-
Genoma mēroga asociācijas analīze
Genome-Wide Association Studies (GWAS) mērķis ir identificēt ģenētiskos variantus (genotipus), kas saistīti ar īpašām iezīmēm (fenotipiem). Rūpīgi pārbaudot ģenētiskos marķierus visā genomā lielam skaitam indivīdu, GWAS ekstrapolē genotipa-fenotipa asociācijas, izmantojot populācijas līmeņa statistiskās analīzes. Šī metodoloģija atrod plašu pielietojumu cilvēku slimību izpētē un funkcionālo gēnu izpētē, kas saistīti ar sarežģītām dzīvnieku vai augu pazīmēm.
Uzņēmumā BMKGENE mēs piedāvājam divus GWAS veikšanas veidus lielām populācijām: izmantot visa genoma sekvencēšanu (WGS) vai izvēlēties samazinātas reprezentācijas genoma sekvencēšanas metodi, kas ir iekšēji izstrādāts specifiskā lokusa pastiprinātais fragments (SLAF). Lai gan WGS ir piemērots mazākiem genomiem, SLAF parādās kā rentabla alternatīva lielāku populāciju pētīšanai ar garākiem genomiem, efektīvi samazinot sekvencēšanas izmaksas, vienlaikus garantējot augstu ģenētisko marķieru atklāšanas efektivitāti.
-
Augu/dzīvnieku visa genoma sekvencēšana
Visa genoma sekvencēšana (WGS), kas pazīstama arī kā atkārtota sekvencēšana, attiecas uz dažādu sugu indivīdu ar zināmiem atsauces genomiem visa genoma sekvencēšanu. Pamatojoties uz to, var sīkāk identificēt indivīdu vai populāciju genoma atšķirības. WGS ļauj identificēt viena nukleotīda polimorfismu (SNP), ievietošanas dzēšanu (InDel), struktūras variāciju (SV) un kopiju skaita izmaiņas (CNV). SV veido lielāku variācijas bāzes daļu nekā SNP, un tiem ir lielāka ietekme uz genomu, būtiski ietekmējot dzīvos organismus. Lai gan īsas nolasīšanas atkārtota secība ir efektīva SNP un InDels identificēšanā, ilgstoši nolasīta atkārtota secība ļauj precīzāk identificēt lielus fragmentus un sarežģītas variācijas.
-
Evolūcijas ģenētika
Evolutionary Genetics ir visaptverošs sekvencēšanas pakalpojums, kas izstrādāts, lai piedāvātu ieskatu evolūcijas interpretāciju lielā indivīdu grupā, pamatojoties uz ģenētiskām variācijām, tostarp SNP, InDels, SV un CNV. Šis pakalpojums ietver visas būtiskās analīzes, kas nepieciešamas, lai noskaidrotu populāciju evolūcijas pārmaiņas un ģenētiskās īpašības, tostarp populācijas struktūras, ģenētiskās daudzveidības un filoģenētisko attiecību novērtējumus. Turklāt tas iedziļinās pētījumos par gēnu plūsmu, ļaujot novērtēt faktisko populācijas lielumu un novirzes laiku. Evolūcijas ģenētikas pētījumi sniedz vērtīgu ieskatu par sugu izcelsmi un pielāgošanos.
Uzņēmumā BMKGENE mēs piedāvājam divus veidus evolūcijas ģenētikas pētījumu veikšanai lielām populācijām: izmantot visa genoma sekvencēšanu (WGS) vai izvēlēties samazinātas reprezentācijas genoma sekvencēšanas metodi, iekšēji izstrādātu specifiskā lokusa pastiprināto fragmentu (SLAF). Lai gan WGS ir piemērots mazākiem genomiem, SLAF parādās kā rentabla alternatīva lielāku populāciju pētīšanai ar garākiem genomiem, efektīvi samazinot sekvencēšanas izmaksas.
-
Salīdzinošā genomika
Salīdzinošā genomika ietver visu genomu secību un struktūru pārbaudi un salīdzināšanu starp dažādām sugām. Šis lauks cenšas atklāt sugu evolūciju, atšifrēt gēnu funkcijas un noskaidrot ģenētiskos regulējošos mehānismus, identificējot konservētas vai atšķirīgas secību struktūras un elementus dažādos organismos. Visaptverošs salīdzinošais genomikas pētījums ietver tādas analīzes kā gēnu ģimenes, evolūcijas attīstību, visa genoma dublēšanās notikumus un selektīvo spiedienu ietekmi.
