Produtos

Secuenciación de ARN procariota

Imaxe destacada da secuenciación do ARN procariota

A secuenciación de ARN procariota utiliza a secuenciación de próxima xeración (NGS) para revelar a presenza e a cantidade de ARN nun momento dado, mediante a análise do transcriptoma celular cambiante.A secuenciación de ARN procariota da nosa empresa, está dirixida específicamente a procariotas con xenomas de referencia, proporcionándolle perfís de transcriptoma, análise de estruturas xenéticas, etc. Aplicouse amplamente á investigación científica básica, á investigación e desenvolvemento de fármacos, etc.

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq

Contacta connosco

Detalles do servizo

Especificacións do servizo

Plataforma: Plataforma Illumina NovaSeq, PE150

Tipo de biblioteca: biblioteca de cDNA de inserción de 350 bp (depende da distribución máxima)

Estratexia de secuenciación: Paired-End 150 pb

Cantidade de datos recomendada: 2 Gb de datos brutos/mostra

Bioinformática

(1) Control de calidade dos datos de secuenciación: distribución de nucleótidos, distribución da calidade base, avaliación da relación de ARNr;

(2) Análise de aliñamento de secuencias: estatísticas de resultados de aliñamento, saturación da secuenciación, cobertura da secuenciación;

(3) Anotación do xenoma de referencia (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);

(4) Análise da expresión: distribución da expresión (con dúas ou máis mostras), Análise da expresión entre mostras (análise de Venn, análise de correlación, análise PCA);

(5) Análise de expresión diferencial (Con dúas ou máis mostras);

(6) Análise de conxuntos xenéticos: análise de Venn, análise de clúster, análise de anotación de funcións (COG, GO, KEGG), análise de enriquecemento de funcións (GO, KEGG), gráfica de acordes de enriquecemento de funcións, análise de Ipath;

(7) Análise de sRNA: predición de sRNA, anotación de sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), predición de estrutura secundaria de sRNA, predición de xenes diana de sRNA;

(8) Análise da estrutura da transcrición: análise de operóns, predición de sitios de inicio e finalización da transcrición, anotación e análise UTR, predición de secuencias promotoras, análise SNP/InDel (anotación SNP/InDel, distribución rexional SNP/InDel, estatísticas SNP).