Secuenciación de ARN procariota
Características
● O procesamento de mostras de ARN implicou a depleción de ARNr seguida da preparación da biblioteca de ARN direccional.
● Análise bioinformática baseada no aliñamento cun xenoma de referencia
● A análise inclúe a expresión xénica e os DEG, pero tamén a estrutura dos transcritos e a análise de ARNp
Vantaxes do servizo
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras e bibliotecas ata a secuenciación e a bioinformática. Esta monitorización meticulosa garante a obtención de resultados de alta calidade consistente.
●Datos de secuenciación específicos de cadeadebido a que a preparación da biblioteca de ARN é direccional, o que permite a identificación de transcritos antisentido.
●Análise completa adaptada a transcriptomas procariotas: a canle bioinformática inclúe non só a análise da expresión xénica, senón tamén a análise da estrutura dos transcritos, incluíndo a identificación de operóns, UTR e promotores. Tamén inclúe a análise de ARNp, concretamente a anotación e a predición da estrutura secundaria e as dianas.
●Soporte posvendaO noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Biblioteca direccional con ARNr esgotado | Illumina PE150 | 1-2 Gb | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 50 | ≥ 1 | DO260/280=1,8-2,0 DO260/230=1,0-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | RIN≥6,5 |
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Fluxo de traballo de análise bioinformática
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos brutos
● Aliñamento co xenoma de referencia
● Avaliación da calidade da biblioteca: aleatoriedade da fragmentación do ARN, tamaño do inserto e saturación da secuenciación
● Anotación funcional dos xenes codificantes previstos
● Análise de expresión: correlación e análise de compoñentes principais (PCA)
● Expresión xénica diferencial (DEG)
● Anotación funcional e enriquecemento de DEGs
● Análise de ARNp: predición, anotación, predición de diana e estrutura secundaria
● Análise da estrutura dos transcritos: operóns, posicións iniciais e finais, rexión non traducida (UTS), promotor e análise de SNP/InDel
Saturación da secuenciación
Anotación funcional de xenes codificantes
Correlación entre mostras
Análise de xenes expresados diferencialmente (DEG)
Análise de enriquecemento funcional
Anotación de ARNp
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm de lonxitude completa Nanopore de BMKGene nesta publicación destacada.
Guan, CP et al. (2018) «Cambios transcriptómicos globais de Staphylococcus epidermidis, formador de biopelículas, en resposta aos alcaloides totais de Sophorea alopecuroides»,Revista Polaca de Microbioloxía, 67(2), páx. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
