Produtos

Secuenciación metaxenómica -NGS

Metaxenoma refírese a unha colección de material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como o metaxenoma ambiental, o metaxenoma humano, etc. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables.A secuenciación metaxenómica é unha ferramenta molecular utilizada para analizar os materiais xenómicos mixtos extraídos de mostras ambientais, que proporciona información detallada sobre a diversidade e abundancia de especies, a estrutura da poboación, a relación filoxenética, os xenes funcionais e a rede de correlación cos factores ambientais.

Plataforma:Plataforma Illumina NovaSeq

Contacta connosco

Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

● Libre de illamento e cultivo para o perfil de comunidades microbianas

● Alta resolución na detección de especies de pouca abundancia en mostras ambientais

● A idea de “meta-” integra todas as características biolóxicas a nivel funcional, de especie e de xene, o que reflicte unha visión dinámica máis próxima á realidade.

● BMK acumula unha enorme experiencia en diversos tipos de mostras con máis de 10.000 mostras procesadas.

Especificacións do servizo

Plataforma	Secuenciación	Datos recomendados	Tempo de resposta
Plataforma Illumina NovaSeq	PE150	6 G/10 G/20 G	45 días laborables

Análise bioinformática

● Control de calidade dos datos brutos

● Montaxe do metaxenoma

● Conxunto de xenes non redundantes e anotación

● Análise da diversidade de especies

● Análise da diversidade de funcións xenéticas

● Análise intergrupal

● Análise de asociación fronte a factores experimentais

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

ParaExtractos de ADN:

Tipo de mostra	Cantidade	Concentración	Pureza
Extractos de ADN	> 30 ng	> 1 ng/μl	OD260/280= 1,6-2,5

Para mostras ambientais:

Tipo de mostra	Procedemento de mostraxe recomendado
Solo	Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva.
Feces	Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP estéril ou criotubo para reserva.
Contidos intestinais	As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP.
Lodos	Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva
Corpo de auga	Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril.
Pel	Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril.

Entrega de mostras recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

Entrega da mostra

Construción da biblioteca

Secuenciación

Análise de datos

Servizos posvenda

Anterior: Secuenciación metagenómica-Nanoporo

Seguinte: Secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq)

1.Histograma: distribución das especies

2.Xenes funcionais anotados nas vías metabólicas KEGG

3.Mapa térmico: funcións diferenciais baseadas na abundancia relativa dos xenes4.Circos de xenes de resistencia a antibióticos CARD

Caso BMK

Prevalencia de xenes de resistencia a antibióticos e patóxenos bacterianos ao longo do continuo chan-raíz de mangle

Publicado:Journal of Hazardous Materials, 2021

Estratexia de secuenciación:

Materiais: extractos de ADN de catro fragmentos de mostras asociadas á raíz de mangle: solo non plantado, rizosfera, episfera e endosfera.
Plataforma: Illumina HiSeq 2500
Obxectivos: Metaxenoma
Rexión V3-V4 do xene do ARNr 16S

Resultados clave

Procesouse a secuenciación metaxenómica e o perfil de metabarcodificación no continuo solo-raíz de mudas de mangle para estudar a diseminación de xenes de resistencia a antibióticos (ARG) do solo ás plantas.Os datos metaxenómicos revelaron que o 91,4% dos xenes de resistencia a antibióticos identificáronse habitualmente nos catro compartimentos do solo mencionados anteriormente, o que mostrou unha moda continua.A secuenciación do amplicón do ARNr 16S xerou 29.285 secuencias, que representan 346 especies.Ao combinarse co perfís de especies mediante a secuenciación de amplicóns, descubriuse que esta diseminación era independente da microbiota asociada á raíz, pero podería ser facilitada por elementos xenéticos móbiles.Este estudo identificou o fluxo de ARG e patóxenos do solo ás plantas a través do continuo interconectado solo-raíz.

Referencia

Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. e Shu, L. .(2020).Prevalencia de xenes de resistencia a antibióticos e patóxenos bacterianos ao longo do continuo chan-raíz de mangle.Revista de materiais perigosos, 408, 124985.