mRNS-seq (NGS) ar atsauces genomu
RNS sekvencēšana ir standarta rīks dzīvības un kultūraugu zinātnēs, kas savieno genomus un proteomas. Tā stiprā puse ir jaunu transkriptu atklāšana un to ekspresijas kvantitatīva noteikšana vienā testā. To plaši izmanto salīdzinošos transkriptomikas pētījumos, izgaismojot gēnus, kas saistīti ar dažādām pazīmēm vai fenotipiem, piemēram, salīdzinot mutantus ar savvaļas tipiem vai atklājot gēnu ekspresiju noteiktos apstākļos. BMKCloud mRNA (Reference) lietotne integrē ekspresijas kvantitatīvo noteikšanu, diferenciālās ekspresijas analīzi (DEG) un secības struktūras analīzi mRNA-seq (NGS) bioinformātikas ķēdē un apvieno līdzīgu programmatūru stiprās puses, nodrošinot ērtības un lietotājdraudzīgumu. Lietotāji var augšupielādēt savus RNS sekvencēšanas datus mākonī, kur lietotne piedāvā visaptverošu, vienas pieturas bioinformātiskās analīzes risinājumu. Turklāt tā piešķir prioritāti klientu pieredzei, piedāvājot personalizētas darbības, kas pielāgotas lietotāju īpašajām vajadzībām. Lietotāji var paši iestatīt parametrus un iesniegt ķēdes misiju, pārbaudīt interaktīvo ziņojumu, skatīt datus/diagrammas un veikt datu ieguvi, piemēram: mērķa gēnu atlasi, funkcionālo klasterizāciju, diagrammu veidošanu utt.
Platforma:Illumina, MGI
Stratēģija:RNS sekvencēšana
Izkārtojums: Pārveidoti, tīri dati.
Bibliotēkas veids:fr-nesazarota, fr-pirmā šķipsna vai fr-otrā šķipsna
Lasīšanas garums:150 bāzes
Faila tips:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz vai *.fq.gz. Sistēma veiksautomātiski savieno pārī .fastq failus atbilstoši to failu nosaukumiem,piem., *_1.fastq savienots pārī ar *._2.fastq.
Paraugu skaits:Nav ierobežojumu skaitamparaugu, bet analīzes laiks palielināsies līdz ar to skaituparaugi aug.
Ieteicamais datu apjoms:6G uz paraugu
