Siltuma karte
Siltuma karšu rīks kā ievadi pieņem matricas datu failu un ļauj lietotājiem filtrēt, normalizēt un klasterizēt datus. Siltuma karšu galvenais lietošanas gadījums ir gēnu ekspresijas līmeņa klasteru analīze starp dažādiem paraugiem.
Gēnu anotācija
Gēnu anotācijas rīks veic gēnu anotāciju, pamatojoties uz ievades FASTA failu secības saskaņošanu ar dažādām datubāzēm.
Pamata lokālās izlīdzināšanas meklēšanas rīks (BLAST)
BLAST rīks ir ar BMKCloud integrēta NCBI BLAST versija, un to var izmantot, lai veiktu tās pašas funkcijas, izmantojot datus, kas augšupielādēti BMKCloud kontā.
CDS_UTR prognoze
CDS_UTR prognozēšanas rīks ir izstrādāts, lai prognozētu kodējošos reģionus (CDS) un nekodējošos reģionus (UTR) dotajās transkriptu sekvencēs, pamatojoties uz BLAST rezultātiem salīdzinājumā ar zināmām olbaltumvielu datubāzēm un ORF prognozēšanas rezultātiem.
Manhetenas sižets
Manhetenas diagrammas rīks ļauj attēlot eksperimentus ar lielu izlases apjomu un tiek plaši izmantots genoma mēroga asociācijas pētījumos (GWAS).
Apļa diagramma
CIRCOS Diagram rīks nodrošina efektīvu genoma pazīmju izplatības vizualizāciju genomā. Biežākās iezīmes ietver kvantitatīvos lokusus, SNP, InDels, strukturālos un kopiju skaita variantus.
Gēnu ontoloģijas (GO) bagātināšana
GO bagātināšanas rīks nodrošina funkcionālās bagātināšanas analīzi. Šī rīka galvenā programmatūra ir TopGO-Bioconductor pakotne, kas ietver diferenciālās ekspresijas analīzi, GO bagātināšanas analīzi un rezultātu vizualizāciju.
Svērtā gēnu koekspresijas tīkla analīze (WGCNA)
WGCNA ir plaši izmantota datu ieguves metode gēnu koekspresijas moduļu atklāšanai. Tā ir piemērojama dažādiem ekspresijas datu kopumiem, tostarp mikročipu un NGS gēnu ekspresijas datiem.
InterProScan
InterProScan rīks nodrošina InterPro olbaltumvielu secības analīzi un klasifikāciju.
GO KEGG bagātināšana
GO KEGG bagātināšanas rīks ir izstrādāts, lai ģenerētu GO bagātināšanas histogrammu, KEGG bagātināšanas histogrammu un KEGG bagātināšanas ceļu, pamatojoties uz sniegto gēnu komplektu un atbilstošo anotāciju.
