Secuenciación metaxenómica -NGS
Un metaxenoma é unha colección do material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como os metaxenomas ambientais e humanos. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables. A secuenciación metaxenómica de escopeta con NGS permite o estudo destas paisaxes xenómicas intrincadas incrustadas en mostras ambientais proporcionando algo máis que un perfís taxonómicos, proporcionando tamén información granular sobre a diversidade de especies, a dinámica da abundancia e as estruturas poboacionais complexas. Ademais dos estudos taxonómicos, a metaxenómica de escopetas tamén ofrece unha perspectiva da xenómica funcional, que permite a exploración de xenes codificados e os seus papeis putativos nos procesos ecolóxicos. Finalmente, o establecemento de redes de correlación entre elementos xenéticos e factores ambientais contribúe a unha comprensión holística da intrincada interacción entre as comunidades microbianas e os seus antecedentes ecolóxicos. En conclusión, a secuenciación metaxenómica eríxese como un instrumento fundamental para desvelar as complejidades xenómicas de diversas comunidades microbianas, iluminando as relacións multifacéticas entre a xenética e a ecoloxía dentro destes ecosistemas complexos.
Plataformas: Illumina NovaSeq e DNBSEQ-T7
Vantaxes do servizo
●Método sen illamento e cultivo para a elaboración de perfiles da comunidade microbiana: Permitir a secuenciación de material xenético de organismos non cultivables.
●Alta Resolución: Detectar especies de pouca abundancia en mostras ambientais.
●Análise Bioinformática Integral:Centrado non só na diversidade taxonómica senón tamén na diversidade funcional da comunidade.
●Amplia experiencia:Cun historial de pechar con éxito múltiples proxectos de metaxenómica en varios dominios de investigación e procesar máis de 200.000 mostras, o noso equipo achega unha gran experiencia a cada proxecto.
Especificacións do servizo
| Plataforma de secuenciación | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Illumina NovaSeq ou DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 Gb | Q30≥85% |
Requisitos do servizo
| Concentración (ng/µL) | Importe total (ng) | Volume (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Solo/lodos: 2-3g
● Contido intestinal-animal: 0,5-2g
● Contido intestinal-insecto: 0,1-0,25g
● Superficie vexetal (sedimento enriquecido): 0,5-1g
● Sedimento enriquecido con caldo de fermentación): 0,2-0,5g
● Feces (animais grandes): 0,5-2g
● Feces (rato): 3-5 grans
● Líquido de lavado alveolar pulmonar: papel de filtro
● Cotonete vaxinal: 5-6 hisopos
● Cotonete de pel/xenital/saliva/tecido brando oral/cospón farínxeo/rectal: 2-3 hisopos
● Microorganismo de superficie: 5-6 hisopos
● Corpo de auga/aire/biopelícula: papel de filtro
● Endófitos: 2-3g
● Placa Dental: 0,5-1g
Fluxo de traballo do servizo
Entrega da mostra
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos de secuenciación
● Ensamblaxe do metaxenoma e predición de xenes
● Anotación xenética
● Análise da diversidade alfa taxonómica
● Análise funcional da comunidade: función biolóxica, metabólica, resistencia a antibióticos
● Análise da diversidade tanto funcional como taxonómica:
Análise da diversidade beta
Análise intergrupal
Análise de correlacións: entre factores ambientais e composición e diversidade da OUT
Análise funcional: resistencia a antibióticos CARD
Análise diferencial das vías metabólicas KEGG: mapa térmico de vías significativas
Diversidade alfa da distribución taxonómica: índice ACE
Diversidade beta da distribución taxonómica: PCoA
Explore os avances facilitados polos servizos de secuenciación do metaxenoma de BMKGene con Illumina a través dunha colección de publicacións seleccionada.
Hai, Q. et al. (2023) "Análise metaxenómica e metabolómica dos cambios no contido intestinal da troita arco da vella (Oncorhynchus mykiss) infectada co virus da necrose hematopoética infecciosa a diferentes temperaturas da auga de cultivo".Fronteiras en Microbioloxía, 14, páx. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) "Comunidades microbianas, xenes de resistencia e riscos de resistoma en lagos urbanos de diferentes estados tróficos: enlaces internos e influencias externas".Revista de avances de materiais perigosos, 9, páx. 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) "A análise metaxenómica revelou as diferenzas na composición e función entre os microorganismos asociados a líquidos e os sólidos do rumen de ovella",Fronteiras en Microbioloxía, 13, páx. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) "A microbiota obesa derivada do porco de Ningxiang reconecta o metabolismo da carnitina para promover a deposición de ácidos graxos musculares en porcos delgados DLY",A Innovación, 4(5), páx. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) "Insights metaxenómicos sobre os riscos potenciais dos residuos plásticos bio/non degradables representativos e non plásticos nos tramos superiores e inferiores do estuario de Haihe, China".Ciencia do Medio Ambiente Total, 887, páx. 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
