Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS)
Samazinātas reprezentācijas bisulfīta sekvencēšana (RRBS) balstās uz CpG salu bagāto reģionu bagātināšanu ar MspI šķelšanu, kam seko 200-500/600 bps fragmentu lieluma atlase. Līdz ar to tiek sekvencēti tikai reģioni, kas atrodas proksimāli CpG salām, bet tie, kuros ir attālas CpG salas, tiek izslēgti no analīzes. Šis process apvienojumā ar bisulfīta sekvencēšanu ļauj veikt DNS metilēšanas augstas izšķirtspējas noteikšanu, un sekvencēšanas pieeja PE150 īpaši koncentrējas uz ieliktņu galiem, nevis vidu, palielinot metilēšanas profilēšanas efektivitāti.
Šī metode ir parādījusies kā izmaksu ziņā efektīva un efektīva alternatīva pilna genoma bisulfīta sekvencēšanai (WGBS) DNS metilēšanas pētījumos. Lai gan WGBS sniedz visaptverošu ieskatu, pārbaudot visu genomu ar vienas bāzes izšķirtspēju, tās augstās izmaksas var būt ierobežojošs faktors, un RRBS stratēģiski mazina šo izaicinājumu, selektīvi analizējot reprezentatīvu genoma daļu. Šī metodoloģija ir nenovērtējams instruments, kas ļauj veikt izmaksu ziņā efektīvus DNS metilēšanas pētījumus un paplašina zināšanas par epigenetiskajiem mehānismiem.
Pakalpojuma funkcijas
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq.
● Nepieciešams atsauces genoms.
● Lambda DNS tiek izmantota, lai uzraudzītu bisulfīta konversijas efektivitāti.
● Tiek uzraudzīta arī MspI gremošanas efektivitāte.
● Augu paraugu divkārša enzīmu šķelšana.
Pakalpojuma priekšrocības
●Izmaksu ziņā efektīva un efektīva alternatīva WGBSTas ļauj veikt analīzi ar zemākām izmaksām un mazākām paraugu prasībām.
●Pilnīga platforma:Mēs piedāvājam izcilu pakalpojumu klāstu, sākot no paraugu apstrādes, bibliotēkas veidošanas un sekvencēšanas līdz bioinformātikas analīzei.
●Plaša pieredzeMums ir panākumi ar dažādu sugu apstrādi. BMKGENE piedāvā vairāk nekā desmit gadu pieredzi, augsti kvalificētu analīzes komandu, visaptverošu saturu un lielisku pēcpārdošanas atbalstu.
Pakalpojuma specifikācijas
| Bibliotēka | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamā datu izvade | Kvalitātes kontrole |
| Ar MspI sagremota un ar bisulfītu apstrādāta bibliotēka | Illumina PE150 | 8 GB | Q30 ≥ 85% Bisulfīta konversija > 99% MspI griešanas efektivitāte > 95% |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) |
| |
| Genomiskā DNS | ≥ 30 | ≥ 1 | Ierobežota degradācija vai piesārņojums |
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
BI analīze ietver:
● Neapstrādātu sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole;
● Kartēšana uz atsauces genomu;
● 5mC metilētu bāzu noteikšana un motīvu identifikācija;
● Metilācijas sadalījuma analīze un paraugu salīdzināšana;
● Diferenciāli metilēto reģionu (DMR) analīze;
● Ar DMR saistīto gēnu funkcionālā anotācija.
Kvalitātes kontrole: gremošanas efektivitāte (genoma kartēšanā)
Kvalitātes kontrole: bisulfīta konversija (metilēšanas informācijas ekstrakcijā)
Metilācijas karte: 5mC metilēšanas genoma sadalījums
Paraugu salīdzinājums: galveno komponentu analīze
Diferenciāli metilēto reģionu (DMR) analīze: siltuma karte
Iepazīstieties ar pētniecības sasniegumiem, ko veicina BMKGene pilna genoma bisulfīta sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Li, Z. et al. (2022) “Augstas precizitātes pārprogrammēšana Leidiga tipa šūnās, izmantojot CRISPR aktivāciju un parakrīnos faktorus”,PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) “Ķīniešu monozigotisko dvīņu ķermeņa sastāva genoma mēroga DNS metilēšanas analīze”,Eiropas klīnisko pētījumu žurnāls, 53(11), 1. lpp. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Vu, Y. et al. (2022) “DNS metilēšana un vidukļa un gurnu attiecība: epigenoma mēroga asociācijas pētījums ķīniešu monozigotiskiem dvīņiem”,Endokrinoloģiskās izmeklēšanas žurnāls, 45(12), 2365.–2376. lpp. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
