page_head_bg

Produtos

Secuenciación metagenómica (NGS)

Metaxenoma refírese a unha colección de material xenético total dunha comunidade mixta de organismos, como o metaxenoma ambiental, o metaxenoma humano, etc. Contén xenomas de microorganismos cultivables e non cultivables.A secuenciación metaxenómica é unha ferramenta molecular utilizada para analizar os materiais xenómicos mixtos extraídos de mostras ambientais, que proporciona información detallada sobre a diversidade e abundancia de especies, a estrutura da poboación, a relación filoxenética, os xenes funcionais e a rede de correlación cos factores ambientais.

Plataforma:Illumina NovaSeq6000


Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

ØLibre de illamento e cultivo para o perfil da comunidade microbiana

ØAlta resolución na detección de especies de pouca abundancia en mostras ambientais

ØA idea de "meta-" integra todas as características biolóxicas a nivel funcional, de especie e de xene, o que reflicte unha visión dinámica máis próxima á realidade.

ØBMK acumula unha enorme experiencia en diversos tipos de mostras con máis de 10.000 mostras procesadas.

Especificacións do servizo

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Rendemento de datos recomendado

Tempo estimado de entrega

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etiquetas 50K/100K/300K

30 días

Análise bioinformática

üControl de calidade dos datos brutos

üEnsamblaxe do metaxenoma

üConxunto de xenes non redundantes e anotación

üAnálise da diversidade de especies

üAnálise da diversidade da función xenética

üAnálise intergrupal

üAnálise de asociación fronte a factores experimentais

2

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

ParaExtractos de ADN:

Tipo de mostra

Cantidade

Concentración

Pureza

Extractos de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Para mostras ambientais:

Tipo de mostra

Procedemento de mostraxe recomendado

Solo

Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva.

Feces

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP ou criotubo estéril para reserva.

Contidos intestinais

As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP.

Lodos

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva

Corpo de auga

Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril.

Pel

Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril.

Entrega de mostra recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

logo_02

Entrega da mostra

logo_04

Construción da biblioteca

logo_05

Secuenciación

logo_06

Análise de datos

logo_07

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1.Histograma: distribución das especies

    3

    2.Xenes funcionais anotados nas vías metabólicas de KEGG

    4

    3.Mapa térmico: funcións diferenciais baseadas na abundancia relativa dos xenes54.Circos de xenes de resistencia a antibióticos CARD

    6

    Caso BMK

    Prevalencia de xenes de resistencia a antibióticos e patóxenos bacterianos ao longo do continuo chan-raíz de mangle

    Publicado:Journal of Hazardous Materials, 2021

    Estratexia de secuenciación:

    Materiais: extractos de ADN de catro fragmentos de mostras asociadas á raíz de mangle: solo non plantado, rizosfera, episfera e endosfera.
    Plataforma: Illumina HiSeq 2500
    Obxectivos: Metaxenoma
    Rexión V3-V4 do xene do ARNr 16S

    Resultados clave

    Procesáronse a secuenciación metaxenómica e o perfil de metabarcodificación no continuo solo-raíz de mudas de mangle co fin de estudar a diseminación de xenes de resistencia a antibióticos (ARG) do solo ás plantas.Os datos metaxenómicos revelaron que o 91,4% dos xenes de resistencia a antibióticos identificáronse habitualmente nos catro compartimentos do solo mencionados anteriormente, o que mostrou unha moda continua.A secuenciación do amplicón do ARNr 16S xerou 29.285 secuencias, que representan 346 especies.Ao combinarse co perfís de especies mediante a secuenciación de amplicóns, descubriuse que esta diseminación era independente da microbiota asociada ás raíces, pero podería ser facilitada por elementos xenéticos móbiles.Este estudo identificou o fluxo de ARG e patóxenos do solo ás plantas a través do continuo interconectado solo-raíz.

    Referencia

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W. e Shu, L. .(2020).Prevalencia de xenes de resistencia a antibióticos e patóxenos bacterianos ao longo do continuo chan-raíz de mangle.Revista de materiais perigosos, 408, 124985.

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: