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क्रोमैटिन इम्यूनोप्रूवमेंट सीक्वेंसिंग (चिप-सीक्यू)
चिप-सेक हिस्टोन संशोधन, प्रतिलेखन कारकों और अन्य डीएनए से जुड़े प्रोटीन के लिए डीएनए लक्ष्यों की जीनोम-वाइड प्रोफाइलिंग प्रदान करता है।यह बरामद डीएनए के उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण के लिए अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (एनजीएस) की शक्ति के साथ विशिष्ट प्रोटीन-डीएनए परिसरों को पुनर्प्राप्त करने के लिए क्रोमैटिन इम्यूनो-वर्षा (चिप) की चयनात्मकता को जोड़ती है।इसके अतिरिक्त, क्योंकि जीवित कोशिकाओं से प्रोटीन-डीएनए परिसरों को पुनर्प्राप्त किया जाता है, बाध्यकारी साइटों की तुलना विभिन्न प्रकार की कोशिकाओं और ऊतकों में या विभिन्न परिस्थितियों में की जा सकती है।एप्लिकेशन ट्रांसक्रिप्शनल रेगुलेशन से लेकर डेवलपमेंटल पाथवे से लेकर डिजीज मैकेनिज्म और उससे आगे तक होते हैं।
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संपूर्ण जीनोम बिसुल-ते अनुक्रमण
साइटोसिन (5-एमसी) में पांचवें स्थान पर डीएनए मेथिलिकरण का जीन अभिव्यक्ति और सेलुलर गतिविधि पर मौलिक प्रभाव पड़ता है।असामान्य मिथाइलेशन पैटर्न कई स्थितियों और बीमारियों से जुड़ा हुआ है, जैसे कि कैंसर।WGBS सिंगल बेस रेजोल्यूशन पर जीनोम-वाइड मिथाइलेशन के अध्ययन के लिए स्वर्ण मानक बन गया है।
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उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण (ATAC-seq) के साथ Transposase-सुलभ क्रोमैटिन के लिए परख
ATAC-seq जीनोम-वाइड क्रोमैटिन एक्सेसिबिलिटी के विश्लेषण के लिए एक उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण विधि है, जो जीन अभिव्यक्ति के वैश्विक एपिजेनेटिक नियंत्रण के लिए महत्वपूर्ण है।हाइपरएक्टिव Tn5 ट्रांसपोज़ेज़ द्वारा सीक्वेंसिंग एडेप्टर खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों में डाले जाते हैं।पीसीआर प्रवर्धन के बाद, एक अनुक्रमण पुस्तकालय का निर्माण किया जाता है।सभी खुले क्रोमैटिन क्षेत्रों को एक विशिष्ट स्थान-समय की स्थिति के तहत प्राप्त किया जा सकता है, न केवल एक प्रतिलेखन कारक, या एक निश्चित हिस्टोन संशोधित क्षेत्र की बाध्यकारी साइटों तक सीमित है।
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रिड्यूस्ड रिप्रेजेंटेशन बिसल्फाइट सीक्वेंसिंग (RRBS)
डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान हमेशा रोग अनुसंधान में एक गर्म विषय रहा है, और यह जीन अभिव्यक्ति और फीनो-टाइपिक लक्षणों से निकटता से संबंधित है।आरआरबीएस डीएनए मिथाइलेशन अनुसंधान के लिए एक सटीक, कुशल और किफायती तरीका है।एंजाइमी क्लीवेज (एमएसपी I) द्वारा प्रमोटर और सीपीजी द्वीप क्षेत्रों का संवर्धन, बिसल्फाइट अनुक्रमण के साथ संयुक्त, उच्च रिज़ॉल्यूशन डीएनए मिथाइलेशन डिटेक्शन प्रदान करता है।
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