-
Proteomika
Proteomika koncentrējas uz olbaltumvielām — dzīvības aktivitāšu izpildītājiem, kuriem ir izšķiroša loma organisma transkripcijas regulācijā. Tā analizē visu dinamiski mainīgo olbaltumvielu sastāvu, ekspresijas līmeņus un modifikācijas stāvokļus audos vai šūnās, pievēršoties proteomu pārpilnības dinamikas būtiskajai ietekmei uz dažādiem dzīvības procesiem. Plaši pielieto medicīnā, lauksaimniecībā un lopkopībā. Kvalitatīvā proteomika izmanto HPLC-MS/MS olbaltumvielu identifikācijas tehnoloģiju, lai identificētu paraugus, tostarp gēla strēmeles, IP un CO-IP/Pull down paraugus. Kvantitatīvā proteomika nodrošina precīzu visu olbaltumvielu kvantitatīvu noteikšanu un identifikāciju, ko ekspresē genoms vai sarežģītā jauktā sistēmā. Pašreizējās kvantitatīvās proteomikas tehnoloģijas galvenokārt tiek iedalītas iezīmētās (TMT) un iezīmēšanas brīvās (Label Free, DIA, PRM) pieejās. BMKGENE nodrošina daudzplatformu un daudztehnoloģiju proteomikas risinājumus.
-
Metabolomika
Metabolomika, kas ir genomikas pakārtota disciplīna, galvenokārt pēta mazmolekulāras vielas ar molekulmasu, kas mazāka par 1500 Da. Tā ļauj metabolītiem jutīgāk atspoguļot organismu reakcijas uz ārējiem stimuliem un fizioloģiskām/patoloģiskām izmaiņām. Ģenētisko variāciju izraisītās metabolītu līmeņa izmaiņas arī ietilpst tās pētījumu tvērumā, sniedzot jaunu pētniecības perspektīvu.
BMKGENE piedāvā pilnu metabolomikas pakalpojumu klāstu, tostarp nemērķtiecīgu metabolomiku, plaši mērķētu metabolomiku un mērķētu metabolomiku. Izmantojot šķidruma hromatogrāfijas-masas spektrometrijas (LC-MS) vai gāzu hromatogrāfijas-masas spektrometrijas (GC-MS) metodes, var noteikt dinamiskās izmaiņas lielākajā daļā mazo molekulu metabolītu organismos pirms un pēc ārējas stimulācijas. Šo pakalpojumu pamatā ir metabolītu identificēšana ar būtiskām atšķirībām starp eksperimentālo un kontroles grupu un to korelācijas ar fizioloģiskām/patoloģiskām izmaiņām un to pamatā esošajiem mehānismiem tālāka izpēte.
-
Eksosomu mRNS/LncRNS/CircRNS sekvencēšana — Illumina
Eksosomas ir mazas šūnu sekretētas pūslīši, kuru diametrs parasti svārstās no 30 līdz 100 nanometriem. Šie pūslīši satur dažādu RNS. Tiek uzskatīts, ka eksosomām ir izšķiroša nozīme starpšūnu komunikācijā, imūnreakcijās un slimību attīstībā, un tās var izplatīties uz citām ķermeņa daļām ar ķermeņa šķidrumiem, piemēram, plazmu, siekalām un urīnu. Tās pārnēsā specifiskas biomolekulas, kas regulē recipienta šūnu funkcijas, ietekmējot šūnu fizioloģiskos stāvokļus. Tiek uzskatīts, ka eksosomām ir arī galvenā loma slimību attīstībā, tostarp vēža, neirodeģeneratīvo slimību un iekaisuma stāvokļu attīstībā. Pētījumi par eksosomām sniedz jaunas atziņas un metodes slimību diagnostikai, ārstēšanai un profilaksei.
-
Eksosomu mazo RNS sekvencēšana - Illumina
Eksosomas ir mazas pūslīši, ko izdala šūnas, kuru diametrs parasti svārstās no 30 līdz 100 nanometriem. Šīs pūslīši satur dažādu RNS. Starp RNS veidiem eksosomās visizplatītākā un visplašāk pētītā ir mikroRNS (miRNS). miRNS ir nekodējošu mazu RNS klase, kuru garums ir aptuveni 18–25 nukleotīdi. Tās mediē gēnu apklusināšanu pēc transkripcijas, saistoties ar mērķa mRNS 3′ netranslēto reģionu (3′ UTR), tādējādi regulējot gēnu ekspresiju. Piemēram, noteiktu audzēja šūnu izdalītās eksosomas satur specifiskas miRNS, piemēram, miR-126 un miR-92a. Šīs miRNS var ietekmēt gēnu ekspresiju recipienta šūnās un veicināt audzēja angioģenēzi (Tomohiro Umezu et al., Oncogene, 2012).
