page_head_bg

Produkti

Metagenomiskā secība (NGS)

Metagenoms attiecas uz jauktas organismu kopienas kopējā ģenētiskā materiāla kolekciju, piemēram, vides metagenomu, cilvēka metagenomu utt. Tas satur gan kultivētu, gan nekultivējamu mikroorganismu genomus.Metagenomiskā sekvencēšana ir molekulārs rīks, ko izmanto, lai analizētu no vides paraugiem iegūtos jauktos genoma materiālus, kas sniedz detalizētu informāciju par sugu daudzveidību un pārpilnību, populācijas struktūru, filoģenētiskajām attiecībām, funkcionālajiem gēniem un korelācijas tīklu ar vides faktoriem.

Platforma:Illumina NovaSeq6000


Sīkāka informācija par pakalpojumu

Demonstrācijas rezultāti

Gadījuma izpēte

Pakalpojuma priekšrocības

ØBez izolācijas un kultivēšanas mikrobu kopienas profilēšanai

ØAugsta izšķirtspēja zema sastopamības sugu noteikšanā vides paraugos

Ø“Meta-” ideja integrē visas bioloģiskās pazīmes funkcionālā līmenī, sugas un gēnu līmenī, kas atspoguļo dinamisku skatījumu, kas ir tuvāks realitātei.

ØBMK uzkrāj milzīgu pieredzi dažādos paraugu veidos, apstrādājot vairāk nekā 10 000 paraugu.

Pakalpojuma specifikācijas

SecībaPlatforma

Bibliotēka

Ieteicamais datu apjoms

Paredzamais apgrozības laiks

Illumina NovaSeq 6000

PE250

50K/100K/300K atzīmes

30 dienas

Bioinformātikas analīzes

üNeapstrādātu datu kvalitātes kontrole

üMetagenomu montāža

üNelieka gēnu kopa un anotācija

üSugu daudzveidības analīze

üĢenētisko funkciju daudzveidības analīze

üStarpgrupu analīze

üAsociāciju analīze pret eksperimentāliem faktoriem

2

Prasību paraugs un piegāde

Prasību paraugs:

PriekšDNS ekstrakti:

Parauga veids

Summa

Koncentrēšanās

Tīrība

DNS ekstrakti

> 30 ng

> 1 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Vides paraugiem:

Parauga veids

Ieteicamā paraugu ņemšanas procedūra

Augsne

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Atlikušo nokaltušo vielu nepieciešams noņemt no virsmas;Sasmalcina lielus gabalus un izlaiž cauri 2 mm filtram;Paraugu alikvotā daļa rezervēšanai sterilā EP mēģenē vai cirotūbiņā.

Izkārnījumi

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savākt un alikvot paraugus sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai.

Zarnu saturs

Paraugi jāapstrādā aseptiskos apstākļos.Nomazgājiet savāktos audus ar PBS;Centrifugējiet PBS un savāciet nogulsnes EP mēģenēs.

Dūņas

Paraugu ņemšanas apjoms: apm.5 g;Savāc un alikvotā dūņu paraugu sadala sterilā EP mēģenē vai kriomēģenē rezervēšanai

Ūdenstilpne

Paraugam ar ierobežotu mikrobu daudzumu, piemēram, krāna ūdeni, akas ūdeni utt., Savākt vismaz 1 L ūdens un izlaist cauri 0,22 μm filtram, lai bagātinātu membrānu ar mikrobiem.Uzglabājiet membrānu sterilā mēģenē.

Āda

Uzmanīgi nokasiet ādas virsmu ar sterilu vates tamponu vai ķirurģisko asmeni un ievietojiet to sterilā mēģenē.

Ieteicamā paraugu piegāde

Sasaldē paraugus šķidrā slāpeklī uz 3-4 stundām un uzglabā šķidrā slāpeklī vai -80 grādos līdz ilgstošai rezervēšanai.Nepieciešama paraugu piegāde ar sauso ledu.

Pakalpojuma darba plūsma

logo_02

Paraugu piegāde

logo_04

Bibliotēkas celtniecība

logo_05

Secība

logo_06

Datu analīze

logo_07

Pēcpārdošanas pakalpojumi


  • Iepriekšējais:
  • Nākamais:

  • 1. Histogramma: sugu izplatība

    3

    2. Funkcionālie gēni, kas anotēti uz KEGG vielmaiņas ceļiem

    4

    3. Siltuma karte: diferenciālās funkcijas, kuru pamatā ir relatīvā gēnu pārpilnība54. CARD antibiotiku rezistences gēnu cirki

    6

    BMK lieta

    Antibiotiku rezistences gēnu un baktēriju patogēnu izplatība augsnes-mangrovju sakņu kontinuumā

    Publicēts:Bīstamo materiālu žurnāls, 2021. gads

    Secības noteikšanas stratēģija:

    Materiāli: DNS ekstrakti no četriem ar mangrovju saknēm saistīto paraugu fragmentiem: neapstādīta augsne, rizosfēra, episfēras un endosfēras nodalījumi
    Platforma: Illumina HiSeq 2500
    Mērķi: metagenoms
    16S rRNS gēna V3-V4 reģions

    Galvenie rezultāti

    Lai pētītu antibiotiku rezistences gēnu (ARG) izplatīšanos no augsnes augos, tika apstrādāta metagenomiskā sekvencēšana un metabarkodēšanas profilēšana mangrovju stādu augsnes-sakņu kontinuumā.Metagenomiskie dati atklāja, ka 91, 4% antibiotiku rezistences gēnu parasti tika identificēti visos četros iepriekšminētajos augsnes nodalījumos, kas liecināja par nepārtrauktu modi.16S rRNS amplikonu sekvencēšana radīja 29 285 sekvences, kas pārstāv 346 sugas.Apvienojumā ar sugu profilēšanu, izmantojot amplikonu sekvencēšanu, tika konstatēts, ka šī izplatīšana nav atkarīga no ar saknēm saistītās mikrobiotas, tomēr to varētu veicināt ģenētisko elementu mobilie.Šis pētījums identificēja ARG un patogēnu plūsmu no augsnes augos, izmantojot savstarpēji saistītu augsnes-sakņu kontinuumu.

    Atsauce

    Wang, C., Hu, R., Strong, PJ, Zhuang, W., & Shu, L..(2020).Antibiotiku rezistences gēnu un baktēriju patogēnu izplatība augsnes un mangrovju sakņu kontinuumā.Bīstamo materiālu žurnāls, 408, 124985.

    saņemt citātu

    Uzrakstiet savu ziņu šeit un nosūtiet to mums

    Nosūtiet mums savu ziņu: