-
Análise de asociación de todo o xenoma
O estudo de asociación de todo o xenoma (GWAS) ten como obxectivo identificar variantes xenéticas (xenotipo) que se asocian con trazos específicos (fenotipo).O estudo GWAS investiga os marcadores xenéticos que cruzan o xenoma completo dun gran número de individuos e prevé asociacións xenotipo-fenotipo mediante análises estatísticas a nivel poboacional.Aplicouse amplamente na investigación de enfermidades humanas e na minería de xenes funcionais en trazos complexos de animais ou plantas.
-
Secuenciación de ARN dun só núcleo
O avance na captura dunha soa célula e na técnica de construción de bibliotecas individuais que se combina coa secuenciación de alto rendemento permite estudos de expresión xénica célula por célula.Permite unha análise do sistema máis profunda e completa en poboacións celulares complexas, na que evita en gran medida o enmascaramento da súa heteroxeneidade ao tomar a media de todas as células.
Non obstante, algunhas células non son adecuadas para converterse en suspensión unicélula, polo que se necesitan outros métodos de preparación de mostras: a extracción do núcleo dos tecidos, é dicir, o núcleo extrae directamente dos tecidos ou células e prepárase en suspensión dun só núcleo para un único núcleo. secuenciación celular.
BMK ofrece un servizo de secuenciación de ARN unicelular baseado en Genomics ChromiumTM 10 veces.Este servizo foi moi utilizado en estudos sobre estudos relacionados con enfermidades, como a diferenciación de células inmunitarias, a heteroxeneidade do tumor, o desenvolvemento de tecidos, etc.
Chip de transcriptoma espacial: 10× Genómica
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación do xenoma completo de plantas/animais
A resecuenciación do xenoma completo, tamén coñecida como WGS, permite a revelación de mutacións comúns e raras en todo o xenoma, incluíndo o polimorfismo de nucleótido único (SNP), a eliminación de inserción (InDel), a variación de estrutura (SV) e a variación de número de copias (CNV). ).Os SV constitúen unha maior parte da base de variación que os SNP e teñen un maior impacto no xenoma, o que ten un efecto significativo nos organismos vivos.A resecuenciación de lecturas longas permite unha identificación máis precisa de fragmentos grandes e variacións complicadas porque as lecturas longas facilitan moito o cruzamento cromosómico en rexións complicadas como as repeticións en tándem, as rexións ricas en GC/AT e as rexións hipervariables.
Plataforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
Transcriptoma espacial BMKMANU S1000
A organización espacial das células xoga un papel vital en varios procesos biolóxicos, como a infiltración inmune, o desenvolvemento de embrións, etc. A secuenciación espacial do transcriptoma, que indica o perfil da expresión xénica conservando a información da posición espacial, proporcionou grandes coñecementos sobre a arquitectura do tecido a nivel de transcriptoma.Co desenvolvemento da tecnoloxía, a morfoloxía do tecido ultraclaro e a diferenza estrutural real da expresión molecular espacial deben ser estudadas con maior resolución.BMKGENE ofrece un servizo integral de secuenciación de transcriptomas espaciais desde mostras ata coñecementos biolóxicos.
As tecnoloxías de transcriptómica espacial potenciaron novas perspectivas en diversos ámbitos de investigación ao resolver o perfil de expresión xénica con contido espacial en mostras heteroxéneas.
Chip de transcriptoma espacial: BMKMANU S1000
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Visium Spatial Gene Expression é unha tecnoloxía convencional de secuenciación de transcriptomas espaciais para clasificar tecidos baseándose no ARNm total.Mapea todo o transcriptoma con contexto morfolóxico para descubrir novas ideas sobre o desenvolvemento normal, a patoloxía da enfermidade e a investigación clínica translacional.BMKGENE ofrece un servizo integral de secuenciación de transcriptomas espaciais desde mostras ata coñecementos biolóxicos.
