-
Chromatinové imunoprecipitační sekvenování (ChIP-seq)
ChIP-Seq poskytuje celogenomové profilování DNA cílů pro modifikaci histonů, transkripční faktory a další proteiny asociované s DNA.Kombinuje selektivitu chromatinové imunoprecipitace (ChIP) k obnově specifických komplexů protein-DNA se silou sekvenování nové generace (NGS) pro vysoce výkonné sekvenování získané DNA.Navíc, protože se komplexy protein-DNA získávají z živých buněk, vazebná místa lze porovnávat v různých typech buněk a tkáních nebo za různých podmínek.Aplikace sahají od regulace transkripce přes vývojové dráhy k mechanismům onemocnění a dále.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Bisulfitové sekvenování celého genomu
Methylace DNA na páté pozici v cytosinu (5-mC) má zásadní vliv na expresi genů a buněčnou aktivitu.Abnormální methylační vzorce byly spojeny s několika stavy a nemocemi, jako je rakovina.WGBS se stal zlatým standardem pro studium methylace v celém genomu při rozlišení jedné báze.
Platforma: Illumina NovaSeq6000
-
Test na chromatin přístupný transposáze s vysoce výkonným sekvenováním (ATAC-seq)
ATAC-seq je vysoce výkonná sekvenační metoda pro analýzu dostupnosti chromatinu v celém genomu, která je důležitá pro globální epigenetickou kontrolu genové exprese.Sekvenační adaptéry jsou vloženy do otevřených oblastí chromatinu hyperaktivní Tn5 transpozázou.Po PCR amplifikaci je konstruována sekvenační knihovna.Všechny otevřené chromatinové oblasti lze získat za specifických časoprostorových podmínek, nejen omezených na vazebná místa transkripčního faktoru nebo určitou histonem modifikovanou oblast.
-
Snížené zastoupení bisulfitového sekvenování (RRBS)
Výzkum metylace DNA byl vždy horkým tématem ve výzkumu nemocí a úzce souvisí s genovou expresí a fenotypickými rysy.RRBS je přesná, účinná a ekonomická metoda pro výzkum metylace DNA.Obohacení oblastí promotoru a CpG ostrovů enzymatickým štěpením (Msp I), v kombinaci s bisulfitovým sekvenováním, poskytuje detekci metylace DNA s vysokým rozlišením.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
