Metagenómica (NGS)

A metagenómica de escopeta con Illumina é unha ferramenta popular para estudar microbiomas secuenciando directamente o ADN a partir de mostras complexas, permitindo o estudo da diversidade taxonómica e funcional. O pipeline Metagenómico (NGS) BMKCloud comeza co control de calidade e o conxunto de metagenomas, a partir do cal se predicen os xenes e agrupados en conxuntos de datos non redundantes que se anotan para a función e a taxonomía usando múltiples bases de datos. Esta información úsase para analizar a diversidade taxonómica dentro da mostra (diversidade alfa) e a diversidade entre mostras (diversidade beta). A análise diferencial entre grupos atopa OTU e funcións biolóxicas que difiren entre os dous grupos empregando probas paramétricas e non paramétricas, mentres que a análise de correlación relaciona estas diferenzas con factores ambientais.