-
BMKMANU S3000_Telpiskā transkriptoma
Telpiskā transkriptomika ir metode, kas ļauj mums uztvert un vizualizēt gēnu ekspresiju audos. Tas var būt ļoti svarīgi, lai izprastu, kā šūnas mijiedarbojas.
Šai pieejai ir dažādas platformas. Šajā sakarā BMKGene ir izstrādājis BMKManu 3000 Spatial transkriptoma mikroshēmu — platformu, kas uzlabo tehnikas veiktspēju, sasniedzot subcelulāru izšķirtspēju un iespējojot daudzlīmeņu izšķirtspējas iestatījumu.
Šī mikroshēma, izmantojot patentētu tehnoloģiju, kurā mikroiedobes ir slāņotas ar lodītēm, kas ielādētas ar telpiski svītrkodētām zondēm, aptver 4,2 miljonus plankumu. Ar šo metodi pēc uztveršanas un amplifikācijas mēs iegūstam kDNS bibliotēku, kas bagātināta ar svītrkodu paraugiem, un tā ir saderīga ar Illumina.
Telpiskā svītrkoda un UMI kombinācija nodrošina ģenerēto datu precizitāti un specifiskumu. Apvienojot visu iepriekš minēto, BMKManu nodrošina ārkārtīgi daudzpusīgu datu iestatījumu.
-
DNBSEQ iepriekš sagatavotas bibliotēkas
DNBSEQ, ko izstrādājusi MGI, ir inovatīva NGS tehnoloģija, kurai ir izdevies vēl vairāk samazināt sekvencēšanas izmaksas un palielināt caurlaidspēju. DNBSEQ bibliotēku sagatavošana ietver DNS fragmentāciju, ssDNS sagatavošanu un ripojošā apļa amplifikāciju, lai iegūtu DNS nanobumbiņas (DNB). Pēc tam tās tiek ielādētas uz cietas virsmas un pēc tam sekvencētas, izmantojot kombinatorisku zondes-enkura sintēzi (cPAS). DNBSEQ tehnoloģija apvieno zema amplifikācijas kļūdu līmeņa priekšrocības ar augsta blīvuma kļūdu modeļu izmantošanu ar nanobumbiņām, kā rezultātā sekvencēšana notiek ar lielāku caurlaidspēju un precizitāti.
Mūsu iepriekš sagatavoto bibliotēku sekvencēšanas pakalpojums ļauj klientiem sagatavot Illumina sekvencēšanas bibliotēkas no dažādiem avotiem (mRNS, pilna genoma, amplikona, 10x bibliotēkām u.c.), kuras mūsu laboratorijās tiek pārveidotas MGI bibliotēkās, lai tās varētu sekvencēt DNBSEQ-T7, tādējādi nodrošinot lielu datu apjomu par zemākām izmaksām.
-
Hi-C bāzes hromatīna mijiedarbība
Hi-C ir metode, kas izstrādāta, lai uztvertu genoma konfigurāciju, apvienojot zondēšanas tuvuma mijiedarbības un augstas caurlaidības sekvencēšanu. Metode ir balstīta uz hromatīna šķērssaistīšanu ar formaldehīdu, kam seko gremošana un atkārtota ligācija tādā veidā, ka tikai kovalenti saistītie fragmenti veidos ligācijas produktus. Sekvencējot šos ligācijas produktus, ir iespējams pētīt genoma 3D organizāciju. Hi-C ļauj pētīt to genoma daļu sadalījumu, kas ir viegli iepakotas (A nodalījumi, eihromatīns) un, visticamāk, transkripcijas ziņā aktīvas, un reģionus, kas ir blīvāk iepakoti (B nodalījumi, heterohromatīns). Hi-C var izmantot arī, lai precīzi noteiktu topoloģiski saistītos domēnus (TAD), genoma reģionus, kuriem ir salocītas struktūras un, iespējams, līdzīgi ekspresijas modeļi, kā arī lai identificētu hromatīna cilpas, DNS reģionus, kas ir savienoti kopā ar olbaltumvielām un kas bieži vien ir bagātināti ar regulējošiem elementiem. BMKGene Hi-C sekvencēšanas pakalpojums dod iespēju pētniekiem izpētīt genomikas telpiskās dimensijas, paverot jaunas iespējas genoma regulācijas un tās ietekmes uz veselību un slimībām izpratnei.
