page_head_bg

Produtos

Secuenciación longa non codificante-Illumina

Os ARN longos non codificantes (lncRNAs) son un tipo de moléculas de ARN cunha lonxitude superior a 200 nt, que se caracterizan por un potencial de codificación extremadamente baixo.O LncRNA, como membro clave nos ARN non codificantes, atópase principalmente no núcleo e no plasma.O desenvolvemento da tecnoloxía de secuenciación e da bioinformática permite identificar numerosos lncRNA novos e asocialos con funcións biolóxicas.As evidencias acumuladas suxiren que o lncRNA está moi implicado na regulación epixenética, na regulación da transcrición e na regulación posterior á transcrición.


Detalles do servizo

Bioinformática

Resultados da demostración

Caso práctico

Vantaxes do servizo

ØVantaxes do servizo
ØEspecífico celular e tisular
ØA etapa específica expresa e presenta un cambio dinámico de expresión
ØPatróns precisos de expresión no tempo e no espazo
ØAnálise conxunta con datos de ARNm.
ØEntrega de resultados baseada en BMKCloud: minería de datos personalizada dispoñible na plataforma.
ØServizos posvenda válidos durante 3 meses despois da finalización do proxecto

Requisitos de mostra e entrega

Requisitos de mostra:

Nucleótidos:

Tecido: Peso (seco): ≥1 g
*Para tecidos inferiores a 5 mg, recomendamos enviar mostras de tecido conxelada instantáneamente (en nitróxeno líquido).

Suspensión celular: reconto celular = 3×107
*Recomendamos enviar lisado celular conxelado.No caso de que esa cela conte menos de 5×105, recoméndase conxelar flash en nitróxeno líquido.

Mostras de sangue:
PA×xeneBloodRNATube;
6 ml de TRIzol e 2 ml de sangue (TRIzol: sangue = 3:1)

Entrega de mostra recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda papel de aluminio)
Etiquetaxe da mostra: grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3;B1, B2, B3....

Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enterradas en xeo seco.
3.Tubos RNAstable: as mostras de ARN pódense secar nun tubo de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.

Fluxo de traballo do servizo

logo_01

Deseño de experimentos

logo_02

Entrega da mostra

logo_03

extracción de ARN

logo_04

Construción da biblioteca

logo_05

Secuenciación

logo_06

Análise de datos

logo_07

Servizos posvenda


  • Anterior:
  • Seguinte:

  • Bioinformática

    CircRNA-sequencing-analysis-workflow
    CircRNA-sequencing-analysis-workflow

    1.Clasificación do LncRNA

    O LncRNA previsto polos catro programas anteriores clasificáronse en 4 categorías: lincRNA, anti-sentido-LncRNA, intrónico-LncRNA;sentido-LncRNA.A clasificación do LncRNA mostrouse no seguinte histograma.

    LncRNA-classification

    Clasificación de LncRNA

    2.Xenes dirixidos a cis da análise de enriquecemento de DE-lncRNA

    Empregouse ClusterProfiler na análise de enriquecemento GO en xenes cis-targeted de lncRNA expresado de forma diferencial (DE-lncRNA), en termos de procesos biolóxicos, funcións moleculares e compoñentes celulares.A análise de enriquecemento GO é un proceso para identificar termos GO significativamente enriquecidos dirixidos por DEG en comparación co xenoma completo.Os termos enriquecidos presentáronse nun histograma, un gráfico de burbullas, etc., como se mostra a continuación.

    Cis-targeted-genes-of-DE-lncRNA-enrichment-analysis--Bubble-chartXenes dirixidos a cis da análise de enriquecemento de DE-lncRNA - Gráfico de burbullas

    Caso BMK

    Perfil de expresión de lncRNA desregulado nos adenocarcinomas de pulmón de rato con mutación KRAS-G12D e knockout P53

    Publicado:Revista de Medicina Celular e Molecular,2019

    Estratexia de secuenciación

    Ilumina

    Recollida de mostras

    As células NONMMUT015812-knockdown KP (shRNA-2) e as células de control negativo (sh-Scr) obtivéronse o día 6 dunha infección viral específica.

    Resultados clave

    Este estudo investiga os lncRNAs expresados ​​de forma aberrante no adenocarcinoma de pulmón de rato con knockout P53 e a mutación KrasG12D.
    1,6424 lncRNA expresáronse de forma diferencial (cambio ≥ 2 veces, P <0,05).
    2.Entre os 210 lncRNAs (FC≥8), a expresión de 11 lncRNAs foi regulada por P53, 33 lncRNAs por KRAS e 13 lncRNAs por hipoxia nas células KP primarias, respectivamente.
    3.NONMMUT015812, que estaba notablemente regulado no adenocarcinoma de pulmón de rato e regulado negativamente pola reexpresión de P53, detectouse para analizar a súa función celular.
    4. O derrubamento de NONMMUT015812 por shRNA diminuíu a capacidade de proliferación e migración das células KP.NONMMUT015812 era un oncoxene potencial.

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Análise da vía KEGG dos xenes expresados ​​de forma diferencial nas células KP de knockdown NONMMUT015812

    PB-full-length-RNA-Sequencing-case-study

    Análise de ontoloxía xénica dos xenes expresados ​​de forma diferencial nas células KP de derrubamento NONMMUT015812

    Referencia

    Perfil de expresión de lncRNA desregulado nos adenocarcinomas de pulmón de rato con mutación KRAS-G12D e knockout P53 [J].Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2019, 23 (10).DOI: 10.1111/jcmm.14584

    obter unha cotización

    Escribe aquí a túa mensaxe e envíanolo

    Envíanos a túa mensaxe: