Secuenciación de ARNm non baseada en referencia (NGS)
Características
● Captura de poliARNm antes da preparación da biblioteca
● Independente de calquera xenoma de referencia: baseado na ensamblaxe de novo de transcritos, xerando unha lista de unixenes que están anotados con múltiples bases de datos (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Análise bioinformática exhaustiva da expresión xénica e da estrutura dos transcritos
Vantaxes do servizo
●Ampla experienciaCun historial de procesamento de máis de 600.000 mostras en BMKGENE, que abarcan diversos tipos de mostras como cultivos celulares, tecidos e fluídos corporais, o noso equipo achega unha ampla experiencia a cada proxecto. Pechamos con éxito máis de 100.000 proxectos de mRNA-Seq en diversos ámbitos de investigación.
●Control de calidade rigorosoImplementamos puntos de control básicos en todas as etapas, dende a preparación de mostras e bibliotecas ata a secuenciación e a bioinformática. Esta monitorización meticulosa garante a obtención de resultados de alta calidade consistente.
● Anotación exhaustivaEmpregamos múltiples bases de datos para anotar funcionalmente os xenes expresados diferencialmente (DEG) e realizar a análise de enriquecemento correspondente, proporcionando información sobre os procesos celulares e moleculares subxacentes á resposta do transcriptoma.
●Soporte posvendaO noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Requisitos e entrega da mostra
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Enriquecido con poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (ng/μl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminación limitada ou nula de proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: RIN≥4,0; Para animais: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; elevación da liña base limitada ou nula |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froita: 1,2 g
● Animais:
Corazón ou intestino: 300 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ósos, cabelo ou pel: 1 g
● Artrópodos:
Insectos: 6 g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue enteiro1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de mostras recomendada
Recipiente: tubo de centrífuga de 2 ml (non se recomenda o uso de papel de aluminio)
Etiquetado de mostra: Agrupar+replicar, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Xeo seco: as mostras deben embalarse en bolsas e soterrarse en xeo seco.
2. Tubos ARN estables: as mostras de ARN pódense secar en tubos de estabilización de ARN (por exemplo, RNAstable®) e enviarse a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Extracción de ARN
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Bioinformática
Ensamblaxe do transcriptoma e selección de unixenes
Anotación Unigene
Correlación de mostras e avaliación de réplicas biolóxicas
Xenes expresados diferencialmente (DEG)
Anotación funcional dos DEG
Enriquecemento funcional dos DEG
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm eucariota NGS de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Shen, F. et al. (2020) «Ensamblaxe do transcriptoma de novo e expresión xénica con sesgo sexual nas gónadas do bagre do Amur (Silurus asotus)», Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) «Análise transcriptómica do metabolismo da sacarosa durante o inchazo e desenvolvemento do bulbo na cebola (Allium cepa L.)», Frontiers in Plant Science, 7 (setembro), páx. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) «Ensamblaxe de novo, caracterización e anotación para o transcriptoma de Sarcocheilichthys sinensis», PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) «A análise do transcriptoma de novo proporciona información sobre a tolerancia ao sal de Podocarpus macrophyllus baixo estrés salino», BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
