Ensamble de xenoma bacteriano de novo
Ofrecemos un servizo completo de ensamblaxe de xenomas bacterianos, garantindo 0 lagoas. Isto é posible integrando tecnoloxías de secuenciación de lectura longa, como Nanopore e PacBio para a ensamblaxe e secuenciación de lectura curta con Illumina para a validación da ensamblaxe e a corrección de erros das lecturas ONT. O noso servizo proporciona o fluxo de traballo bioinformático completo, desde a ensamblaxe, a anotación funcional e a análise bioinformática avanzada, cumprindo obxectivos de investigación específicos. Este servizo permite o desenvolvemento de xenomas de referencia precisos para diversos estudos xenéticos e xenómicos. Ademais, constitúe a base para aplicacións como a optimización de cepas, a enxeñaría xenética e o desenvolvemento de tecnoloxía microbiana, garantindo datos xenómicos fiables e sen lagoas, cruciais para o avance dos coñecementos científicos e a innovación biotecnolóxica.
Características do servizo
● Con dúas opcións posibles para elixir dependendo do grao de completitude do xenoma desexado.
● Opción de borrador de xenoma: secuenciación de lectura curta con Illumina NovaSeq PE150.
● Xenoma completo con 0 lacunas.
● Secuenciación de lectura longa en Nanopore PromethION 48 ou PacBio Revio para a ensamblaxe do xenoma.
● Secuenciación de lectura curta en Illumina NovaSeq para validación do xenoma e corrección de erros (Nanopore) ou para xerar un borrador do xenoma.
Vantaxes do servizo
●Xenoma de brecha cero garantidoIsto débese á integración da secuenciación Illumina coa secuenciación de lectura longa (Nanopore ou PacBio).
●Fluxo de traballo completo de bioinformática:Isto inclúe a ensamblaxe do xenoma e a predición de múltiples elementos xenómicos, a anotación de xenes funcionais e as visualizacións do xenoma como o diagrama de Circos.
●Ampla experienciaCon máis de 20 000 xenomas microbianos reunidos, BMKGENE achega máis dunha década de experiencia, un equipo de análise altamente cualificado, contido completo e unha excelente asistencia posvenda.
●Soporte posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
●Múltiples estratexias de secuenciación dispoñibles:Para diferentes obxectivos de investigación e requisitos de integridade do xenoma.
Especificacións do servizo
| Servizo | Estratexia de secuenciación |
| Borrador de xenoma | Illumina PE150 100x |
| 0 Xenoma de brecha | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcional) |
Requisitos da mostra:
| Concentración (ng/µL) | Cantidade total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ilumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bacterias: ≥3,5x1010 células
Fluxo de traballo do servizo
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
Inclúe a seguinte análise:
● Control de calidade dos datos de secuenciación
● Ensamblaxe do xenoma
● Análise de compoñentes xenómicos: Predición de CDS e múltiples elementos xenómicos
● Anotación funcional con varias bases de datos xerais (GO, KEGG, etc.) e bases de datos avanzadas (CARD, CAZy, etc.)
● Visualización do xenoma
Ofrecemos o xenoma nun formato fasta facilmente accesible e o ficheiro de anotación do xenoma (gff).
Anotación xenética – GO
Anotación xenética: carbohidratos CAZY
Visualización do xenoma: diagrama de Circos
Explora os avances facilitados polos servizos de ensamblaxe do xenoma bacteriano de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións.
Dai, W. et al. (2023) «Descubrimento de Bacteroides uniformis F18-22 como unha bacteria probiótica segura e nova para o tratamento da colite ulcerosa no colon humano san»,Revista Internacional de Ciencias Moleculares, 24(19), páx. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) «Illados de Proteus mirabilis multirresistentes que portan blaOXA-1 e blaNDM-1 procedentes da fauna salvaxe na China: aumento do risco para a saúde pública»,Zooloxía Integrativa, 16 (6), páxinas 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) «A secuencia xenómica completa do endófito Bacillus flexus KLBMP 4941 revela o seu mecanismo de promoción do crecemento das plantas e a base xenética da tolerancia ao sal».Revista de Biotecnoloxía, 260, páxinas 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) «Os plásmidos de Klebsiella con resistencia a múltiples réplicons median unha ampla diseminación de xenes antimicrobianos»,Fronteiras na microbioloxía, 12, páx. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