-
Hi-C balstīta genoma montāža
Hi-C ir metode, kas paredzēta hromosomu konfigurācijas uztveršanai, apvienojot uz tuvumu balstītas mijiedarbības un augstas caurlaidspējas sekvencēšanu. Tiek uzskatīts, ka šīs mijiedarbības intensitāte ir negatīvi saistīta ar fizisko attālumu hromosomās. Tāpēc Hi-C dati tiek izmantoti, lai vadītu salikto secību grupēšanu, kārtošanu un orientāciju genoma uzmetumā un noenkurotu tos noteiktā skaitā hromosomu. Šī tehnoloģija nodrošina hromosomu līmeņa genoma komplektu, ja nav uz populāciju balstītas ģenētiskās kartes. Katram genomam ir nepieciešams Hi-C.
-
Augu/dzīvnieku de Novo genoma sekvencēšana
De Novosekvencēšana attiecas uz sugas visa genoma konstruēšanu, izmantojot sekvencēšanas tehnoloģijas, ja nav atsauces genoma. Trešās paaudzes sekvencēšanas ieviešana un plaša ieviešana, kas ietver garākus nolasījumus, ir ievērojami uzlabojusi genoma montāžu, palielinot nolasījumu pārklāšanos. Šis uzlabojums ir īpaši piemērots, strādājot ar izaicinošiem genomiem, piemēram, tiem, kuriem ir augsta heterozigotitāte, augsta atkārtojošos reģionu attiecība, poliploīdi un reģioni ar atkārtotiem elementiem, neparastu GC saturu vai augstu sarežģītību, kas parasti ir slikti samontēti, izmantojot īsas nolasīšanas secību. vienatnē.
Mūsu vienas pieturas risinājums nodrošina integrētus sekvencēšanas pakalpojumus un bioinformātisko analīzi, kas nodrošina augstas kvalitātes de novo samontētu genomu. Sākotnējā genoma aptauja ar Illumina nodrošina genoma lieluma un sarežģītības aprēķinus, un šī informācija tiek izmantota, lai vadītu nākamo ilgstošas sekvencēšanas soli ar PacBio HiFi, kam sekode novokontigu montāža. Turpmākā HiC montāžas izmantošana ļauj noenkurot kontigus pie genoma, iegūstot hromosomu līmeņa montāžu. Visbeidzot, genoms tiek anotēts ar gēnu prognozēšanu un izteiktu gēnu sekvencēšanu, izmantojot transkriptus ar īsiem un gariem nolasījumiem.
-
Visa cilvēka eksoma sekvencēšana
Cilvēka visa eksoma sekvencēšana (hWES) ir plaši atzīta par rentablu un spēcīgu sekvencēšanas pieeju slimību izraisošo mutāciju noteikšanai. Neskatoties uz to, ka tie veido tikai aptuveni 1, 7% no visa genoma, eksoniem ir izšķiroša loma, tieši atspoguļojot kopējo olbaltumvielu funkciju profilu. Jo īpaši cilvēka genomā vairāk nekā 85% ar slimībām saistīto mutāciju izpaužas proteīnu kodējošajos reģionos. BMKGENE piedāvā visaptverošu un elastīgu cilvēka visa eksoma sekvencēšanas pakalpojumu ar divām dažādām eksonu uztveršanas stratēģijām, kas pieejamas dažādu pētniecības mērķu sasniegšanai.
-
Specifiska lokusa pastiprināta fragmentu secība (SLAF-Seq)
Augstas caurlaidības genotipēšana, jo īpaši liela mēroga populācijās, ir būtisks solis ģenētiskās asociācijas pētījumos un nodrošina ģenētisku pamatu funkcionālu gēnu atklāšanai, evolūcijas analīzei utt. Tā vietā, lai veiktu dziļu visa genoma atkārtotu sekvencēšanu,Samazinātas reprezentācijas genoma sekvencēšana (RRGS)bieži tiek izmantots šajos pētījumos, lai samazinātu sekvencēšanas izmaksas uz vienu paraugu, vienlaikus saglabājot saprātīgu efektivitāti ģenētisko marķieru atklāšanā. RRGS to panāk, sagremot DNS ar restrikcijas enzīmiem un koncentrējoties uz konkrētu fragmenta lieluma diapazonu, tādējādi sekvenējot tikai daļu no genoma. Starp dažādām RRGS metodoloģijām specifiska lokusa pastiprināta fragmentu secība (SLAF) ir pielāgojama un kvalitatīva pieeja. Šī metode, ko neatkarīgi izstrādājusi BMKGene, optimizē restrikcijas enzīmu komplektu katram projektam. Tas nodrošina ievērojama skaita SLAF tagu (400–500 bps sekvencējamā genoma reģionu) ģenerēšanu, kas ir vienmērīgi sadalīti visā genomā, vienlaikus efektīvi izvairoties no atkārtotiem reģioniem, tādējādi nodrošinot vislabāko ģenētisko marķieru atklāšanu.
