-
Genoma mēroga asociācijas analīze
Genoma mēroga asociācijas pētījuma (GWAS) mērķis ir identificēt ģenētiskos variantus (genotipu), kas saistīti ar specifiskām iezīmēm (fenotipu).GWAS pētījums pēta ģenētiskos marķierus, kas šķērso visu genomu lielam skaitam indivīdu, un prognozē genotipa-fenotipa asociācijas, izmantojot statistisku analīzi populācijas līmenī.Tas ir plaši pielietots pētījumos par cilvēku slimībām un funkcionālo gēnu ieguvi sarežģītās dzīvnieku vai augu pazīmēs.
-
Viena kodola RNS sekvencēšana
Atsevišķas šūnas uztveršanas un individuālās bibliotēkas veidošanas tehnikas attīstība apvienojumā ar augstas caurlaidības sekvencēšanu ļauj veikt gēnu ekspresijas pētījumus katrā šūnā.Tas nodrošina dziļāku un pilnīgāku kompleksu šūnu populāciju sistēmas analīzi, kurā lielā mērā tiek novērsta to neviendabīguma maskēšana, ņemot visu šūnu vidējo rādītāju.
Tomēr dažas šūnas nav piemērotas, lai tās veidotu vienas šūnas suspensijā, tāpēc ir nepieciešamas citas parauga sagatavošanas metodes – kodola ekstrakcija no audiem, tas ir, kodolu tieši ekstrahē no audiem vai šūnas un sagatavo viena kodola suspensijā viena kodola suspensijai. šūnu sekvencēšana.
BMK nodrošina 10× Genomics ChromiumTM balstītu vienas šūnas RNS sekvencēšanas pakalpojumu.Šis pakalpojums ir plaši izmantots pētījumos, kas saistīti ar slimībām, piemēram, imūno šūnu diferenciāciju, audzēja neviendabīgumu, audu attīstību utt.
Telpiskā transkripta mikroshēma: 10 × Genomika
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Augu/dzīvnieku visa genoma sekvencēšana
Visa genoma atkārtota sekvencēšana, kas pazīstama arī kā WGS, ļauj atklāt gan izplatītas, gan retas mutācijas visā genomā, tostarp viena nukleotīda polimorfismu (SNP), ievietošanas dzēšanu (InDel), struktūras variāciju (SV) un kopiju skaita izmaiņas (CNV). ).SV veido lielāku variācijas bāzes daļu nekā SNP, un tiem ir lielāka ietekme uz genomu, kas būtiski ietekmē dzīvos organismus.Ilgi nolasīta atkārtota secība ļauj precīzāk identificēt lielus fragmentus un sarežģītas variācijas, jo garie nolasījumi ievērojami atvieglo hromosomu šķērsošanu sarežģītos reģionos, piemēram, tandēma atkārtojumos, GC/AT bagātajos reģionos un hipermainīgos reģionos.
Platforma: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 telpiskais transkripts
Šūnu telpiskajai organizācijai ir būtiska nozīme dažādos bioloģiskos procesos, piemēram, imūnsistēmas infiltrācijā, embriju attīstībā utt. Telpiskā transkripta sekvencēšana, kas norāda uz gēnu ekspresijas profilēšanu, vienlaikus saglabājot informāciju par telpisko stāvokli, ir sniegusi lielisku ieskatu transkripta līmeņa audu arhitektūrā.Attīstoties tehnoloģijai, ar lielāku izšķirtspēju ir jāpēta īpaši skaidra audu morfoloģija un telpiskās molekulārās ekspresijas reālās strukturālās atšķirības.BMKGENE nodrošina visaptverošu, vienas pieturas telpisko transkriptu sekvencēšanas pakalpojumu no paraugiem līdz bioloģiskiem ieskatiem.
Telpiskās transkriptomikas tehnoloģijas nodrošināja jaunas perspektīvas dažādās pētniecības jomās, atrisinot gēnu ekspresijas profilu ar telpisko saturu heterogēnos paraugos.
Telpiskā transkripta mikroshēma: BMKMANU S1000
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
10x Genomics Visium telpiskais transkripts
Visium Spatial Gene Expression ir galvenā telpiskā transkripta sekvencēšanas tehnoloģija audu klasificēšanai, pamatojoties uz kopējo mRNS.Kartējiet visu transkriptu ar morfoloģisko kontekstu, lai atklātu jaunus ieskatus normālā attīstībā, slimību patoloģijā un klīniskajā translācijas izpētē.BMKGENE nodrošina visaptverošu, vienas pieturas telpisko transkriptu sekvencēšanas pakalpojumu no paraugiem līdz bioloģiskiem ieskatiem.
Telpiskās transkriptomikas tehnoloģijas sniedza jaunas perspektīvas dažādās pētniecības jomās, atrisinot gēnu ekspresijas profilu ar telpisko saturu heterogēnos paraugos.
Telpiskā transkripta mikroshēma: 10x Genomics Visium
Platforma:Illumina NovaSeq 6000
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana-nanopore
RNS sekvencēšana ir bijusi nenovērtējams instruments visaptverošai transkriptu analīzei.Neapšaubāmi, tradicionālā īsā lasīšanas secība šeit ir panākusi daudzus svarīgus uzlabojumus.Tomēr tas bieži saskaras ar ierobežojumiem pilna garuma izoformu identificēšanā, kvantitatīvā noteikšanā, PCR novirzē.
