-
การจัดลำดับการกระตุ้นภูมิคุ้มกันของโครมาติน (ChIP-seq)
ChIP-Seq ให้การทำโปรไฟล์เป้าหมายของ DNA ทั่วทั้งจีโนมสำหรับการดัดแปลงฮิสโตน ปัจจัยการถอดรหัส และโปรตีนอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับ DNAมันรวมการคัดเลือกของ chromatin immuno-precipitation (ChIP) เพื่อกู้คืนสารเชิงซ้อนโปรตีน-DNA จำเพาะ ด้วยพลังของการจัดลำดับยุคหน้า (NGS) สำหรับการจัดลำดับ DNA ที่กู้คืนในปริมาณงานสูงนอกจากนี้ เนื่องจากสารเชิงซ้อนของโปรตีน-DNA ได้รับการกู้คืนจากเซลล์ที่มีชีวิต ตำแหน่งการจับจึงสามารถเปรียบเทียบได้ในเซลล์และเนื้อเยื่อประเภทต่างๆ หรือภายใต้สภาวะที่ต่างกันการใช้งานมีตั้งแต่การควบคุมการถอดรหัสไปจนถึงเส้นทางการพัฒนาไปจนถึงกลไกของโรคและอื่นๆ
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq 6000
-
การจัดลำดับไบซัลไฟต์ของจีโนมทั้งหมด
DNA methylation ที่ตำแหน่งที่ห้าใน cytosine (5-mC) มีอิทธิพลพื้นฐานต่อการแสดงออกของยีนและการทำงานของเซลล์รูปแบบเมทิลเลชันที่ผิดปกติมีความเกี่ยวข้องกับสภาวะและโรคต่างๆ เช่น มะเร็งWGBS ได้กลายเป็นมาตรฐานทองคำสำหรับการศึกษาเมทิลเลชันทั่วทั้งจีโนมที่ความละเอียดเบสเดียว
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq6000
-
การทดสอบสำหรับโครมาตินที่เข้าถึงได้ด้วยทรานส์โพเสสที่มีลำดับปริมาณงานสูง (ATAC-seq)
ATAC-seq เป็นวิธีการจัดลำดับปริมาณงานสูงสำหรับการวิเคราะห์การเข้าถึงโครมาตินทั่วทั้งจีโนม ซึ่งเป็นสิ่งสำคัญสำหรับการควบคุมการแสดงออกของยีนในอีพีเจเนติกทั่วโลกอะแด็ปเตอร์สำหรับการจัดลำดับถูกเสียบเข้าไปในบริเวณโครมาตินแบบเปิดโดยทรานส์โพเซส Tn5 ซึ่งทำงานมากกว่าปกติหลังจากการขยาย PCR ไลบรารีลำดับจะถูกสร้างขึ้นบริเวณโครมาตินเปิดทั้งหมดสามารถรับได้ภายใต้สภาวะกาล-อวกาศที่เจาะจง ไม่เพียงแต่จำกัดเฉพาะบริเวณที่มีผลผูกพันของปัจจัยการถอดรหัส หรือบริเวณที่ดัดแปลงฮิสโตนบางพื้นที่เท่านั้น
-
การลดการแสดงลำดับไบซัลไฟต์ (RRBS)
การวิจัยเกี่ยวกับเมทิลเลชันของ DNA เป็นประเด็นร้อนในการวิจัยโรคมาโดยตลอด และมีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับการแสดงออกของยีนและลักษณะทางฟีโนไทป์RRBS เป็นวิธีการที่ถูกต้อง มีประสิทธิภาพ และประหยัดสำหรับการวิจัย DNA methylationการเพิ่มคุณค่าของโปรโมเตอร์และบริเวณเกาะ CpG โดยการแยกตัวของเอนไซม์ (Msp I) รวมกับการจัดลำดับไบซัลไฟต์ ให้การตรวจจับ DNA methylation ที่มีความละเอียดสูง
แพลตฟอร์ม: Illumina NovaSeq 6000
