●Izolēšana un bez kultivēšanas metode mikrobu kopienas profilēšanai: Ģenētiskā materiāla sekvencēšanas iespējošana no nekulturējamiem organismiem.
●Augsta izšķirtspēja: Vides paraugos noteikt zemas samazināšanas sugas.
●Visaptveroša bioinformātikas analīze:Koncentrējās ne tikai uz taksonomisko daudzveidību, bet arī uz sabiedrības funkcionālo daudzveidību.
●Plaša pieredze:Ar panākumiem veiksmīgi slēgt vairākus metagenomikas projektus dažādās pētniecības jomās un apstrādājot vairāk nekā 200 000 paraugu, mūsu komanda katram projektam sniedz lielu pieredzi.
Sekvencēšanas platforma | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Kvalitātes kontrole |
Illumina Novaseq vai DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 GB | Q30≥85% |
Koncentrācija (ng/µl) | Kopējā summa (ng) | Tilpums (µL) |
≥1 | ≥30 | ≥20 |
● Augsne/dūņas: 2-3g
● zarnu saturs-dzīvnieks: 0,5-2g
● Zarnu saturs-insects: 0,1-0,25G
● Augu virsma (bagātināti nogulumi): 0,5-1g
● Fermentācijas buljona bagātināti nogulumi): 0,2-0,5 g
● Fekālijas (lieli dzīvnieki): 0,5-2g
● Fekālijas (pele): 3-5grain
● Plaušu alveolu skalošanas šķidrums: filtrpapīrs
● Vaginālais tampons: 5-6 tamponi
● Ādas/dzimumorgānu tampons/siekalas/perorālie mīkstie audi/faringeālā tampons/taisnās zarnas tampons: 2-3 tamponi
● Virsmas mikroorganisms: 5-6 tamponi
● Waterbody/Gaisa/bioplēvi: filtrpapīrs
● Endofīti: 2-3g
● Zobu aplikācija: 0,5-1g
Ietver šādu analīzi:
● Datu kvalitātes kontroles secība
● Metagenoma montāža un gēnu prognozēšana
● Gēnu anotācija
● Taksonomiskās alfa daudzveidības analīze
● Sabiedrības funkcionālā analīze: bioloģiskā funkcija, metabolisma, antibiotiku rezistence
● Analīze gan par funkcionālo, gan taksonomisko daudzveidību:
Beta daudzveidības analīze
Starp grupu analīze
Korelācijas analīze: starp vides faktoriem un sastāvu un daudzveidību
Funkcionālā analīze: karšu antibiotiku rezistence
KEGG metabolisma ceļu diferenciālā analīze: nozīmīgu ceļu siltuma karte
Alfa taksonomijas sadalījuma daudzveidība: ACE indekss
Taksonomijas sadalījuma beta daudzveidība: PCOA
Izpētiet sasniegumus, ko veicina Bmkgene metagenomu secības pakalpojumi ar Illumina, izmantojot izstrādātu publikāciju kolekciju.
Hai, Q. et al. (2023) “Varavīksnes foreļu zarnu satura izmaiņu metagenomiskā un metabolisma analīze (Oncorhynchus mykiss), kas inficēti ar infekcijas hematopoētiskās nekrozes vīrusu dažādās kultūras ūdens temperatūrās”,Robežas mikrobioloģijā, 14, lpp. 1275649. Doi: 10.3389/fmicb.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) “Mikrobu kopienas, rezistences gēni un pretestības riski dažādu trofisko stāvokļu pilsētu ezeros: iekšējās saites un ārējās ietekmes”,Bīstamo materiālu avansa žurnāls, 9, lpp. 100233. Doi: 10.1016/j.hazadv.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) “Metagenomiskā analīze atklāja atšķirības kompozīcijā un funkcijā starp ar šķidrumu saistītajiem un cietajiem saistītajiem aitu spurekļa mikroorganismiem”,Robežas mikrobioloģijā, 13, lpp. 851567. Doi: 10.3389/fmicb.2022.851567.
Yin, J. et al. (2023) “Aptaukojušās Ningxiang no cūkas iegūtā mikrobiota pārņem karnitīna metabolismu, lai veicinātu muskuļu taukskābju nogulsnēšanos liesās dly cūkās”,Inovācijas, 4 (5), lpp. 100486. Doi: 10.1016/j.xinn.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) “Metagenomiska ieskats reprezentatīvo bio/nesadalāmo plastmasas un plastisko gružu iespējamos riskos Haihe estuāra augšējā un apakšējā daļā”, Ķīnā ”,Zinātne par kopējo vidi, 887, lpp. 164026. Doi: 10.1016/j.scitotenv.2023.164026.