Augu/dzīvnieku pilna genoma sekvencēšana
Pakalpojuma funkcijas
No jauna
Šī metode ir īpaši noderīga sarežģītiem genomiem, piemēram, tiem, kuriem ir augsta heterozigotības pakāpe, atkārtoti reģioni, polipoloīdi genomi, patoloģisks CG saturs utt.
Mūsu universālais risinājums nodrošina integrētus sekvencēšanas pakalpojumus un bioinformātisko analīzi, kas nodrošina augstas kvalitātes de novo saliktu genomu. Sākotnējā genoma izpēte ar Illumina sniedz genoma lieluma un sarežģītības aprēķinus, un šī informācija tiek izmantota, lai vadītu nākamo soli – ilgstošas lasīšanas sekvencēšanu ar PacBio HiFi, kam seko…no jaunaKontigu montāža. Turpmākā HiC montāžas izmantošana ļauj piesaistīt kontigus genomam, iegūstot hromosomu līmeņa montāžu. Visbeidzot, genoms tiek anotēts, izmantojot gēnu prognozēšanu un sekvencējot ekspresētos gēnus, izmantojot transkriptomas ar īsiem un gariem lasījumiem.
-- Vairāku sekvencēšanas un bioinformātikas pakalpojumu integrācija vienas pieturas risinājumāPakalpojums, kas piemērots romāna celtniecībai
-- interesējošo sugu genomi vai esošo references genomu uzlabošana.
Atkārtota secība
-- Bibliotēkas sagatavošana var būt standarta vai bez PCR
-- Pieejams 4 sekvencēšanas platformās: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 vai PacBio Revio.
-- Bioinformātiskā analīze, kas koncentrējas uz variantu noteikšanu: SNP, InDel, SV un CNV
Pakalpojuma priekšrocības
●Plaša pieredze un publikāciju vēsturePriekšno jaunaIzmantojot mūsu pakalpojumus, esam uzkrājuši milzīgu pieredzi dažādu sugu, tostarp diploīdu genomu un ļoti sarežģītu poliploīdu un allopoliploīdu sugu genomu, augstas kvalitātes genomu montāžā. Kopš 2018. gada esam piedalījušies vairāk nekā 300 ietekmīgu publikāciju tapšanā, un vairāk nekā 20 no tām ir publicētas žurnālā Nature Genetics. Veicot genoma atkārtotu sekvencēšanu, mēs uzkrājām vairāk nekā 1000 sugu, kā rezultātā tika publicēti vairāk nekā 1000 gadījumu ar kopējo ietekmes faktoru virs 5000.
●Vienas pieturas risinājumsIeslēgtsno jaunaSekvencēšanas jomā mūsu integrētā pieeja apvieno vairākas sekvencēšanas tehnoloģijas un bioinformātiskās analīzes vienotā darbplūsmā, nodrošinot augstas kvalitātes saliktu genomu.
●Pielāgots jūsu vajadzībāmMūsu pakalpojumu darbplūsma ir pielāgojama, ļaujot pielāgoties genomiem ar dažādām iezīmēm un specifiskām pētniecības vajadzībām.
●Augsti kvalificēta bioinformātikas un laboratorijas komandaVai tas ir paredzētsno jaunaNeatkarīgi no tā, vai tā ir sekvencēšana vai atkārtota sekvencēšana, mūsu komandas rīcībā ir prasmīgs rīku un zināšanu kopums, lai garantētu projekta panākumus. To var apstiprināt virkne patentu un programmatūras autortiesību, ko viņi ir izstrādājuši.
● Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
●Visaptveroša bioinformātikas analīzeIeskaitot variāciju izsaukšanu un funkciju anotāciju.
●Visaptveroša sekvencēšanas anotācijaMēs izmantojam vairākas datubāzes, lai funkcionāli anotētu gēnus ar identificētajām variācijām un veiktu atbilstošu bagātināšanas analīzi, sniedzot ieskatu jūsu pētniecības projektos.
Pakalpojuma specifikācijas
| Identificējamie varianti | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamais dziļums |
| SNP un InDel | Illumina NovaSeq PE150 vai MGI T7 | 10x |
| SV un CNV (mazāk precīzi) | 30x | |
| SV un CNV (precīzāk) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV un CNV | PacBio Revio | 10x |
Parauga prasības
| Audu vai ekstrahētas nukleīnskābes | Illumina/MGI | Nanopora | PacBio
| ||
| Dzīvnieku iekšējie orgāni | 0,5–1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Dzīvnieku muskuļi | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Zīdītāju asinis | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Mājputnu/zivju asinis | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Augs - svaigas lapas | 1–2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Kultivētas šūnas |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Kukaiņu mīkstie audi/Individuāli | 0,5–1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Ekstrahēta DNS
| Koncentrācija: ≥ 1 ng/µl Daudzums: ≥ 30 ng Ierobežota vai nekāda degradācija vai piesārņojums
| Koncentrācija Summa
OD260/280
OD260/230
Ierobežota vai nekāda degradācija vai piesārņojums
| ≥ 40 ng/µl 4 µg/plūsmas šūna/paraugs
1,7–2,2
≥1,5 | Koncentrācija Summa
OD260/280
OD260/230
Ierobežota vai nekāda degradācija vai piesārņojums | ≥ 50 ng/µl 10 µg/plūsmas šūna/paraugs
1,7–2,2
1,8–2,5 |
| Bibliotēkas sagatavošana bez PCR: Koncentrācija ≥ 40 ng/µL Daudzums ≥ 500 ng | |||||
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
DNS ekstrakcija
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Datu piegāde
No jaunabioinformātikas cauruļvads
Ja vēlaties apskatīt mūsu dažādo montāžas cauruļvadu pārskatu:
Pilnīga bioinformātiskā analīze, kas sadalīta 4 posmos:
1. Genoma pētījums, kura pamatā ir k-mer analīze ar NGS lasījumiem.Tas sniegs mums informāciju par:
- Genoma lieluma novērtējums
- Heterozigotiskuma novērtējums
- Atkārtotu reģionu novērtējums
2. Genoma montāža ar PacBio HiFi.Izmantojot garus lasījumus, mēs iegūsim:
- No jaunamontāža
- Montāžas novērtējums: ieskaitot BUSCO analīzi genoma pilnīgumam un NGS un PacBio HiFi nolasījumu kartēšanu
3. Hi-C montāža.Kad būsim pabeiguši montāžu, informācija par genoma 3D struktūru padziļinās zināšanas un bagātinās veidojamo atsauces genomu.
