Secuenciación longa non codificante: Illumina
Vantaxes do servizo
●Análise conxunta de ARNm e ARN non linealAo combinar a cuantificación dos transcritos de ARNm co estudo do ARN non lineal e os seus obxectivos, é posible obter unha visión xeral en profundidade do mecanismo regulador subxacente á resposta celular.
●Ampla experienciaProcesamos máis de 230.000 mostras, que abarcan diversos obxectivos de mostras e proxectos. Aportamos a nosa ampla experiencia a cada proxecto.
●Análise conxunta de ARNm e ARN non linealCombinamos a cuantificación de transcritos de ARNm co estudo do ARN non lineal e as súas dianas, o que permite obter unha visión xeral en profundidade do mecanismo regulador subxacente á resposta celular.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras ata a preparación da biblioteca, a secuenciación e a bioinformática. A nosa monitorización meticulosa garante a entrega de resultados de alta calidade consistente.
●Anotación exhaustivaEmpregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes expresados diferencialmente (DEG) e realizar as análises de enriquecemento correspondentes. Esta ampla abordaxe proporciona información sobre os procesos celulares e moleculares subxacentes á resposta do transcriptoma, garantindo que obteñas toda a información posible sobre os datos do teu experimento.
●Soporte posvendaEntendemos o importante que é estar presente, por iso o noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Plataforma | Datos recomendados | Control de calidade de datos |
| Biblioteca direccional con ARNr esgotado | Illumina PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 80 | ≥ 0,8 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | RIN≥6,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 450 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 600 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1,5 g
● Artrópodos:
Insectos: 9 g
Crustáceos: 450 mg
● Sangue enteiro:2 tubos
● Células: 106 células
● Soro e plasma6 ml
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviar a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
- Datos brutos
- Control de calidade de datos
- Aliñamento do xenoma
- Estrutura xénica (empalme alternativo, optimización da estrutura xénica e predición de novos xenes)
- Cuantificación da expresión xénica
- Análise de expresión diferencial
- Anotación e enriquecemento de DEG + Xenes diana de lncRNA expresados diferencialmente
- Identificación da transcrición
- Identificación do ARNlnc (conservación do ARNlnc e ARNlnc coñecido)
- Predición de xenes diana de lncRNA
- Cuantificación da expresión de lncRNA
- Análise conxunta con datos de ARNm
Análise de expresión xénica diferencial (DEG)
Cuantificación da expresión de lncRNA: agrupamento en clústeres
Enriquecemento de xenes diana de lncRNA
Análise conxunta da posición do ARNm e do ARNnc: diagrama de Circos (o círculo central é o ARNm e o círculo interior é o ARNnc)
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de lncRNA de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Ji, H. et al. (2020) «Identificación, predición funcional e verificación clave de lncRNA de lncRNA relacionados co estrés frío no fígado de ratas».Informes científicos2020 10:1, 10(1), páxs. 1–14. doi: 10.1038/s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) «A análise transcriptómica integrativa revela o mecanismo inmunitario dunha cepa de carpa común resistente ao CyHV-3»,Fronteiras na inmunoloxía, 12, páx. 687151. doi: 10.3389/FIMMU.2021.687151/BIBTEX.
Wang, XJ et al. (2022) «Priorización baseada na integración multiómica das redes de regulación do ARN endóxeno competidoras no cancro de pulmón de células pequenas: características moleculares e candidatos a fármacos»,Fronteiras en Oncoloxía, 12, páx. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) «Disección xenética da rede de coexpresión xénica subxacente á fotosíntese en Populus»,Revista de Biotecnoloxía Vexetal, 18(4), páxs. 1015–1026. doi: 10.1111/PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) «Unha rede reguladora global para a expresión xénica desregulada e a sinalización metabólica anormal en células inmunitarias no microambiente da enfermidade de Graves e a tiroidite de Hashimoto»,Fronteiras na inmunoloxía, 13, páx. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
