-
Hi-C bāzes hromatīna mijiedarbība
Hi-C ir metode, kas izstrādāta, lai uztvertu genoma konfigurāciju, apvienojot zondēšanas tuvuma mijiedarbības un augstas caurlaidības sekvencēšanu. Metode ir balstīta uz hromatīna šķērssaistīšanu ar formaldehīdu, kam seko gremošana un atkārtota ligācija tādā veidā, ka tikai kovalenti saistītie fragmenti veidos ligācijas produktus. Sekvencējot šos ligācijas produktus, ir iespējams pētīt genoma 3D organizāciju. Hi-C ļauj pētīt to genoma daļu sadalījumu, kas ir viegli iepakotas (A nodalījumi, eihromatīns) un, visticamāk, transkripcijas ziņā aktīvas, un reģionus, kas ir blīvāk iepakoti (B nodalījumi, heterohromatīns). Hi-C var izmantot arī, lai precīzi noteiktu topoloģiski saistītos domēnus (TAD), genoma reģionus, kuriem ir salocītas struktūras un, iespējams, līdzīgi ekspresijas modeļi, kā arī lai identificētu hromatīna cilpas, DNS reģionus, kas ir savienoti kopā ar olbaltumvielām un kas bieži vien ir bagātināti ar regulējošiem elementiem. BMKGene Hi-C sekvencēšanas pakalpojums dod iespēju pētniekiem izpētīt genomikas telpiskās dimensijas, paverot jaunas iespējas genoma regulācijas un tās ietekmes uz veselību un slimībām izpratnei.
-
Hromatīna imunoprecipitācijas sekvencēšana (ChIP-seq)
Hromatīna imunoprecipitācija (CHIP) ir metode, kas izmanto antivielas, lai selektīvi bagātinātu DNS saistošos proteīnus un to atbilstošos genoma mērķus. Tās integrācija ar NGS ļauj veikt DNS mērķu profilēšanu visā genomā, kas saistīti ar histonu modifikāciju, transkripcijas faktoriem un citiem DNS saistošiem proteīniem. Šī dinamiskā pieeja ļauj salīdzināt saistīšanās vietas dažādos šūnu tipos, audos vai stāvokļos. ChIP-Seq pielietojums aptver gan transkripcijas regulācijas un attīstības ceļu izpēti, gan slimību mehānismu noskaidrošanu, padarot to par neaizstājamu instrumentu genoma regulācijas ainavu izpratnei un terapeitisko ieskatu uzlabošanai.
Platforma: Illumina NovaSeq
-
Pilna genoma bisulfīta sekvencēšana (WGBS)
Šī metode, kuras pamatā ir DNS bisulfīta apstrāde, lai inducētu nemetilētu citozīnu pārvēršanu uracilā (C uz U), vienlaikus atstājot metilētos citozīnus nemainīgus, ir zelta standarta metodoloģija padziļinātai DNS metilēšanas izpētei, īpaši piektajai pozīcijai citozīnā (5-mC), kas ir galvenais gēnu ekspresijas un šūnu aktivitātes regulators.
Šī metode piedāvā vienas bāzes izšķirtspēju, ļaujot pētniekiem vispusīgi izpētīt metilomu un atklāt patoloģiskus metilēšanas modeļus paraugos. Izmantojot WGBS, zinātnieki var iegūt nepārspējamu ieskatu genoma mēroga metilēšanas ainavās, sniedzot niansētu izpratni par epigenetiskajiem mehānismiem, kas ir dažādu bioloģisko procesu un slimību pamatā.
-
Transpozāzes pieejamā hromatīna tests ar augstas caurlaidības sekvencēšanu (ATAC-seq)
ATAC-seq ir augstas caurlaidības sekvencēšanas metode, ko izmanto hromatīna pieejamības analīzei visā genomā. Tās izmantošana sniedz dziļāku izpratni par globālās epigenetiskās kontroles sarežģītajiem mehānismiem pār gēnu ekspresiju. Metode izmanto hiperaktīvu Tn5 transpozāzi, lai vienlaikus fragmentētu un iezīmētu atvērtos hromatīna reģionus, ievietojot sekvencēšanas adapterus. Turpmākā PCR amplifikācija rada sekvencēšanas bibliotēkas izveidi, kas ļauj visaptveroši identificēt atvērtos hromatīna reģionus noteiktos telpas-laika apstākļos. ATAC-seq sniedz holistisku skatījumu uz pieejamām hromatīna ainavām, atšķirībā no metodēm, kas koncentrējas tikai uz transkripcijas faktoru saistīšanās vietām vai specifiskiem histonu modificētiem reģioniem. Sekvencējot šos atvērtos hromatīna reģionus, ATAC-seq atklāj reģionus, kuros ir lielāka iespējamība uz aktīvām regulējošām sekvencēm un potenciālām transkripcijas faktoru saistīšanās vietām, sniedzot vērtīgu ieskatu gēnu ekspresijas dinamiskajā modulācijā visā genomā.
-
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS) balstās uz CpG salu bagāto reģionu bagātināšanu ar MspI šķelšanu, kam seko 200-500/600 bps fragmentu lieluma atlase. Līdz ar to tiek sekvencēti tikai reģioni, kas atrodas proksimāli CpG salām, bet tie, kuros ir attālas CpG salas, tiek izslēgti no analīzes. Šis process apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu ļauj veikt DNS metilēšanas augstas izšķirtspējas noteikšanu, un sekvencēšanas pieeja PE150 īpaši koncentrējas uz ieliktņu galiem, nevis vidu, palielinot metilēšanas profilēšanas efektivitāti.
Šī metode ir parādījusies kā izmaksu ziņā efektīva un efektīva alternatīva pilna genoma bisulfīta sekvencēšanai (WGBS) DNS metilēšanas pētījumos. Lai gan WGBS sniedz visaptverošu ieskatu, pārbaudot visu genomu ar vienas bāzes izšķirtspēju, tās augstās izmaksas var būt ierobežojošs faktors, un RRBS stratēģiski mazina šo izaicinājumu, selektīvi analizējot reprezentatīvu genoma daļu. Šī metodoloģija ir nenovērtējams instruments, kas ļauj veikt izmaksu ziņā efektīvus DNS metilēšanas pētījumus un paplašina zināšanas par epigenetiskajiem mehānismiem.
