Metatranskriptoma sekvencēšana
Pakalpojuma funkcijas
● rRNS samazināšana, kam seko virzīta mRNS bibliotēkas sagatavošana.
● Sekvencēšana ar Illumina NovaSeq.
Pakalpojuma priekšrocības
●Izpētiet sarežģītu mikrobu kopienu izmaiņas:Tas notiek transkripcijas līmenī un potenciālo jauno gēnu izpētē.
●Mikrobu kopienas mijiedarbības ar saimnieku vai vidi skaidrošana.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīzeTas sniedz ieskatu kopienu taksonomiskajā un funkcionālajā sastāvā, kā arī diferenciālās gēnu ekspresijas analīzē.
●Plaša gēnu anotācija:Izmantojot atjauninātas gēnu funkciju datubāzes, lai iegūtu informatīvu informāciju par mikrobu kopienu gēnu ekspresiju.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu apņemšanās sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, piedāvājot 3 mēnešu pēcpārdošanas servisa periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta uzraudzību, palīdzību problēmu novēršanā un jautājumu un atbilžu sesijas, lai atbildētu uz visiem ar rezultātiem saistītajiem jautājumiem.
Pakalpojuma specifikācijas
| Sekvencēšanas platforma | Sekvencēšanas stratēģija | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12 GB | Q30≥85% |
Parauga prasības
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µl) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8–2,0 | 1,0–2,5 | ≥6,5 |
Pakalpojumu darba plūsma
Parauga piegāde
Bibliotēkas būvniecība
Sekvencēšana
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Sekvencēšanas datu kvalitātes kontrole
● Transkripta montāža
● Taksonomiskā anotācija un pārpilnība
● Funkcionālā anotācija un pārpilnība
● Ekspresiju kvantitatīvā noteikšana un diferenciālā analīze
Katra parauga taksonomiskais sadalījums:
Beta daudzveidības analīze: UPGMA
Funkcionālā anotācija – GO pārpilnība
Diferenciālās taksonomijas pārpilnība – LEFSE
Iepazīstieties ar BMKGene metatranskriptomikas sekvencēšanas pakalpojumu sniegtajiem sasniegumiem, izmantojot atlasītu publikāciju kolekciju.
Lu, Z. et al. (2023) “Laktātu izmantojošo baktēriju no Bacteroidales kārtas skābju tolerance veicina atgremotāju acidozes profilaksi kazām, kas pielāgojušās diētai ar augstu koncentrātu saturu”,Dzīvnieku uzturs, 14, 130.–140. lpp. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Song, Z. et al. (2017) “Galvenās funkcionālās mikrobiotas atšķetināšana tradicionālajā cietvielu fermentācijā, izmantojot augstas caurlaidības amplikonus un metatranskriptomikas sekvencēšanu”,Mikrobioloģijas robežas, 8. jūlijs. doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) “Jauni mikovīrusi, kas atklāti, veicot fitopatogēnās Alternaria sēnītes metatranskriptomikas pētījumu”,Vīrusi, 14(11), 2552. lpp. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) “Paralēlā metatranskriptoma analīze atklāj augu sekundāro metabolītu degradāciju, ko veic vaboles un to zarnu simbionti”,Molekulārā Ekoloģija, 31(15), 3999.–4016. lpp. doi: 10.1111/MEC.16557.
