page_head_bg

Produtos

Secuenciación metagenómica-Nanoporo

A metaxenómica é unha ferramenta molecular utilizada para analizar os materiais xenómicos mixtos extraídos de mostras ambientais, que proporciona información detallada sobre diversidade e abundancia de especies, estrutura da poboación, relación filoxenética, xenes funcionais e rede de correlación con factores ambientais, etc. Recentemente presentáronse plataformas de secuenciación de nanoporos. aos estudos metaxenómicos.O seu excelente rendemento en lonxitude de lectura mellorou en gran medida a análise metaxenómica en curso abaixo, especialmente a montaxe do metaxenoma.Aproveitando a lonxitude de lectura, o estudo metaxenómico baseado en Nanopore é capaz de lograr unha montaxe máis continua en comparación coa metaxenómica de escopeta.Publicouse que a metaxenómica baseada en Nanopore xerou con éxito xenomas bacterianos completos e pechados a partir de microbiomas (Moss, EL, et. al.Nature Biotech, 2020)

Plataforma:Nanopore PromethION P48


Detalles do servizo

Resultados da demostración

Caso BMK

Vantaxes do servizo

ØMontaxe de alta calidade: mellora da precisión da identificación de especies e da predición de xenes funcionais

ØIllamento pechado do xenoma bacteriano

ØAplicación máis potente e fiable en diversas áreas, por exemplo, detección de microorganismos patóxenos ou xenes relacionados coa resistencia a antibióticos

ØAnálise comparativa do metaxenoma

Especificacións do servizo

SecuenciaciónPlataforma

Biblioteca

Rendemento de datos recomendado

Tempo estimado de entrega

Illumina NovaSeq 6000

PE250

Etiquetas 50K/100K/300K

30 días

Análise bioinformática

üControl de calidade dos datos brutos

üEnsamblaxe do metaxenoma

üConxunto de xenes non redundantes e anotación

üAnálise da diversidade de especies

üAnálise da diversidade da función xenética

üAnálise intergrupal

üAnálise de asociación fronte a factores experimentais

2

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:   

ParaExtractos de ADN:

Tipo de mostra

Cantidade

Concentración

Pureza

Extractos de ADN

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Para mostras ambientais:

Tipo de mostra

Procedemento de mostraxe recomendado

Solo

Cantidade da mostra: aprox.5 g;A substancia murcha restante debe ser eliminada da superficie;Moer pezas grandes e pasar por un filtro de 2 mm;Mostras alícuotas en tubo EP estéril ou cirotubo para reserva.

Feces

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recoller e alícuotar mostras en tubo EP ou criotubo estéril para reserva.

Contidos intestinais

As mostras deben procesarse en condicións asépticas.Lavar o tecido recollido con PBS;Centrifugar o PBS e recoller o precipitante en tubos EP.

Lodos

Cantidade da mostra: aprox.5 g;Recollida e alícuota de mostra de lodo en tubo EP estéril ou criotubo para reserva

Corpo de auga

Para mostras con cantidade limitada de microbios, como auga da billa, auga de pozo, etc., Recolla polo menos 1 L de auga e pásase por un filtro de 0,22 μm para enriquecer os microbios na membrana.Almacene a membrana nun tubo estéril.

Pel

Raspe coidadosamente a superficie da pel cun cotonete estéril ou unha lámina cirúrxica e colócaa nun tubo estéril.

Entrega de mostra recomendada

Conxelar as mostras en nitróxeno líquido durante 3-4 horas e almacenar en nitróxeno líquido ou -80 graos para reservar a longo prazo.É necesario o envío de mostras con xeo seco.

Fluxo de traballo do servizo

logo_02

Entrega da mostra

logo_04

Construción da biblioteca

logo_05

Secuenciación

logo_06

Análise de datos

logo_07

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • 1.Mapa de calor: agrupación de riqueza de especies32.Xenes funcionais anotados nas vías metabólicas de KEGG43.Rede de correlación de especies54.Circos de xenes de resistencia a antibióticos CARD
    6

    Caso BMK

    A metaxenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido da infección bacteriana das vías respiratorias inferiores

    Publicado:Nature Biotechnology, 2019

    Aspectos técnicos
    Secuenciación: Nanopore MinION
    Bioinformática metaxenómica clínica: esgotamento do ADN do hóspede, análise WIMP e ARMA
    Detección rápida: 6 horas
    Alta sensibilidade: 96,6%

    Resultados clave

    En 2006, a infección das vías respiratorias inferiores (LR) causou 3 millóns de mortes humanas no mundo.O método típico para a detección do patóxeno LR1 é o cultivo, que ten unha sensibilidade escasa, un tempo de resposta longo e unha falta de orientación na terapia antibiótica precoz.Un diagnóstico microbiano rápido e preciso é desde hai tempo unha necesidade urxente.O doutor Justin da Universidade de East Anglia e os seus socios desenvolveron con éxito un método metaxenómico baseado en Nanopore para a detección de patóxenos.Segundo o seu fluxo de traballo, o 99,99% do ADN do hóspede pódese esgotar.A detección de patóxenos e xenes resistentes a antibióticos pódese rematar en 6 horas.

    Referencia
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A. e O'Grady, J. .(2019).A metaxenómica de nanoporos permite un diagnóstico clínico rápido da infección bacteriana das vías respiratorias inferiores.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: