Secuenciación de ARNm baseada en non referencia
Características
● Captura de ARNm poli antes da preparación da biblioteca
● Independente de calquera xenoma de referencia: baseado na montaxe de transcricións de novo, xerando unha lista de unígenos anotados con múltiples bases de datos (NR, Swiss-Prot, Cog, Kog, Eggnog, Pfam, Go, Kegg)
● Análise bioinformática completa da expresión xénica e da estrutura da transcrición
Vantaxes do servizo
●Ampla experiencia: Cun historial de procesamento de máis de 600.000 mostras en BMKGene, abarcando diversos tipos de mostras como cultivos celulares, tecidos e fluídos corporais, o noso equipo achega unha ampla experiencia a todos os proxectos. Pechamos con éxito máis de 100.000 proxectos de ARNm-seq en varios dominios de investigación.
●Control de calidade rigoroso: Implementamos puntos de control básicos en todas as etapas, desde a preparación da mostra e da biblioteca ata a secuenciación e a bioinformática. Este minucioso control asegura a entrega de resultados de alta calidade constantemente.
● Anotación completa: Empregamos varias bases de datos para anotar funcionalmente os xenes (DEG) diferencialmente e realizar a correspondente análise de enriquecemento, proporcionando información sobre os procesos celulares e moleculares que subxacen á resposta do transcriptoma.
●Soporte post-venda: O noso compromiso esténdese máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posterior a 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos un seguimento do proxecto, asistencia de solución de problemas e sesións de Q&A para abordar as consultas relacionadas cos resultados.
Requisitos de mostra e entrega
| Biblioteca | Estratexia de secuenciación | Datos recomendados | Control de calidade |
| Poly a enriquecido | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | Q30≥85% |
Requisitos da mostra:
Nucleótidos:
| Conc. (Ng/µl) | Cantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Contaminación limitada ou sen proteínas ou ADN mostrada no xel. | Para plantas: rin≥4,0; Para animais: rin≥4,5; 5.0≥28s/18s≥1,0; elevación de base limitada ou sen base |
● Plantas:
Raíz, talo ou pétalo: 450 mg
Folla ou semente: 300 mg
Froito: 1,2 g
● Animal:
Corazón ou intestino: 300 mg
Vísceras ou cerebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ósos, pelo ou pel: 1g
● Artrópodos:
Insectos: 6g
Crustacea: 300 mg
● sangue enteiro: 1 tubo
● Células: 106 células
Entrega de mostra recomendada
Recipiente: tubo de centrifuga de 2 ml (non se recomenda a folla de lata)
Etiquetaxe de mostra: grupo+replicar por exemplo A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Envío:
1. Ice seco: as mostras deben ser embaladas en bolsas e enteradas en xeo seco.
2. Tubos RNastable: As mostras de ARN pódense secar no tubo de estabilización do ARN (por exemplo, RNastable®) e enviadas a temperatura ambiente.
Fluxo de traballo de servizo
Deseño de experimentos
Entrega de mostra
Extracción de ARN
Construción da biblioteca
Secuenciación
Análise de datos
Servizos despois da venda
Bioinformática
Montaxe transcriptoma e selección de unigene
Anotación unigene
Correlación da mostra e avaliación das réplicas biolóxicas
Xenes expresados diferencialmente (DEG)
Anotación funcional de degs
Enriquecemento funcional de DEG
Explora os avances facilitados polos servizos de secuenciación de ARNm eucariotas de BMKGene a través dunha colección curada de publicacións.
Shen, F. et al. (2020) 'Montaxe de transcriptoma de novo e expresión xénica tendenciosa no sexo nas gónadas do bagre de Amur (Silurus Asotus)', Genomics, 112 (3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/j.ygeno.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Análise do transcriptoma do metabolismo de sacarosa durante o inchazo e o desenvolvemento de lámpadas en cebola (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (setembro), p. 212763. Doi: 10.3389/fpls.2016.01425/bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'de novo asemblea, caracterización e anotación para o transcriptoma de Sarcocheilichthys sinensis', PLoS One, 12 (2). doi: 10.1371/journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'A análise de transcriptoma de novo proporciona información sobre a tolerancia ao sal de Podocarpus macrophyllus baixo o estrés de salinidade', BMC Plant Biology, 21 (1), pp. 1-17. doi: 10.1186/s12870-021-03274-1/figuras/9.
