Metatranskripta sekvencēšana
Pakalpojuma funkcijas
● rRNS izsīkšana, kam seko virzīta mRNS bibliotēkas sagatavošana.
● Sekvencēšana uz Illumina NovaSeq.
Pakalpojuma priekšrocības
●Izpētiet sarežģītu mikrobu kopienu izmaiņas:Tas notiek transkripcijas līmenī un pēta potenciālos jaunus gēnus.
●Mikrobu kopienas mijiedarbības ar saimniekorganismu vai vidi izskaidrošana.
●Visaptveroša bioinformātiskā analīze: tas sniedz ieskatu kopienas taksonomiskajās un funkcionālajās kompozīcijās, kā arī diferenciālo gēnu ekspresijas analīzi.
●Plaša gēnu anotācija:Jaunu gēnu funkciju datubāzu izmantošana informatīvai informācijai par mikrobu kopienu gēnu ekspresiju.
●Pēcpārdošanas atbalsts:Mūsu saistības sniedzas tālāk par projekta pabeigšanu, nodrošinot 3 mēnešu pēcpārdošanas pakalpojumu periodu. Šajā laikā mēs piedāvājam projekta pārraudzību, problēmu novēršanas palīdzību un jautājumu un atbilžu sesijas, lai risinātu visus ar rezultātiem saistītus vaicājumus.
Pakalpojuma specifikācijas
| Sekvences platforma | Sekvences stratēģija | Ieteicamie dati | Datu kvalitātes kontrole |
| Illumina NovaSeq | PE150 | 12Gb | Q30≥85% |
Prasību paraugs
| Koncentrācija (ng/µL) | Kopējais daudzums (µg) | Tilpums (µL) | OD260/280 | OD260/230 | RIN |
| ≥50 | ≥1,0 | ≥20 | 1,8-2,0 | 1,0-2,5 | ≥6,5 |
Pakalpojuma darba plūsma
Paraugu piegāde
Bibliotēkas celtniecība
Secība
Datu analīze
Pēcpārdošanas pakalpojumi
Ietver šādu analīzi:
● Secības datu kvalitātes kontrole
● Stenogrammu montāža
● Taksonomiskā anotācija un pārpilnība
● Funkcionālā anotācija un pārpilnība
● Izteiksmes kvantifikācija un diferenciālā analīze
Katra parauga taksonomiskais sadalījums:
Beta daudzveidības analīze: UPGMA
Funkcionālā anotācija – GO pārpilnība
Diferenciālās taksonomijas pārpilnība – LEFSE
Izpētiet sasniegumus, ko veicina BMKGene metatranskriptomikas sekvencēšanas pakalpojumi, izmantojot apkopotu publikāciju kolekciju.
Lu, Z. et al. (2023) "Bacteroidales kārtas laktātu izmantojošo baktēriju tolerance pret skābēm palīdz novērst atgremotāju acidozi kazām, kas pielāgotas augsta koncentrāta diētai".Dzīvnieku uzturs, 14, 130.–140. lpp. doi: 10.1016/J.ANINU.2023.05.006.
Dziesma, Z. u.c. (2017) “Pamatfunkcionālās mikrobiotas atšķetināšana tradicionālajā cietvielu fermentācijā ar augstas caurlaidības amplikoniem un metatranskriptikas sekvencēšanu”Mikrobioloģijas robežas, 8 (JUL). doi: 10.3389/FMICB.2017.01294/FULL.
Wang, W. et al. (2022) "Jaunie mikovīrusi, kas atklāti no fitopatogēnās Alternaria sēnītes metatranskriptomikas pētījuma",Vīrusi, 14(11), 1. lpp. 2552. doi: 10.3390/V14112552/S1.
Wei, J. et al. (2022) "Paralēlā metatranskripta analīze atklāj augu sekundāro metabolītu noārdīšanos, ko veic vaboles un to zarnu simbionti".Molekulārā Ekoloģija, 31(15), 3999.–4016. lpp. doi: 10.1111/MEC.16557.
