-
Αλληλουχία ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP-seq)
Το ChIP-Seq παρέχει προφίλ ολόκληρου του γονιδιώματος στόχων DNA για τροποποίηση ιστόνης, μεταγραφικούς παράγοντες και άλλες πρωτεΐνες που σχετίζονται με το DNA.Συνδυάζει την επιλεκτικότητα της ανοσοκατακρήμνισης χρωματίνης (ChIP) για την ανάκτηση συγκεκριμένων συμπλεγμάτων πρωτεΐνης-DNA, με τη δύναμη της αλληλουχίας επόμενης γενιάς (NGS) για αλληλούχιση υψηλής απόδοσης του ανακτημένου DNA.Επιπλέον, επειδή τα σύμπλοκα πρωτεΐνης-DNA ανακτώνται από ζωντανά κύτταρα, οι θέσεις δέσμευσης μπορούν να συγκριθούν σε διαφορετικούς κυτταρικούς τύπους και ιστούς ή υπό διαφορετικές συνθήκες.Οι εφαρμογές κυμαίνονται από τη μεταγραφική ρύθμιση έως τα αναπτυξιακά μονοπάτια στους μηχανισμούς ασθενειών και όχι μόνο.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
-
Αλληλουχία διθειώδους ολικού γονιδιώματος
Η μεθυλίωση του DNA στην πέμπτη θέση στην κυτοσίνη (5-mC) έχει θεμελιώδη επίδραση στη γονιδιακή έκφραση και την κυτταρική δραστηριότητα.Τα μη φυσιολογικά πρότυπα μεθυλίωσης έχουν συσχετιστεί με διάφορες καταστάσεις και ασθένειες, όπως ο καρκίνος.Το WGBS έχει γίνει το χρυσό πρότυπο για τη μελέτη της μεθυλίωσης σε όλο το γονιδίωμα σε ανάλυση μίας βάσης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq6000
-
Δοκιμασία για προσβάσιμη σε τρανσποζάση χρωματίνη με αλληλουχία υψηλής απόδοσης (ATAC-seq)
Το ATAC-seq είναι μια μέθοδος προσδιορισμού αλληλουχίας υψηλής απόδοσης για την ανάλυση της προσβασιμότητας της χρωματίνης σε όλο το γονιδίωμα, η οποία είναι σημαντική για τον παγκόσμιο επιγενετικό έλεγχο της γονιδιακής έκφρασης.Οι προσαρμογείς προσδιορισμού αλληλουχίας εισάγονται σε ανοιχτές περιοχές χρωματίνης από υπερδραστήρια τρανσποτάση Tn5.Μετά την ενίσχυση PCR, κατασκευάζεται μια βιβλιοθήκη αλληλουχίας.Όλες οι ανοιχτές περιοχές χρωματίνης μπορούν να ληφθούν κάτω από μια συγκεκριμένη χωροχρονική συνθήκη, που δεν περιορίζεται μόνο στις θέσεις δέσμευσης ενός παράγοντα μεταγραφής ή μιας συγκεκριμένης περιοχής τροποποιημένης ιστόνης.
-
Αλληλουχία διθειώδους μειωμένης αναπαράστασης (RRBS)
Η έρευνα για τη μεθυλίωση του DNA ήταν πάντα ένα καυτό θέμα στην έρευνα ασθενειών και σχετίζεται στενά με την έκφραση γονιδίων και τα φαινοτυπικά χαρακτηριστικά.Το RRBS είναι μια ακριβής, αποτελεσματική και οικονομική μέθοδος για την έρευνα μεθυλίωσης DNA.Ο εμπλουτισμός των περιοχών του υποκινητή και της νησίδας CpG με ενζυματική διάσπαση (Msp I), σε συνδυασμό με την αλληλουχία Bisulfite, παρέχει ανίχνευση μεθυλίωσης DNA υψηλής ανάλυσης.
Πλατφόρμα: Illumina NovaSeq 6000