Nanoporu sekvencēšana atšķiras no citām sekvencēšanas platformām ar to, ka nukleotīdus nolasa tieši bez DNS sintēzes un rada ilgu nolasījumu desmitiem kilobāzu.Tas dod iespēju tieši nolasīt pilna garuma transkriptus un risināt problēmas izoformu līmeņa pētījumos.
Platforma：Nanopore PromethION
Bibliotēka:cDNS-PCR
-
Pilna garuma mRNS sekvencēšana - PacBio
De novopilna garuma transkripta sekvencēšana, kas pazīstama arī kāDe novoIso-Seq izmanto PacBio sekvencēra priekšrocības lasīšanas garumā, kas nodrošina pilna garuma cDNS molekulu sekvencēšanu bez pārtraukumiem.Tas pilnībā izvairās no kļūdām, kas rodas transkripcijas montāžas posmos, un konstruē unigēnas kopas ar izoformas līmeņa izšķirtspēju.Šīs unigēnās kopas nodrošina spēcīgu ģenētisko informāciju kā “atsauces genomu” transkripta līmenī.Turklāt šis pakalpojums apvienojumā ar nākamās paaudzes sekvencēšanas datiem nodrošina precīzu izoformas līmeņa izteiksmes kvantitatīvo noteikšanu.
Platforma: PacBio Sequel IIBibliotēka: SMRT zvanu bibliotēka -
Eikariotu mRNS sekvencēšana-Illumina
mRNS sekvencēšana ļauj profilēt visas mRNS, kas transkriptētas no šūnām īpašos apstākļos.Tā ir jaudīga tehnoloģija, lai atklātu gēnu ekspresijas profilu, gēnu struktūras un noteiktu bioloģisko procesu molekulāros mehānismus.Līdz šim mRNS sekvencēšana ir plaši izmantota fundamentālajos pētījumos, klīniskajā diagnostikā, zāļu izstrādē utt.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Neatsauces mRNS sekvencēšana-Illumina
mRNS sekvencēšana izmanto nākamās paaudzes sekvencēšanas paņēmienu (NGS), lai noteiktā periodā, kurā tiek aktivizētas dažas īpašas funkcijas, uztvertu RNS (mRNS) no eikariota.Garākais transkripts tika saukts par “Unigene” un tika izmantots kā atsauces secība turpmākai analīzei, kas ir efektīvs līdzeklis, lai pētītu sugas molekulāro mehānismu un regulējošo tīklu bez atsauces.
Pēc transkripta datu apkopošanas un unigēnas funkcionālās anotācijas
(1) Tiks veikta SSR analīze, CDS prognoze un gēnu struktūra.
(2) Katrā paraugā tiks veikta unigēnās ekspresijas kvantitatīva noteikšana.
(3) Atšķirīgi izteikti unigēni starp paraugiem (vai grupām) tiks atklāti, pamatojoties uz unigēno ekspresiju
(4) Tiks veikta diferencēti izteiktu unigēnu klasterizācija, funkcionālā anotācija un bagātināšanas analīze.
-
Gara nekodēta secība-Illumina
Garās nekodējošās RNS (lncRNS) ir RNS molekulu veids, kuru garums pārsniedz 200 nt un kurām ir raksturīgs ārkārtīgi zems kodēšanas potenciāls.LncRNS kā galvenais loceklis nekodējošās RNS galvenokārt atrodams kodolā un plazmā.Sekvencēšanas tehnoloģiju un bioinformtikas attīstība ļauj identificēt daudzas jaunas lncRNS un saistīt tās ar bioloģiskām funkcijām.Uzkrājošie pierādījumi liecina, ka lncRNS ir plaši iesaistīta epiģenētiskajā regulēšanā, transkripcijas regulēšanā un pēctranskripcijas regulēšanā.
-
Mazā RNS sekvencēšana-Illumina
Mazā RNS attiecas uz nekodējošu RNS molekulu klasi, kuru garums parasti ir mazāks par 200 nt, ieskaitot mikro RNS (miRNS), mazo interferences RNS (siRNS) un piwi-interacting RNS (piRNS).
MikroRNS (miRNS) ir endogēnu mazu RNS klase, kuras garums ir aptuveni 20–24 nt, un kam šūnās ir dažādas svarīgas regulējošas lomas.miRNS ir iesaistīts daudzos dzīvības procesos, kas atklāj audu specifisku un stadijai specifisku ekspresiju un ir ļoti konservēts dažādās sugās.
-
cirRNS sekvencēšana-Illumina
Visa transkripta sekvencēšana ir paredzēta, lai profilētu visu veidu RNS molekulas, tostarp kodējošās (mRNS) un nekodējošās RNS (tostarp lncRNS, cirRNS un miRNS), kuras noteiktā laikā transkribē noteiktas šūnas.Visa transkripta sekvencēšana, kas pazīstama arī kā “kopējā RNS sekvencēšana”, mērķis ir atklāt visaptverošus regulējošos tīklus transkripta līmenī.Izmantojot NGS tehnoloģiju, ir pieejamas visu transkripta produktu sekvences ceRNS analīzei un kopīgai RNS analīzei, kas ir pirmais solis uz funkcionālo raksturojumu.CirRNS-miRNS-mRNS bāzes ceRNS regulējošā tīkla atklāšana.
