo
●Método de illamento e sen cultivo para a elaboración de perfís de comunidades microbianas: Permite a secuenciación de material xenético de organismos non cultivables.
●Alta resoluciónDetectar especies de baixa abundancia en mostras ambientais.
●Análise bioinformática exhaustiva:Centrado non só na diversidade taxonómica senón tamén na diversidade funcional da comunidade.
●Ampla experiencia:Cunha ampla traxectoria de peche exitoso de múltiples proxectos de metaxenómica en diversos ámbitos de investigación e procesamento de máis de 200.000 mostras, o noso equipo achega unha ampla experiencia a cada proxecto.
Especificacións do servizo
| Plataforma de secuenciación | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Requisitos do servizo
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Terra/lodo: 2-3 g
● Contido intestinal animal: 0,5-2 g
● Contido intestinal de insectos: 0,1-0,25 g
● Superficie da planta (sedimento enriquecido): 0,5-1 g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,2-0,5 g
● Feces (animais grandes): 0,5-2 g
● Feces (rato): 3-5 grans
● Líquido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Hisopo vaxinal: 5-6 hisopos
● Hisopo de pel/xenital/saliva/tecido brando oral/histopado farínxeo/histopado rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismo superficial: 5-6 hisopos
● Masa de auga/aire/biofilme: papel de filtro
● Endófitos: 2-3 g
● Placa dental: 0,5-1 g
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos de secuenciación
● Ensamblaxe do metaxenoma e predición de xenes
● Anotación xenética
● Análise taxonómica da diversidade alfa
● Análise funcional da comunidade: función biolóxica, metabólica, resistencia a antibióticos
● Análise da diversidade tanto funcional como taxonómica:
Análise de diversidade beta
Análise intergrupal
Análise de correlación: entre factores ambientais e composición e diversidade de OUT
Análise funcional: resistencia a antibióticos CARD
Análise diferencial das vías metabólicas de KEGG: mapa de calor das vías significativas
Diversidade alfa da distribución taxonómica: índice ACE
Diversidade beta da distribución taxonómica: PCoA
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de metaxenomas de BMKGene con Illumina a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Hai, Q. et al. (2023) «Análise metaxenómica e metabolómica dos cambios no contido intestinal da troita arco da vella (Oncorhynchus mykiss) infectada co virus da necrose hematopoética infecciosa a diferentes temperaturas da auga de cultivo».Fronteiras na microbioloxía, 14, páx. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) «Comunidades microbianas, xenes de resistencia e riscos de resistóma en lagos urbanos de diferentes estados tróficos: ligazóns internas e influencias externas».Revista de avances en materiais perigosos, 9, páx. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) «A análise metaxenómica revelou diferenzas na composición e función entre microorganismos asociados a líquidos e sólidos do rume ovino».Fronteiras na microbioloxía, 13, páx. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) «A microbiota derivada de porcos obesos de Ningxiang reprograma o metabolismo da carnitina para promover a deposición de ácidos graxos musculares en porcos DLY delgados».A innovación, 4(5), páx. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) «Información metaxenómica sobre os riscos potenciais de residuos biodegradables/plásticos e non plásticos representativos nos tramos superior e inferior do esteiro de Haihe, China».Ciencia do Medio Ambiente Total, 887, páx. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