As tecnoloxías de transcriptómica espacial potenciaron novas perspectivas en diversos ámbitos de investigación ao resolver o perfil de expresión xénica con contido espacial en mostras heteroxéneas..
Chip de transcriptoma espacial: 10x Genomics Visium
Plataforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa-Nanopore
A secuenciación de ARN foi unha ferramenta inestimable para a análise completa do transcriptoma.Sen dúbida, a secuenciación de lectura curta tradicional logrou un importante desenvolvemento aquí.Non obstante, a miúdo atopa limitacións nas identificacións de isoformas de lonxitude completa, a cuantificación e o sesgo da PCR.
A secuenciación de nanoporos distínguese doutras plataformas de secuenciación, xa que os nucleótidos son lidos directamente sen a síntese de ADN e xeran lecturas longas a decenas de quilobases.Isto permite a lectura directa cruzando transcricións completas e abordar os retos dos estudos a nivel de isoformas.
Plataforma:Nanopore PromethION
Biblioteca:cDNA-PCR
-
Secuenciación de ARNm de lonxitude completa -PacBio
De novosecuenciación de transcriptoma de lonxitude completa, tamén coñecida comoDe novoIso-Seq aproveita as vantaxes do secuenciador PacBio en lonxitude de lectura, que permite a secuenciación de moléculas de ADNc de lonxitude total sen interrupcións.Isto evita completamente os erros xerados nos pasos de montaxe da transcrición e constrúe conxuntos uníxenos con resolución a nivel de isoforma.Este conxunto uníxeno proporciona información xenética poderosa como "xenoma de referencia" a nivel de transcriptoma.Ademais, combinado con datos de secuenciación de próxima xeración, este servizo permite unha cuantificación precisa da expresión a nivel de isoformas.
Plataforma: PacBio Sequel IIBiblioteca: SMRT bell library -
Secuenciación de ARNm eucariotas-Illumina
A secuenciación do ARNm permite o perfil de todos os ARNm transcritos das células en condicións específicas.É unha tecnoloxía poderosa para revelar o perfil de expresión xénica, as estruturas xénicas e os mecanismos moleculares de certos procesos biolóxicos.Ata a data, a secuenciación do ARNm empregouse amplamente na investigación fundamental, diagnóstico clínico, desenvolvemento de fármacos, etc.
Plataforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Secuenciación de ARNm non baseada en referencia-Illumina
A secuenciación do ARNm adopta a técnica de secuenciación de nova xeración (NGS) para capturar o ARN mensaxeiro (ARNm) da forma eucariota nun período específico no que algunhas funcións especiais están activando.A transcrición máis longa empalmada chamouse "Unigene" e utilizouse como secuencia de referencia para a análise posterior, o que é un medio eficaz para estudar o mecanismo molecular e a rede reguladora da especie sen referencia.
Despois da montaxe de datos do transcriptoma e da anotación funcional uníxena
(1)Preformarase análise de SSR, predición de CDS e estrutura xenética.
(2) Realizarase a cuantificación da expresión uníxena en cada mostra.
(3) Descubriranse uníxenos expresados de forma diferencial entre mostras (ou grupos) en función da expresión uníxeno
(4) Realizarase a agrupación, anotación funcional e análise de enriquecemento de uníxenos expresados diferencialmente.
-
Secuenciación longa non codificante-Illumina
Os ARN longos non codificantes (lncRNAs) son un tipo de moléculas de ARN cunha lonxitude superior a 200 nt, que se caracterizan por un potencial de codificación extremadamente baixo.O LncRNA, como membro clave nos ARN non codificantes, atópase principalmente no núcleo e no plasma.O desenvolvemento da tecnoloxía de secuenciación e da bioinformática permite identificar numerosos lncRNAs novos e asocialos con funcións biolóxicas.As evidencias acumuladas suxiren que o lncRNA está moi implicado na regulación epixenética, na regulación da transcrición e na regulación posterior á transcrición.
