Xenética evolutiva
Vantaxes do servizo
Takagi e outrosO diario das plantas, 2013
●Análise bioinformática exhaustiva:permitindo a estimación da diversidade xenética, que reflicte o potencial evolutivo das especies, e revelando unha relación filoxenética fiable entre especies cunha influencia minimizada da evolución converxente e da evolución paralela
●Análise personalizada opcional: como a estimación do tempo e a velocidade de diverxencia baseándose en variacións a nivel de nucleótidos e aminoácidos.
●Ampla experiencia e rexistros de publicaciónsBMKGene acumulou unha enorme experiencia en proxectos de xenética de poboacións e evolutiva durante máis de 15 anos, que abarcan miles de especies, etc., e contribuíu a máis de 1000 proxectos de alto nivel publicados en Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipo bioinformático altamente cualificado e ciclo de análise curtoCon ampla experiencia en análises xenómicas avanzadas, o equipo de BMKGene ofrece análises exhaustivas cun prazo de resposta rápido.
● Asistencia posvenda:O noso compromiso vai máis alá da finalización do proxecto cun período de servizo posvenda de 3 meses. Durante este tempo, ofrecemos seguimento do proxecto, asistencia para a resolución de problemas e sesións de preguntas e respostas para abordar calquera dúbida relacionada cos resultados.
Especificacións e requisitos do servizo
| Tipo de secuenciación | Escala de poboación recomendada | Estratexia de secuenciación | Requisitos de nucleótidos |
| Secuenciación do xenoma completo | ≥ 30 individuos, con ≥ 10 individuos de cada subgrupo
| 10x | Concentración: ≥ 1 ng/µL Cantidade total ≥ 30 ng Degradación ou contaminación limitada ou nula |
| Fragmento amplificado de locus específico (SLAF) | Profundidade da etiqueta: 10x Número de etiquetas: <400 Mb: recoméndase WGS <1 Gb: 100 000 etiquetas 1 Gb >2 Gb: 300.000 etiquetas Máximo 500.000 etiquetas | Concentración ≥ 5 ng/µL Cantidade total ≥ 80 ng Xel de agarosa: sen ou limitada degradación ou contaminación
|
Fluxo de traballo do servizo
deseño de experimentos
Entrega de mostras
Construción de bibliotecas
Secuenciación
Análise de datos
servizos posvenda
O servizo inclúe a análise da estrutura da poboación (árbore filoxenética, PCA, gráfico de estratificación da poboación), a diversidade da poboación e a selección da poboación (desequilibrio de ligamento, selección selectiva por barrido de sitios vantaxosos). O servizo tamén pode incluír análises personalizadas (por exemplo, tempo de diverxencia, fluxo xénico).
*Os resultados da demostración que se mostran aquí proceden todos de xenomas publicados con BMKGENE
1. A análise evolutiva inclúe a construción dunha árbore filoxenética, unha estrutura da poboación e unha ACP baseadas en variacións xenéticas.
A árbore filoxenética representa as relacións taxonómicas e evolutivas entre as especies cun antepasado común.
A PCA ten como obxectivo visualizar a proximidade entre subpoboacións.
A estrutura da poboación mostra a presenza de subpoboacións xeneticamente distintas en termos de frecuencias alélicas.
Chen e outrosPNAS, 2020
2. Varrido selectivo
O varrido selectivo refírese a un proceso polo cal se selecciona un sitio vantaxoso e se aumentan as frecuencias dos sitios neutros ligados e se diminúen as dos sitios non ligados, o que resulta nunha redución rexional.
A detección a nivel de xenoma en rexións de varrido selectivo procésase calculando o índice xenético da poboación (π, Fst, D de Tajima) de todos os SNP dentro dunha xanela deslizante (100 Kb) nun certo paso (10 Kb).
Diversidade de nucleótidos (π)
D de Tajima
Índice de fixación (Fst)
Wu e outrosPlanta molecular, 2018
3. Fluxo xénico
Wu e outrosPlanta molecular, 2018
4. Historia demográfica
Zhang e outrosEcoloxía e evolución da natureza, 2021
5. Tempo de diverxencia
Zhang e outrosEcoloxía e evolución da natureza, 2021
Explora os avances facilitados polos servizos de xenética evolutiva de BMKGene a través dunha colección seleccionada de publicacións:
Hassanyar, AK et al. (2023) «Descubrimento de marcadores moleculares de SNP e xenes candidatos asociados coa resistencia ao virus da cría sacriforme en larvas de Apis cerana cerana mediante resecuenciación de xenoma completo»,Revista internacional de ciencias moleculares, 24 (7). doi: 10.3390/IJMS24076238.
Chai, J. et al. (2022) «O descubrimento dunha píntega xigante chinesa salvaxe e xeneticamente pura crea novas oportunidades de conservación».Investigación zoolóxica, 2022, Vol. 43, Número 3, Páxinas: 469-480, 43(3), pp. 469–480. doi: 10.24272/J.ISSN.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) «Patrón filoxeográfico e historia da evolución da poboación da *Elymus sibiricus* L. indíxena na meseta tibetana de Qinghai»,Fronteiras na ciencia vexetal, 13, páx. 882601. doi: 10.3389/FPLS.2022.882601/BIBTEX.
Wang, J. et al. (2022) «Información xenómica sobre a evolución do longan a partir dunha ensamblaxe xenómica a nivel cromosómico e xenómica de poboacións de accesións de longan»,Investigación en Horticultura, 9. doi: 10.1093/HR/UHAC021.
