-
Kromatiini-immunosaostussekvensointi (ChIP-seq)
ChIP-Seq tarjoaa genominlaajuisen DNA-kohteiden profiloinnin histonien modifikaatioille, transkriptiotekijöille ja muille DNA:han liittyville proteiineille.Siinä yhdistyvät kromatiini-immunosaostuksen (ChIP) selektiivisyys spesifisten proteiini-DNA-kompleksien talteenottamiseksi sekä seuraavan sukupolven sekvensoinnin (NGS) teho talteen otetun DNA:n korkean suorituskyvyn sekvensointiin.Lisäksi, koska proteiini-DNA-kompleksit otetaan talteen elävistä soluista, sitoutumiskohtia voidaan verrata eri solutyypeissä ja kudoksissa tai erilaisissa olosuhteissa.Sovellukset vaihtelevat transkription säätelystä kehityspolkuihin sairausmekanismeihin ja sen ulkopuolelle.
Alusta: Illumina NovaSeq 6000
-
Koko genomin bisulfiittisekvensointi
DNA:n metylaatiolla viidennessä paikassa sytosiinissa (5-mC) on perustavanlaatuinen vaikutus geenien ilmentymiseen ja solujen aktiivisuuteen.Epänormaalit metylaatiomallit on liitetty useisiin tiloihin ja sairauksiin, kuten syöpään.WGBS:stä on tullut kultastandardi genominlaajuisen metylaation tutkimisessa yhden emäksen resoluutiolla.
Alusta: Illumina NovaSeq6000
-
Transposaasin käytettävissä olevan kromatiinin määritys korkean suorituskyvyn sekvensoinnilla (ATAC-seq)
ATAC-seq on korkean suorituskyvyn sekvensointimenetelmä genominlaajuisen kromatiinin saavutettavuuden analysointiin, mikä on tärkeää geeniekspression globaalille epigeneettiselle säätelylle.Sekvensointiadapterit työnnetään avoimille kromatiinialueille hyperaktiivisella Tn5-transposaasilla.PCR-monistuksen jälkeen rakennetaan sekvensointikirjasto.Kaikki avoimet kromatiinialueet voidaan saada tietyissä aika-avaruusolosuhteissa, ei ainoastaan rajoittuen transkriptiotekijän sitoutumiskohtiin tai tiettyyn histonimuunneltuun alueeseen.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA-metylaatiotutkimus on aina ollut kuuma aihe sairauksien tutkimuksessa, ja se liittyy läheisesti geenien ilmentymiseen ja fenotyyppisiin piirteisiin.RRBS on tarkka, tehokas ja taloudellinen menetelmä DNA-metylaatiotutkimukseen.Promoottori- ja CpG-saarialueiden rikastaminen entsymaattisella katkaisulla (Msp I) yhdistettynä bisulfiittisekvensointiin tarjoaa korkearesoluutioisen DNA-metylaation havaitsemisen.
Alusta: Illumina NovaSeq 6000
