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Sequenziamento dell'immunoprecipitazione della cromatina (Chip-seq)
ChIP-Seq fornisce la profilazione dell'intero genoma dei bersagli del DNA per la modifica dell'istone, i fattori di trascrizione e altre proteine associate al DNA.Combina la selettività dell'immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) per recuperare specifici complessi proteina-DNA, con la potenza del sequenziamento di nuova generazione (NGS) per il sequenziamento ad alto rendimento del DNA recuperato.Inoltre, poiché i complessi proteina-DNA vengono recuperati dalle cellule viventi, i siti di legame possono essere confrontati in diversi tipi cellulari e tessuti o in condizioni diverse.Le applicazioni spaziano dalla regolazione trascrizionale ai percorsi di sviluppo fino ai meccanismi patologici e oltre.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
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Sequenziamento del bisolfito dell'intero genoma
La metilazione del DNA nella quinta posizione della citosina (5-mC) ha un'influenza fondamentale sull'espressione genica e sull'attività cellulare.Modelli di metilazione anormali sono stati associati a diverse condizioni e malattie, come il cancro.Il WGBS è diventato il gold standard per lo studio della metilazione dell'intero genoma con risoluzione a base singola.
Piattaforma: Illumina NovaSeq6000
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Test per la cromatina accessibile alla trasposasi con sequenziamento ad alto rendimento (ATAC-seq)
ATAC-seq è un metodo di sequenziamento ad alto rendimento per l'analisi dell'accessibilità della cromatina dell'intero genoma, che è importante per il controllo epigenetico globale dell'espressione genica.Gli adattatori di sequenziamento vengono inseriti in regioni di cromatina aperte dalla trasposasi Tn5 iperattiva.Dopo l'amplificazione PCR, viene costruita una libreria di sequenziamento.Tutte le regioni di cromatina aperte possono essere ottenute in una specifica condizione spazio-temporale, non solo limitata ai siti di legame di un fattore di trascrizione, o ad una certa regione modificata dall'istone.
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Sequenziamento del bisolfito a rappresentazione ridotta (RRBS)
La ricerca sulla metilazione del DNA è sempre stata un argomento caldo nella ricerca sulle malattie ed è strettamente correlata all'espressione genica e ai tratti fenotipici.RRBS è un metodo accurato, efficiente ed economico per la ricerca sulla metilazione del DNA.L'arricchimento del promotore e delle regioni insulari CpG mediante scissione enzimatica (Msp I), combinato con il sequenziamento del bisolfito, fornisce un rilevamento della metilazione del DNA ad alta risoluzione.
Piattaforma: Illumina NovaSeq 6000