- Hi-C bibliotēkas kvalitātes kontrole derīgu Hi-C mijiedarbību novērtēšanai.
- Hi-C montāža. Mēs veiksim kontigu klasterizāciju grupās, kam sekos kontigu sakārtošana katrā grupā un kontigu orientācijas piešķiršana.
- Hi-C novērtējums
4. Genoma anotācija:
- Nekodējoša RNS prognozēšana
- Atkārtotu secību identifikācija (transpozoni un tandēma atkārtojumi)
- Gēnu prognozēšana
- No jaunaab initio algoritmi
- Pamatojoties uz homoloģiju
- Balstoties uz transkriptomu, ar gariem un īsiem lasījumiem: lasījumi irno jaunasalikts vai kartēts genoma melnrakstā
- Prognozēto gēnu anotācija ar vairākām datubāzēm
Atkārtota secībabioinformātikas cauruļvads
Ietver šādu analīzi:
- Neapstrādātu datu kvalitātes kontrole
- Izlīdzināšanas statistika ar atsauces genomu
- Variantu identifikācija: SNP, InDel, SV un CNV
- Variantu funkcionālā anotācija
Izlīdzināšanas statistika ar atsauces genomu – sekvencēšanas dziļuma sadalījums
SNP izsaukšana starp vairākiem paraugiem
InDel identifikācija – InDel garuma statistika CDS reģionā un genoma mēroga reģionā
Variantu sadalījums visā genomā – Circos diagramma
Gēnu ar identificētiem variantiem funkcionālā anotācija – gēnu ontoloģija
Chai, Q. et al. (2023) “Glutationa S-transferāze GhTT19 nosaka ziedu ziedlapu pigmentāciju, regulējot antocianīnu uzkrāšanos kokvilnā”,Augu biotehnoloģijas žurnāls, 21. panta 2. punkts, 1. lpp. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) “Hromosomu līmeņa savvaļas Hevea brasiliensis genoms nodrošina jaunus rīkus genoma atbalstītai selekcijai un vērtīgus lokusus kaučuka ražas palielināšanai”,Augu biotehnoloģijas žurnāls, 21(5), 1058.–1072. lpp. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, C. et al. (2021) “Genoma sekvences atklāj globālus izplatīšanās ceļus un liecina par konverģentām ģenētiskām adaptācijām jūraszirdziņu evolūcijā”,Dabas komunikācijas, 12(1). doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
Li, Y. et al. (2023) “Liela mēroga hromosomu izmaiņas izraisa genoma līmeņa ekspresijas izmaiņas, vides adaptāciju un sugu veidošanos gajalu īpatņos (Bos frontalis)”,Molekulārā bioloģija un evolūcija, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) “Ievērojamas sausumizturīgas kukurūzas dīgļplazmas genoma montāža un ģenētiskā sadalīšana”,Dabas ģenētika 202355:3, 55(3), 496.–506. lpp. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Džans, F. u.c. (2023) “Tropāna alkaloīdu biosintēzes evolūcijas atklāšana, analizējot divus genomus Solanaceae dzimtā”,Dabas komunikācijas2023 14:1, 14(1), 1.–18. lpp. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zeng, T. et al. (2022) “Ķīnas vietējo vistu genoma un metilēšanas izmaiņu analīze laika gaitā sniedz ieskatu sugu saglabāšanā”,Komunikāciju bioloģija, 5(1), 1.–12. lpp. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
Sarežģīti gadījumu pētījumi:
Telomēru montāža:Fu, A. et al. (2023) “Rūgtās melones (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) telomēru-telomēru genoma montāža atklāj augļa attīstības, sastāva un nogatavošanās ģenētiskās īpašības”,Dārzkopības pētījumi, 10(1). doi: 10.1093/HR/UHAC228.
Haplotipa montāža:Hu, W. et al. (2021) “Alēļu definēts genoms atklāj bialēļu diferenciāciju maniokas evolūcijas laikā”,Molekulārā rūpnīca, 14(6), 851.–854. lpp. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
Milzu genoma montāža:Yuan, J. et al. (2022) “Koku peonijas Paeonia ostii gigahromosomu un gigagenoma genomiskais pamats”,Dabas komunikācijas2022 13:1, 13(1), 1.–16. lpp. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
Poliploīdā genoma montāža:Zhang, Q. et al. (2022) “Genomikas atziņas par neseno autopoliploīdā cukurniedru Saccharum spontaneum hromosomu redukcijas procesu”,Dabas ģenētika 202254:6, 54(6), 885.–896. lpp. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
