-
Kromatiini immunosadestamise sekveneerimine (ChIP-seq)
ChIP-Seq pakub kogu genoomi hõlmavat DNA sihtmärkide profiili histooni modifitseerimiseks, transkriptsioonifaktoriteks ja muudeks DNA-ga seotud valkudeks.See ühendab kromatiini immunosadestamise (ChIP) selektiivsuse spetsiifiliste valgu-DNA komplekside taastamiseks ja järgmise põlvkonna sekveneerimise (NGS) võimsuse taastatud DNA suure läbilaskevõimega sekveneerimiseks.Lisaks, kuna valgu-DNA kompleksid saadakse elusrakkudest, saab sidumissaite võrrelda erinevates rakutüüpides ja kudedes või erinevates tingimustes.Rakendused ulatuvad transkriptsiooni reguleerimisest arenguteedeni kuni haigusmehhanismideni ja kaugemalegi.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
-
Kogu genoomi bisulfiidi sekveneerimine
DNA metüülimine tsütosiini viiendal positsioonil (5-mC) mõjutab oluliselt geeniekspressiooni ja raku aktiivsust.Ebanormaalseid metülatsioonimustreid on seostatud mitme seisundi ja haigusega, nagu vähk.WGBS-ist on saanud kullastandard genoomi hõlmava metüülimise uurimisel ühe aluse eraldusvõimega.
Platvorm: Illumina NovaSeq6000
-
Transposaasile juurdepääsetava kromatiini analüüs suure läbilaskevõimega sekveneerimisega (ATAC-seq)
ATAC-seq on suure läbilaskevõimega sekveneerimismeetod kogu genoomi hõlmava kromatiini ligipääsetavuse analüüsimiseks, mis on oluline geeniekspressiooni globaalseks epigeneetiliseks kontrolliks.Sekveneerimisadapterid sisestatakse avatud kromatiini piirkondadesse hüperaktiivse Tn5 transposaasi abil.Pärast PCR amplifikatsiooni konstrueeritakse sekveneerimisraamatukogu.Kõik avatud kromatiini piirkonnad võib saada teatud aegruumi tingimustes, mitte ainult transkriptsioonifaktori või teatud histooni modifitseeritud piirkonna seondumiskohtadega.
-
Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS)
DNA metüülimise uurimine on alati olnud haiguste uurimise kuum teema ning see on tihedalt seotud geeniekspressiooni ja fenotüüpiliste tunnustega.RRBS on täpne, tõhus ja ökonoomne meetod DNA metüülimise uurimiseks.Promootori ja CpG saarepiirkondade rikastamine ensümaatilise lõhustamise (Msp I) abil koos bisulfiidi sekveneerimisega tagab kõrge eraldusvõimega DNA metüülimise tuvastamise.
Platvorm: Illumina NovaSeq 6000