-
PacBio 2+3 pilna garuma mRNS šķīdums
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem nolasīšanas intervāliem ierobežo tās efektivitāti sarežģītās transkriptomiskajās analīzēs. No otras puses, PacBio sekvencēšana (Iso-Seq) izmanto garo nolasīšanas intervālu tehnoloģiju, kas ļauj sekvencēt pilna garuma mRNS transkriptus. Šī pieeja atvieglo alternatīvu splaisingu, gēnu saplūšanas un poliadenilēšanas visaptverošu izpēti, lai gan tā nav galvenā izvēle gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai. 2+3 kombinācija savieno Illumina un PacBio, paļaujoties uz PacBio HiFi nolasīšanas intervāliem, lai identificētu pilnu transkripta izoformu komplektu, un NGS sekvencēšanu, lai kvantitatīvi noteiktu identiskas izoformas.
Platformas: PacBio Revio un Illumina NovaSeq
-
Genoma mēroga asociācijas analīze
Genoma mēroga asociāciju pētījumu (GWAS) mērķis ir identificēt ģenētiskos variantus (genotipus), kas saistīti ar specifiskām pazīmēm (fenotipiem). Pārbaudot ģenētiskos marķierus visā genomā lielā skaitā indivīdu, GWAS ekstrapolē genotipa-fenotipa asociācijas, izmantojot populācijas līmeņa statistisko analīzi. Šī metodoloģija tiek plaši pielietota cilvēku slimību izpētē un funkcionālo gēnu, kas saistīti ar sarežģītām dzīvnieku vai augu pazīmēm, izpētē.
BMKGENE mēs piedāvājam divus veidus, kā veikt genoma sekvencēšanu lielām populācijām: izmantot pilna genoma sekvencēšanu (WGS) vai izvēlēties samazinātas reprezentācijas genoma sekvencēšanas metodi — pašu izstrādāto specifiskā lokusa amplificēto fragmentu (SLAF). Lai gan WGS ir piemērota mazākiem genomiem, SLAF ir izmaksu ziņā efektīva alternatīva lielāku populāciju ar garākiem genomiem pētīšanai, efektīvi samazinot sekvencēšanas izmaksas un vienlaikus garantējot augstu ģenētisko marķieru atklāšanas efektivitāti.
-
Vienkodolu RNS sekvencēšana
Vienšūnu RNS sekvencēšanas un pielāgotu bibliotēku veidošanas metožu izstrāde apvienojumā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ir revolucionizējusi gēnu ekspresijas pētījumus šūnu līmenī. Šis sasniegums ļauj veikt dziļāku un visaptverošāku sarežģītu šūnu populāciju analīzi, pārvarot ierobežojumus, kas saistīti ar gēnu ekspresijas vidējošanu visās šūnās, un saglabājot patieso heterogenitāti šajās populācijās. Lai gan vienšūnu RNS sekvencēšanai (scRNA-seq) ir nenoliedzamas priekšrocības, tā saskaras ar izaicinājumiem noteiktos audos, kur vienšūnu suspensijas izveide ir sarežģīta un prasa svaigus paraugus. BMKGene mēs pārvaram šo šķērsli, piedāvājot vienkodolu RNS sekvencēšanu (snRNA-seq), izmantojot modernāko 10X Genomics Chromium tehnoloģiju. Šī pieeja paplašina paraugu spektru, kas ir piemēroti transkriptomas analīzei vienšūnu līmenī.
Kodolu izolēšana tiek veikta, izmantojot inovatīvo 10X Genomics Chromium mikroshēmu, kas ietver astoņu kanālu mikrofluidikas sistēmu ar dubultu krustošanu. Šajā sistēmā gēla lodītes, kas ietver svītrkodus, praimerus, enzīmus un vienu kodolu, tiek iekapsulētas nanolitra lieluma eļļas pilienos, veidojot gēla lodītes emulsijā (GEM). Pēc GEM veidošanās katrā GEM notiek šūnu līze un svītrkoda atbrīvošana. Pēc tam mRNS molekulas tiek pakļautas reversai transkripcijai kDNS, iekļaujot 10X svītrkodus un unikālus molekulāros identifikatorus (UMI). Šīs kDNS pēc tam tiek pakļautas standarta sekvencēšanas bibliotēkas konstruēšanai, veicinot stabilu un visaptverošu gēnu ekspresijas profilu izpēti atsevišķu šūnu līmenī.
Platforma: 10× Genomics Chromium un Illumina NovaSeq platforma
-
Augu/dzīvnieku pilna genoma sekvencēšana
Pilna genoma sekvencēšana (WGS) ir metode, ko izmanto, lai vienā laikā noteiktu visu organisma genoma DNS secību.
Parasti pakalpojums tiek iedalīts divās dažādās grupās atkarībā no atsauces genoma esamības:
- No jaunavisa genoma sekvencēšana.Šādā situācijā sekvencējamajam genomam nav pieejams atsauces genoms, un šī iemesla dēļ šīs sekvencēšanas mērķis ir to ģenerēt (vai uzlabot esošu). Šai metodei ir jāizmanto gan Illumina dati, gan garās lasīšanas sekvencēšana, lai uzlabotu genoma salikšanu, radot pārklāšanos starp lasījumiem.
- Atkārtota secības noteikšana.Tas attiecas uz dažādu sugu īpatņu ar zināmiem atsauces genomiem pilnīgu genoma sekvencēšanu. Pamatojoties uz to, var tālāk identificēt īpatņu vai populāciju genomiskās atšķirības.
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana - Nanopore
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem nolasīšanas intervāliem ierobežo tās efektivitāti sarežģītās transkriptomiskajās analīzēs. No otras puses, nanoporu sekvencēšana izmanto garo nolasīšanas intervālu tehnoloģiju, kas ļauj sekvencēt pilna garuma mRNS transkriptus. Šī pieeja atvieglo alternatīvu splaisingu, gēnu saplūšanas, poliadenilēšanas un mRNS izoformu kvantitatīvas noteikšanas visaptverošu izpēti.
Nanoporu sekvencēšana — metode, kas balstās uz nanoporu vienas molekulas reāllaika elektriskajiem signāliem, sniedz rezultātus reāllaikā. Motoro proteīnu vadīta divpavedienu DNS saistās ar bioplēvē iestrādātiem nanoporu proteīniem, atritinoties, ejot cauri nanoporu kanālam sprieguma starpības ietekmē. Atšķirīgie elektriskie signāli, ko ģenerē dažādas DNS virknes bāzes, tiek atklāti un klasificēti reāllaikā, atvieglojot precīzu un nepārtrauktu nukleotīdu sekvencēšanu. Šī inovatīvā pieeja pārvar īsas nolasīšanas ierobežojumus un nodrošina dinamisku platformu sarežģītai genomikas analīzei, tostarp sarežģītiem transkriptomiskiem pētījumiem, ar tūlītējiem rezultātiem.
Platforma: Nanopore PromethION 48
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana -PacBio
Lai gan uz NGS balstīta mRNS sekvencēšana ir daudzpusīgs rīks gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, tās paļaušanās uz īsiem lasījumiem ierobežo tās izmantošanu sarežģītās transkriptomiskajās analīzēs. No otras puses, PacBio sekvencēšana (Iso-Seq) izmanto garo lasījumu tehnoloģiju, kas ļauj sekvencēt pilna garuma mRNS transkriptus. Šī pieeja atvieglo alternatīvu splaisingu, gēnu saplūšanas un poliadenilēšanas visaptverošu izpēti. Tomēr ir arī citas iespējas gēnu ekspresijas kvantitatīvai noteikšanai, ņemot vērā nepieciešamo datu apjomu. PacBio sekvencēšanas tehnoloģija balstās uz vienas molekulas reāllaika (SMRT) sekvencēšanu, kas sniedz ievērojamas priekšrocības pilna garuma mRNS transkriptu uztveršanā. Šī inovatīvā pieeja ietver nulles režīma viļņvadu (ZMW) un mikrofabricētu iedobju izmantošanu, kas ļauj reāllaikā novērot DNS polimerāzes aktivitāti sekvencēšanas laikā. Šajos ZMW PacBio DNS polimerāze sintezē komplementāru DNS virkni, ģenerējot garus lasījumus, kas aptver visus mRNS transkriptus. PacBio darbība cirkulārās konsensa sekvencēšanas (CCS) režīmā uzlabo precizitāti, atkārtoti sekvencējot vienu un to pašu molekulu. Ģenerētajiem HiFi nolasījumiem ir precizitāte, kas ir salīdzināma ar NGS, kas vēl vairāk veicina visaptverošu un uzticamu sarežģītu transkriptomisko pazīmju analīzi.
Platforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
